238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2928 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0763  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.32 
 
 
950 aa  872    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000509332 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2233  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.39 
 
 
949 aa  910    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380618  normal  0.0228414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2358  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.59 
 
 
985 aa  908    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.223721 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2180  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.67 
 
 
1030 aa  858    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.235371  hitchhiker  0.000906218 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0729  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.84 
 
 
994 aa  857    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1436  phosphoenolpyruvate carboxylase  62.72 
 
 
920 aa  1098    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3135  phosphoenolpyruvate carboxylase  47.51 
 
 
929 aa  713    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.365231  normal  0.570221 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.65 
 
 
1001 aa  915    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  58.11 
 
 
918 aa  934    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0841  Phosphoenolpyruvate carboxylase  48.73 
 
 
939 aa  713    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0699  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.76 
 
 
1006 aa  896    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2278  phosphoenolpyruvate carboxylase  77.92 
 
 
928 aa  1417    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.307465  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1228  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.74 
 
 
1085 aa  855    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.774396  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5753  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.6 
 
 
1008 aa  852    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.61686  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1819  Phosphoenolpyruvate carboxylase  51.02 
 
 
923 aa  836    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.218615 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2430  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.87 
 
 
1009 aa  848    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76585  normal  0.238617 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.67 
 
 
937 aa  917    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0871  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.31 
 
 
1088 aa  857    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  77.06 
 
 
933 aa  1452    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2928  phosphoenolpyruvate carboxylase  100 
 
 
928 aa  1889    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.863251 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1714  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.21 
 
 
957 aa  846    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.686661  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1068  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.48 
 
 
1075 aa  847    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1684  phosphoenolpyruvate carboxylase  78.6 
 
 
929 aa  1459    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.56004  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3665  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.78 
 
 
970 aa  869    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3412  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.31 
 
 
994 aa  840    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0138  phosphoenolpyruvate carboxylase  49.78 
 
 
932 aa  797    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.497432 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1876  phosphoenolpyruvate carboxylase  76.31 
 
 
933 aa  1425    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.209652 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  78.03 
 
 
929 aa  1436    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2750  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.93 
 
 
1009 aa  897    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251385  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1373  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.57 
 
 
947 aa  873    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333226  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3081  phosphoenolpyruvate carboxylase  47.78 
 
 
889 aa  717    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.134099  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1814  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.71 
 
 
994 aa  848    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.594671  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2408  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.11 
 
 
946 aa  766    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  76.98 
 
 
936 aa  1432    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0868  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.23 
 
 
1004 aa  864    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2469  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.71 
 
 
998 aa  853    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792272  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2426  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.71 
 
 
1009 aa  849    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2376  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.3 
 
 
949 aa  868    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  65.24 
 
 
926 aa  1140    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2454  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.11 
 
 
946 aa  766    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302733  normal  0.778298 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2707  phosphoenolpyruvate carboxylase  48.42 
 
 
936 aa  742    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.136783 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2536  Phosphoenolpyruvate carboxylase  49.07 
 
 
921 aa  760    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0366441  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2000  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.94 
 
 
951 aa  890    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277994  decreased coverage  0.000144828 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3091  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.36 
 
 
982 aa  888    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.723203  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2889  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.3 
 
 
949 aa  867    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.695135  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2286  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.84 
 
 
994 aa  857    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1041  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.82 
 
 
930 aa  875    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.38 
 
 
1002 aa  909    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0707  Phosphoenolpyruvate carboxylase  44.12 
 
 
884 aa  677    Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3003  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.13 
 
 
934 aa  864    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.371181  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2999  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.84 
 
 
994 aa  857    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.84 
 
 
994 aa  858    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.954175  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1075  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.84 
 
 
1024 aa  856    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2448  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.11 
 
 
946 aa  766    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1599  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.84 
 
 
994 aa  857    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.737727  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2335  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.61 
 
 
998 aa  852    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.361608 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3706  phosphoenolpyruvate carboxylase  47.55 
 
 
937 aa  736    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.625576  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2367  Phosphoenolpyruvate carboxylase  47.6 
 
 
945 aa  728    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  39.85 
 
 
906 aa  599  1e-170  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0759  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.51 
 
 
931 aa  597  1e-169  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  39.68 
 
 
929 aa  593  1e-168  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  42.29 
 
 
905 aa  594  1e-168  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0760  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.79 
 
 
940 aa  592  1e-167  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2377  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.91 
 
 
938 aa  577  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.92 
 
 
952 aa  575  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0399  Phosphoenolpyruvate carboxylase  38.36 
 
 
933 aa  565  1.0000000000000001e-159  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.917347  normal  0.991386 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0770  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.86 
 
 
957 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.815806  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1084  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.54 
 
 
929 aa  564  1.0000000000000001e-159  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0308  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.37 
 
 
931 aa  565  1.0000000000000001e-159  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0630  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.34 
 
 
939 aa  561  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0739788  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1521  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.91 
 
 
929 aa  552  1e-156  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0261  phosphoenolpyruvate carboxylase  40.96 
 
 
882 aa  540  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.132478  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2121  Phosphoenolpyruvate carboxylase  39.01 
 
 
946 aa  540  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.180736 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0614  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.8 
 
 
954 aa  538  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1558  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.73 
 
 
929 aa  533  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0614036  unclonable  0.000000000174255 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1883  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.73 
 
 
929 aa  533  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0875  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.66 
 
 
947 aa  532  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.127499  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0828  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.81 
 
 
928 aa  531  1e-149  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.891362  normal  0.27066 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0742  Phosphoenolpyruvate carboxylase  38.48 
 
 
937 aa  532  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0883  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.59 
 
 
972 aa  529  1e-148  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.3209  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5805  Phosphoenolpyruvate carboxylase  39.34 
 
 
914 aa  523  1e-147  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.454197 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0998  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.47 
 
 
938 aa  523  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4447  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.25 
 
 
945 aa  510  1e-143  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4238  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.95 
 
 
1021 aa  508  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4721  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.92 
 
 
896 aa  504  1e-141  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1667  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.38 
 
 
989 aa  501  1e-140  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3689  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.25 
 
 
900 aa  500  1e-140  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0836  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.43 
 
 
1038 aa  500  1e-140  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2134  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.99 
 
 
1023 aa  496  1e-139  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1661  Phosphoenolpyruvate carboxylase  38.12 
 
 
938 aa  499  1e-139  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2291  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.1 
 
 
883 aa  499  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17821  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.28 
 
 
989 aa  498  1e-139  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0561  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.4 
 
 
932 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1933  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.97 
 
 
995 aa  494  9.999999999999999e-139  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2220  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.22 
 
 
1018 aa  494  9.999999999999999e-139  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0767995 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0254  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.81 
 
 
887 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.974753  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07300  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.18 
 
 
942 aa  495  9.999999999999999e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1696  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.23 
 
 
1017 aa  492  1e-137  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0178  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.65 
 
 
940 aa  491  1e-137  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17661  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.97 
 
 
989 aa  492  1e-137  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>