244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0606 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03841  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 883 aa  929    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4030  Phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 883 aa  929    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1505  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.03 
 
 		 875 aa  834    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4112  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.97 
 
 		 875 aa  823    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.685624  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0274  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.2 
 
 		 881 aa  929    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1508  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.03 
 
 		 878 aa  844    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4214  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.85 
 
 		 889 aa  927    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4450  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.42 
 
 		 883 aa  931    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0357723 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4217  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.91 
 
 		 875 aa  832    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.638207  normal  0.736372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1318  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.91 
 
 		 878 aa  838    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0969534  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4329  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 883 aa  931    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39300  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.14 
 
 		 878 aa  835    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2754  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.29 
 
 		 876 aa  966    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00742  phosphoenolpyruvate carboxylase  71.66 
 
 		 873 aa  1293    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00719358  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3928  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.74 
 
 		 879 aa  931    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4065  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.94 
 
 		 879 aa  941    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3900  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.58 
 
 		 898 aa  947    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4015  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.97 
 
 		 889 aa  931    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.265986 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.14 
 
 		 876 aa  836    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757254 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0125  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.69 
 
 		 878 aa  948    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03790  hypothetical protein  53.3 
 
 		 883 aa  929    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4350  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.29 
 
 		 879 aa  941    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5416  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 883 aa  929    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4403  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 883 aa  928    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.494951 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4190  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 883 aa  929    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3380  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.11 
 
 		 873 aa  812    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000188284  normal  0.443016 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4442  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 883 aa  929    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0248  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.75 
 
 		 887 aa  920    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1640  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.74 
 
 		 883 aa  832    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00188681  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0190  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.11 
 
 		 880 aa  938    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4524  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.42 
 
 		 883 aa  931    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189502 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4091  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.69 
 
 		 878 aa  948    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0606  phosphoenolpyruvate carboxylase  100 
 
 		 872 aa  1797    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00195008  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0994  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.2 
 
 		 879 aa  925    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3710  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.2 
 
 		 889 aa  929    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0235  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.31 
 
 		 889 aa  932    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.859727 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0261  phosphoenolpyruvate carboxylase  45.39 
 
 		 882 aa  756    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.132478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0189  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.42 
 
 		 882 aa  909    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000683526  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16690  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.48 
 
 		 878 aa  855    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4278  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.66 
 
 		 878 aa  904    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.419374 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2222  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.44 
 
 		 887 aa  959    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000647926  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4783  phosphoenolpyruvate carboxylase  54.58 
 
 		 878 aa  951    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.380349  hitchhiker  0.000642046 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4060  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 883 aa  929    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3906  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.31 
 
 		 889 aa  935    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1451  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.36 
 
 		 878 aa  853    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.4068  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4096  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.97 
 
 		 889 aa  931    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00045  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.26 
 
 		 888 aa  962    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0254  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.43 
 
 		 887 aa  909    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.974753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0226  phosphoenolpyruvate carboxylase  55.03 
 
 		 878 aa  971    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002310  phosphoenolpyruvate carboxylase  56.14 
 
 		 877 aa  961    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2234  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.25 
 
 		 881 aa  867    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0225  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.32 
 
 		 878 aa  890    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4447  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.42 
 
 		 883 aa  931    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00169419 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0327  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.66 
 
 		 878 aa  924    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.95477 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2291  phosphoenolpyruvate carboxylase  44.25 
 
 		 883 aa  732    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4495  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 883 aa  929    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.305581  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1255  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.4 
 
 		 876 aa  857    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0155098  normal  0.99385 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4125  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.97 
 
 		 889 aa  931    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1110  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.68 
 
 		 875 aa  825    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4360  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.3 
 
 		 912 aa  930    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0200  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.86 
 
 		 878 aa  888    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.611049  normal  0.122744 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4030  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.42 
 
 		 883 aa  928    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.366538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3718  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.97 
 
 		 889 aa  931    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.910029  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3360  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.37 
 
 		 878 aa  866    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_51006  predicted protein  38.91 
 
 		 1007 aa  625  1e-178  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.381291  normal  0.0264006 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_27976  predicted protein  38.54 
 
 		 1009 aa  607  9.999999999999999e-173  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.205513  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_51136  predicted protein  38.79 
 
 		 877 aa  552  1e-155  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  34 
 
 		 952 aa  462  9.999999999999999e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.55 
 
 		 929 aa  455  1.0000000000000001e-126  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0614  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.66 
 
 		 954 aa  443  1e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2377  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.55 
 
 		 938 aa  440  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1684  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.51 
 
 		 929 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.56004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0742  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.16 
 
 		 937 aa  436  1e-121  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07300  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.05 
 
 		 942 aa  436  1e-121  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.39 
 
 		 906 aa  436  1e-121  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1147  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.7 
 
 		 994 aa  433  1e-120  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4447  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.26 
 
 		 945 aa  436  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2220  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.37 
 
 		 1018 aa  434  1e-120  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0767995 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20211  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.7 
 
 		 994 aa  434  1e-120  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2928  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.1 
 
 		 928 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.863251 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3372  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.37 
 
 		 954 aa  432  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.16897  normal  0.0169506 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.61 
 
 		 1002 aa  429  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0178  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.09 
 
 		 940 aa  427  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2408  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.77 
 
 		 946 aa  429  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2454  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.77 
 
 		 946 aa  429  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302733  normal  0.778298 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5805  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.95 
 
 		 914 aa  429  1e-118  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.454197 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.86 
 
 		 1001 aa  429  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2448  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.77 
 
 		 946 aa  429  1e-118  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3706  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.42 
 
 		 937 aa  428  1e-118  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.625576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4238  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.68 
 
 		 1021 aa  423  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0661  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.5 
 
 		 831 aa  423  1e-117  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22741  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.26 
 
 		 1002 aa  421  1e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.114136 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2367  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.26 
 
 		 945 aa  416  9.999999999999999e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6583  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.37 
 
 		 981 aa  419  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17621  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.86 
 
 		 989 aa  417  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16951  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.08 
 
 		 1007 aa  417  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.93 
 
 		 933 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.93 
 
 		 936 aa  415  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0399  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.37 
 
 		 933 aa  414  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.917347  normal  0.991386 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.09 
 
 		 926 aa  416  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>