135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4856 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4856  transglycosylase-associated protein  100 
 
 		 83 aa  154  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0212169 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2982  transglycosylase-associated protein  75.61 
 
 		 87 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3881  transglycosylase-associated protein  76.83 
 
 		 86 aa  124  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.64509  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0937  transglycosylase-associated protein  73.17 
 
 		 87 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.324449  normal  0.445038 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3901  transglycosylase-associated protein  69.51 
 
 		 86 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4946  Transglycosylase-associated protein  71.95 
 
 		 87 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177046  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3143  hypothetical protein  68.29 
 
 		 84 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.28458  normal  0.096168 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4920  transglycosylase-associated protein  69.51 
 
 		 87 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4390  Transglycosylase-associated protein  68.67 
 
 		 88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272942 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4021  transglycosylase-associated protein  68.67 
 
 		 88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.360585  normal  0.652911 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4503  Transglycosylase-associated protein  66.27 
 
 		 88 aa  114  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.644059 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3115  hypothetical protein  70 
 
 		 84 aa  102  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.891919  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3844  transglycosylase-associated protein  70 
 
 		 84 aa  102  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.351474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0268  transglycosylase-associated protein  60.98 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.685198 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0554  hypothetical protein  59.76 
 
 		 95 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0510  transglycosylase-associated protein  56.63 
 
 		 92 aa  100  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694658  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2215  hypothetical protein  62.2 
 
 		 82 aa  99.8  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0561  hypothetical protein  57.32 
 
 		 97 aa  98.6  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0547966  normal  0.0316187 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0454  hypothetical protein  53.09 
 
 		 90 aa  98.2  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.942807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0479  transglycosylase-associated protein  57.32 
 
 		 98 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188397  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1793  Transglycosylase-associated protein  48.19 
 
 		 82 aa  93.2  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.899255  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0892  hypothetical protein  59.72 
 
 		 102 aa  91.3  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7532  hypothetical protein  54.05 
 
 		 88 aa  87.8  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2791  transglycosylase-associated protein  53.66 
 
 		 84 aa  87.4  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1077  hypothetical protein  55.56 
 
 		 82 aa  86.3  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1069  Transglycosylase-associated protein  54.93 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115716 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5492  hypothetical protein  51.22 
 
 		 81 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5046  transglycosylase-associated protein  51.22 
 
 		 81 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5383  transglycosylase-associated protein  51.22 
 
 		 81 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5334  transglycosylase-associated protein  51.22 
 
 		 81 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5242  transglycosylase-associated protein  50 
 
 		 81 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.101174 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0116  transglycosylase-associated protein  53.09 
 
 		 81 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0140  transglycosylase-associated protein  50 
 
 		 81 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5620  transglycosylase-associated protein  50 
 
 		 81 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.969683  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01210  hypothetical protein  49.38 
 
 		 81 aa  78.2  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1248  transglycosylase-associated protein  45.57 
 
 		 84 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.251967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4202  Transglycosylase-associated protein  40.96 
 
 		 83 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0537626 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3560  hypothetical protein  47.5 
 
 		 83 aa  74.3  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4705  transglycosylase-associated protein  39.76 
 
 		 83 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0185222 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4051  transglycosylase-associated protein  43.75 
 
 		 84 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220096  normal  0.61987 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4026  transglycosylase-associated protein  43.75 
 
 		 84 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.846524  normal  0.495041 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4484  transglycosylase-associated protein  43.75 
 
 		 84 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.909812  normal  0.856161 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3969  transglycosylase-associated protein  40.96 
 
 		 85 aa  72.4  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.709132  normal  0.0745804 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0635  transglycosylase-associated protein  51.52 
 
 		 83 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.325039 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5231  transglycosylase-associated protein  37.8 
 
 		 83 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3026  Transglycosylase-associated protein  56.45 
 
 		 80 aa  67.8  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.264823  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02247  transglycosylase-associated protein  45.71 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5929  hypothetical protein  38.55 
 
 		 83 aa  66.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2831  transglycosylase-associated protein  41.79 
 
 		 83 aa  63.5  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71590  hypothetical protein  48.78 
 
 		 81 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6212  hypothetical protein  48.78 
 
 		 81 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3772  transglycosylase-associated protein  43.75 
 
 		 84 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4596  transglycosylase-associated protein  43.75 
 
 		 84 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436344  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5709  transglycosylase-associated protein  43.75 
 
 		 84 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.033399 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1375  Transglycosylase-associated protein  44.71 
 
 		 83 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.146111  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0177  hypothetical protein  42.31 
 
 		 102 aa  57.4  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3646  hypothetical protein  39.53 
 
 		 88 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.117093  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3772  hypothetical protein  41.77 
 
 		 88 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0944  putative transmembrane protein  49.35 
 
 		 83 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.337988  normal  0.0425003 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1935  transglycosylase associated protein  46.43 
 
 		 86 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.261097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1939  transglycosylase-associated protein  46.43 
 
 		 84 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.194115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3704  hypothetical protein  39.53 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0629843  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3787  hypothetical protein  39.53 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0555258  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1336  transglycosylase associated protein  45.24 
 
 		 84 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.113513  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1995  transglycosylase-associated protein  45.24 
 
 		 84 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0039  transglycosylase-associated protein  38.55 
 
 		 84 aa  53.9  0.0000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1521  transglycosylase-associated protein  45.24 
 
 		 84 aa  53.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.663718  normal  0.989429 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1953  transglycosylase-associated protein  48.24 
 
 		 84 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.122238  normal  0.144892 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01170  predicted inner membrane protein  47.06 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.641296  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0031  hypothetical protein  37.35 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01180  hypothetical protein  47.06 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1009  hypothetical protein  45.45 
 
 		 83 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1298  transglycosylase-associated protein  47.06 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1341  transglycosylase-associated protein  47.06 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2430  transglycosylase-associated protein  47.06 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.889606  normal  0.349986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2357  transglycosylase-associated protein  44.19 
 
 		 84 aa  52  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.104354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2587  transglycosylase-associated protein  46.67 
 
 		 82 aa  51.6  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2800  hypothetical protein  43.59 
 
 		 82 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1346  hypothetical protein  43.59 
 
 		 82 aa  51.6  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.96437  normal  0.0395019 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2879  hypothetical protein  43.59 
 
 		 82 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1810  hypothetical protein  39.29 
 
 		 94 aa  51.2  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3061  hypothetical protein  46.15 
 
 		 82 aa  51.2  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0977  Transglycosylase-associated protein  41.82 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.258897  normal  0.0607093 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1353  transglycosylase-associated protein  47.06 
 
 		 84 aa  50.8  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2453  Transglycosylase-associated protein  45.88 
 
 		 84 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0124924  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0332  hypothetical protein  37.21 
 
 		 87 aa  49.3  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.084804 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4912  hypothetical protein  48.75 
 
 		 87 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.59341  hitchhiker  0.00462659 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2307  hypothetical protein  44.32 
 
 		 92 aa  48.9  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.140114  normal  0.0177881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1901  Transglycosylase-associated protein  39.08 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.780516  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0996  transglycosylase-associated protein  41.57 
 
 		 89 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000193935  normal  0.29992 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1481  Transglycosylase-associated protein  38.55 
 
 		 86 aa  48.9  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1900  Transglycosylase-associated protein  38.82 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0261  transglycosylase-associated protein  40.7 
 
 		 87 aa  47.8  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1905  hypothetical protein  43.59 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.117408  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2085  hypothetical protein  43.59 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000229735 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1381  hypothetical protein  43.59 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.166509  hitchhiker  0.0000279268 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1398  hypothetical protein  43.59 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.207389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1365  hypothetical protein  43.59 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.578164 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1150  Transglycosylase-associated protein  37.21 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000224941 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03066  hypothetical protein  45.57 
 
 		 83 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>