68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4744 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4744  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  100 
 
 		 281 aa  580  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116126 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3894  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  61.54 
 
 		 273 aa  354  6.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.787438  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0482  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  61.31 
 
 		 274 aa  349  3e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2134  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  61.31 
 
 		 274 aa  349  3e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2407  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  59.86 
 
 		 274 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261788 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1710  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  57.66 
 
 		 287 aa  315  4e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6603  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  54.01 
 
 		 278 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127323 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5662  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  54.74 
 
 		 278 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.425748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2384  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  51.46 
 
 		 276 aa  311  7.999999999999999e-84  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2839  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  54.38 
 
 		 276 aa  300  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604596  normal  0.144576 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4264  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  50.72 
 
 		 279 aa  298  6e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.968678  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0395  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.72 
 
 		 276 aa  298  7e-80  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0399  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.72 
 
 		 276 aa  296  3e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0119  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronateketol- isomer ase  46.35 
 
 		 278 aa  295  7e-79  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0395  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.35 
 
 		 276 aa  293  2e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0670  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol- isomerase  48.91 
 
 		 276 aa  291  7e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.208996  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2738  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  50 
 
 		 276 aa  291  1e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.171059  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0391  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  47.62 
 
 		 276 aa  290  2e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6827  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  50.18 
 
 		 278 aa  289  4e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0343  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.35 
 
 		 276 aa  289  4e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2944  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  49.08 
 
 		 280 aa  288  7e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.842443 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0950  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.73 
 
 		 280 aa  288  7e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.73185  hitchhiker  0.0000165673 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1694  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.19 
 
 		 278 aa  284  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.730903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1804  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.19 
 
 		 278 aa  284  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0956788  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2642  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.19 
 
 		 278 aa  283  2.0000000000000002e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.198375 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5760  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.91 
 
 		 278 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1910  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.55 
 
 		 278 aa  280  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000905199  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2206  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.91 
 
 		 278 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3403  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronateketol- isomerase  47.62 
 
 		 286 aa  278  6e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0682424 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3165  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  47.1 
 
 		 278 aa  278  8e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02654  hypothetical protein  46.74 
 
 		 278 aa  278  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02691  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  46.74 
 
 		 278 aa  278  1e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2991  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  46.74 
 
 		 278 aa  276  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.050045 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3296  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  46.38 
 
 		 278 aa  277  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.578239  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0872  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  46.38 
 
 		 278 aa  276  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0847  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase  46.38 
 
 		 278 aa  276  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2990  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  46.38 
 
 		 278 aa  276  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.163  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2203  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  47.83 
 
 		 278 aa  275  5e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.128768  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4112  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  46.01 
 
 		 278 aa  275  9e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000651475 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4107  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  47.83 
 
 		 278 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3915  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  47.46 
 
 		 278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.809964  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3169  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  46.01 
 
 		 278 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3186  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  45.65 
 
 		 278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3350  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  45.65 
 
 		 278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.40902 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3249  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  45.65 
 
 		 278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238972 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3234  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  45.29 
 
 		 278 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00037687 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1757  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48 
 
 		 283 aa  265  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2031  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  45.65 
 
 		 278 aa  263  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1972  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  47.83 
 
 		 278 aa  261  8e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.902549  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3017  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  44.93 
 
 		 274 aa  261  1e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2539  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronateketol- isomerase  45 
 
 		 283 aa  259  4e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0197  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  45.29 
 
 		 279 aa  258  7e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.500456  normal  0.130457 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1280  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  44.32 
 
 		 276 aa  256  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000894745  normal  0.234685 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4263  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  45.99 
 
 		 274 aa  254  9e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0643  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  47.81 
 
 		 272 aa  248  1e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03675  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase  40.83 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03676  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase  51.43 
 
 		 73 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4018  myo-inositol catabolism IolB domain-containing protein  27.33 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153426 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2600  myo-inositol catabolism IolB domain-containing protein  26.74 
 
 		 289 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.161713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3607  Myo-inositol catabolism IolB domain protein  26.44 
 
 		 292 aa  53.5  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.782591  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2302  5-keto 4-deoxyuronate isomerase-like protein  26.29 
 
 		 285 aa  47.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.929628  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1368  Myo-inositol catabolism IolB domain protein  27.89 
 
 		 307 aa  46.2  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1724  Myo-inositol catabolism IolB domain protein  26.95 
 
 		 256 aa  46.2  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0957  Myo-inositol catabolism IolB domain protein  25.85 
 
 		 297 aa  45.8  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0835  myo-inositol catabolism IolB domain-containing protein  25.93 
 
 		 300 aa  45.4  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.676386  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0278  Myo-inositol catabolism IolB domain-containing protein  23.72 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4057  Myo-inositol catabolism IolB domain protein  28.38 
 
 		 304 aa  43.5  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.867831 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0590  Glucose-6-phosphate isomerase  32.94 
 
 		 183 aa  42.7  0.007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>