60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3915 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3915  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  100 
 
 		 278 aa  584  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.809964  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4107  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  97.84 
 
 		 278 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1804  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  69.06 
 
 		 278 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0956788  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2642  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  69.06 
 
 		 278 aa  421  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.198375 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1694  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  69.06 
 
 		 278 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.730903  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3296  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  66.55 
 
 		 278 aa  415  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.578239  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2991  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  67.27 
 
 		 278 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.050045 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3165  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  66.91 
 
 		 278 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02691  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  66.55 
 
 		 278 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02654  hypothetical protein  66.55 
 
 		 278 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0847  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase  66.19 
 
 		 278 aa  413  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4112  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  65.83 
 
 		 278 aa  411  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000651475 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0872  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  66.19 
 
 		 278 aa  413  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2203  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  66.91 
 
 		 278 aa  412  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.128768  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2990  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  66.19 
 
 		 278 aa  413  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.163  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1910  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  65.83 
 
 		 278 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000905199  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3249  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  64.75 
 
 		 278 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238972 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3234  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  64.75 
 
 		 278 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00037687 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3017  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  65.11 
 
 		 274 aa  400  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3186  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  64.75 
 
 		 278 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3169  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  64.75 
 
 		 278 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3350  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  64.75 
 
 		 278 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.40902 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2031  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  64.75 
 
 		 278 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1972  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  65.11 
 
 		 278 aa  392  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.902549  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2206  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  61.15 
 
 		 278 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5760  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  61.87 
 
 		 278 aa  374  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0395  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  58.99 
 
 		 276 aa  340  1e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0399  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  58.99 
 
 		 276 aa  339  2.9999999999999998e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0395  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  58.27 
 
 		 276 aa  335  5e-91  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0391  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  58.63 
 
 		 276 aa  335  5.999999999999999e-91  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0670  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol- isomerase  54.68 
 
 		 276 aa  329  3e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.208996  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2738  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  52.16 
 
 		 276 aa  325  7e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.171059  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3403  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronateketol- isomerase  55.26 
 
 		 286 aa  323  2e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0682424 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1710  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  53.6 
 
 		 287 aa  321  7e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0119  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronateketol- isomer ase  52.16 
 
 		 278 aa  313  2.9999999999999996e-84  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2944  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  51.8 
 
 		 280 aa  310  1e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.842443 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0950  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  52.06 
 
 		 280 aa  308  6.999999999999999e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.73185  hitchhiker  0.0000165673 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5662  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  51.07 
 
 		 278 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.425748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6603  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  49.28 
 
 		 278 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127323 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6827  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  51.25 
 
 		 278 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2384  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  48.92 
 
 		 276 aa  298  5e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4264  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  49.09 
 
 		 279 aa  297  1e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.968678  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0343  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  49.28 
 
 		 276 aa  295  5e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4744  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  47.46 
 
 		 281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116126 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1280  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  47.88 
 
 		 276 aa  271  8.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000894745  normal  0.234685 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0197  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  42.7 
 
 		 279 aa  262  4.999999999999999e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.500456  normal  0.130457 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3894  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  44.6 
 
 		 273 aa  259  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.787438  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2407  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  43.17 
 
 		 274 aa  258  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261788 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2134  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  42.09 
 
 		 274 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0482  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  42.09 
 
 		 274 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2839  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  46.04 
 
 		 276 aa  255  4e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604596  normal  0.144576 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4263  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  42.09 
 
 		 274 aa  255  5e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2539  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronateketol- isomerase  42.11 
 
 		 283 aa  248  5e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1757  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  41.3 
 
 		 283 aa  248  7e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0643  5-keto-4-deoxyuronate isomerase  41.94 
 
 		 272 aa  241  1e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03675  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase  34.45 
 
 		 145 aa  82.4  0.000000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03676  4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase  47.76 
 
 		 73 aa  75.5  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2302  5-keto 4-deoxyuronate isomerase-like protein  24.49 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.929628  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0957  Myo-inositol catabolism IolB domain protein  27.08 
 
 		 297 aa  49.7  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0835  myo-inositol catabolism IolB domain-containing protein  25 
 
 		 300 aa  43.5  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.676386  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>