54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2449 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2449  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 175 aa  364  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.66564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3152  cupin 2, barrel  93.14 
 
 		 175 aa  345  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3343  cupin 2, barrel  75.43 
 
 		 175 aa  288  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.235218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2715  cupin 2, conserved barrel  77.58 
 
 		 185 aa  280  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4758  cupin 2 domain-containing protein  70.18 
 
 		 177 aa  261  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2040  cupin 2, barrel  68.1 
 
 		 187 aa  241  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3174  cupin 2 domain-containing protein  56.89 
 
 		 187 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.724458  normal  0.0313966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1695  cupin 2 domain-containing protein  60.65 
 
 		 157 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2492  cupin 2, barrel  42.58 
 
 		 177 aa  146  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.103992  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3144  cupin 2 domain-containing protein  42.94 
 
 		 177 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5003  cupin 2 domain-containing protein  42.94 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5728  cupin 2 domain-containing protein  44.03 
 
 		 177 aa  144  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4495  cupin 2 domain-containing protein  44.03 
 
 		 177 aa  144  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5131  cupin 2, barrel  44.03 
 
 		 177 aa  144  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3146  hypothetical protein  42.94 
 
 		 177 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5302  cupin 2 domain-containing protein  42.33 
 
 		 177 aa  142  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3051  2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase  44.52 
 
 		 177 aa  142  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197911  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1543  cupin 2, barrel  42.94 
 
 		 176 aa  141  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1869  2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase  38.96 
 
 		 177 aa  135  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0461323  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0167  cupin 2 protein  41.94 
 
 		 177 aa  132  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0317478  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1002  hypothetical protein  40 
 
 		 177 aa  131  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10920  hypothetical protein  40 
 
 		 177 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0538  cupin 2, barrel  41.38 
 
 		 162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1967  hypothetical protein  31.87 
 
 		 156 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.573441 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1871  hypothetical protein  33.87 
 
 		 177 aa  70.1  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.21656  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3725  cupin 2 domain-containing protein  31.82 
 
 		 163 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0726235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4298  cupin 2 domain-containing protein  30.95 
 
 		 168 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4201  cupin 2 domain-containing protein  32 
 
 		 163 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0505424 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1870  2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase  39.77 
 
 		 178 aa  68.2  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0763045  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3209  cupin 2 domain-containing protein  32.67 
 
 		 163 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4058  cupin 2, barrel  31.62 
 
 		 163 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4308  cupin 2 domain-containing protein  31.62 
 
 		 163 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.667987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1703  hypothetical protein  30.67 
 
 		 163 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1661  2,4-dihydroxyacetophenone dioxygenase  32.77 
 
 		 164 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.883469  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1091  2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase  31.93 
 
 		 164 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1385  2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase  31.93 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.23376  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0151  2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase  31.93 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.320826  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2315  cupin domain-containing protein  31.93 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1459  cupin domain-containing protein  31.93 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1004  cupin domain-containing protein  31.93 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245766  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0499  cupin domain-containing protein  31.93 
 
 		 160 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000626  2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase  29.66 
 
 		 170 aa  60.5  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0304  hypothetical protein  32.48 
 
 		 168 aa  58.9  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0241378 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0381  hypothetical protein  29.37 
 
 		 158 aa  57  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3715  hypothetical protein  31.78 
 
 		 168 aa  54.3  0.0000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.052619 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0309  hypothetical protein  31.78 
 
 		 168 aa  54.3  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2801  hypothetical protein  28.26 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1715  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.26 
 
 		 143 aa  48.9  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.258118  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1642  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 143 aa  48.5  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.042351  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0768  hypothetical protein  32.03 
 
 		 159 aa  46.6  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2232  anti-sigm factor, ChrR  32.91 
 
 		 143 aa  42.4  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194194  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1351  cupin 2 domain-containing protein  33.78 
 
 		 114 aa  41.2  0.008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00886277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1335  cupin 2 domain-containing protein  33.78 
 
 		 114 aa  41.2  0.008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0811  hypothetical protein  27.08 
 
 		 134 aa  40.8  0.01  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>