42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2222 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2222  GYD family protein  100 
 
 		 97 aa  201  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2955  GYD family protein  73.2 
 
 		 97 aa  157  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.559736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2697  GYD family protein  73.2 
 
 		 97 aa  156  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.794289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1466  hypothetical protein  73.2 
 
 		 97 aa  155  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3680  GYD family protein  68.04 
 
 		 97 aa  149  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.136753 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6772  GYD family protein  64.95 
 
 		 106 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37649  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6926  GYD family protein  64.95 
 
 		 106 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.841233 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2201  GYD family protein  51.04 
 
 		 97 aa  106  1e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2176  hypothetical protein  51.04 
 
 		 96 aa  94.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0389564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2061  GYD family protein  43.75 
 
 		 97 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426969  hitchhiker  0.00211172 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2766  hypothetical protein  44.19 
 
 		 97 aa  85.5  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.102668 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4082  hypothetical protein  41.67 
 
 		 97 aa  85.1  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244815  normal  0.462072 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3913  hypothetical protein  41.67 
 
 		 97 aa  83.6  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1821  GYD family protein  40.21 
 
 		 97 aa  82.8  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00285052 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0133  hypothetical protein  47.62 
 
 		 97 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7354  hypothetical protein  37.5 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.367372 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1488  GYD family protein  42.71 
 
 		 97 aa  81.3  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0979  hypothetical protein  42.71 
 
 		 97 aa  80.5  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4503  GYD family protein  38.14 
 
 		 98 aa  77.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.662713 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1035  GYD family protein  36.46 
 
 		 97 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1787  hypothetical protein  37.11 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.777654 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1507  hypothetical protein  39.58 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0673554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0352  GYD family protein  37.36 
 
 		 97 aa  71.2  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0029  GYD family protein  47.62 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0035  GYD family protein  47.62 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.161065 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0806  GYD family protein  35.29 
 
 		 93 aa  67  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.873842 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1556  hypothetical protein  31.25 
 
 		 97 aa  57  0.00000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.200174  normal  0.832039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0264  hypothetical protein  30.49 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0934  hypothetical protein  33.33 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3475  hypothetical protein  30.49 
 
 		 106 aa  48.1  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1084  hypothetical protein  26.51 
 
 		 106 aa  47.4  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.307072  normal  0.734607 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1997  GYD family protein  30.38 
 
 		 108 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118052  normal  0.0506492 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2498  GYD family protein  25.97 
 
 		 105 aa  46.6  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0254617 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0509  GYD family protein  27.5 
 
 		 108 aa  47  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3666  GYD family protein  28.95 
 
 		 115 aa  44.3  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.159965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2492  GYD family protein  29.33 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.722431  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2604  hypothetical protein  25.81 
 
 		 95 aa  43.9  0.0007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0724778  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0973  GYD family protein  27.5 
 
 		 213 aa  43.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.921411  hitchhiker  0.00478121 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2353  hypothetical protein  24.64 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.450376  normal  0.0588721 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1275  hypothetical protein  28 
 
 		 108 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1626  hypothetical protein  28.43 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.475119  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1200  hypothetical protein  35.71 
 
 		 78 aa  40  0.01  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0664632  normal  0.476152 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>