36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0035 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0035  GYD family protein  100 
 
 		 97 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.161065 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0029  GYD family protein  100 
 
 		 97 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0133  hypothetical protein  86.6 
 
 		 97 aa  159  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3913  hypothetical protein  69.79 
 
 		 97 aa  140  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2766  hypothetical protein  59.38 
 
 		 97 aa  122  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.102668 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2061  GYD family protein  52.58 
 
 		 97 aa  120  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426969  hitchhiker  0.00211172 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4082  hypothetical protein  56.25 
 
 		 97 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244815  normal  0.462072 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1821  GYD family protein  53.12 
 
 		 97 aa  112  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00285052 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1035  GYD family protein  52.69 
 
 		 97 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1787  hypothetical protein  47.92 
 
 		 96 aa  104  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.777654 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1507  hypothetical protein  45.36 
 
 		 96 aa  100  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0673554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0979  hypothetical protein  50 
 
 		 97 aa  97.4  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7354  hypothetical protein  46.88 
 
 		 106 aa  97.1  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.367372 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2955  GYD family protein  47.62 
 
 		 97 aa  91.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.559736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2697  GYD family protein  47.62 
 
 		 97 aa  90.5  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.794289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1466  hypothetical protein  40.62 
 
 		 97 aa  90.5  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2222  GYD family protein  47.62 
 
 		 97 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2201  GYD family protein  41.67 
 
 		 97 aa  84  7e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4503  GYD family protein  40.82 
 
 		 98 aa  82  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.662713 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3680  GYD family protein  41.67 
 
 		 97 aa  79.7  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.136753 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6772  GYD family protein  42.86 
 
 		 106 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37649  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6926  GYD family protein  44.05 
 
 		 106 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.841233 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1488  GYD family protein  37.11 
 
 		 97 aa  74.3  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2176  hypothetical protein  41.3 
 
 		 96 aa  67.4  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0389564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1556  hypothetical protein  30.93 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.200174  normal  0.832039 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1084  hypothetical protein  30.43 
 
 		 106 aa  57  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.307072  normal  0.734607 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0352  GYD family protein  30.93 
 
 		 97 aa  53.9  0.0000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0806  GYD family protein  28.09 
 
 		 93 aa  52.4  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.873842 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3475  hypothetical protein  31.52 
 
 		 106 aa  50.8  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0973  GYD family protein  30.34 
 
 		 213 aa  48.9  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.921411  hitchhiker  0.00478121 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2353  hypothetical protein  32.88 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.450376  normal  0.0588721 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2498  GYD family protein  28.38 
 
 		 105 aa  46.2  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0254617 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0509  GYD family protein  30.68 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1997  GYD family protein  27.84 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118052  normal  0.0506492 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3666  GYD family protein  26.6 
 
 		 115 aa  41.6  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.159965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1275  hypothetical protein  28 
 
 		 108 aa  40.4  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>