28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1821 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1821  GYD family protein  100 
 
 		 97 aa  201  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00285052 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3913  hypothetical protein  58.33 
 
 		 97 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2766  hypothetical protein  49.48 
 
 		 97 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.102668 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0133  hypothetical protein  56.25 
 
 		 97 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4082  hypothetical protein  55.21 
 
 		 97 aa  115  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244815  normal  0.462072 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2061  GYD family protein  54.17 
 
 		 97 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426969  hitchhiker  0.00211172 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1035  GYD family protein  45.16 
 
 		 97 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7354  hypothetical protein  42.55 
 
 		 106 aa  92.8  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.367372 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1787  hypothetical protein  46.39 
 
 		 96 aa  91.3  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.777654 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0979  hypothetical protein  46.88 
 
 		 97 aa  90.9  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0029  GYD family protein  53.12 
 
 		 97 aa  87.4  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0035  GYD family protein  53.12 
 
 		 97 aa  87.4  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.161065 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1507  hypothetical protein  46.81 
 
 		 96 aa  85.1  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0673554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3680  GYD family protein  42.71 
 
 		 97 aa  85.1  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.136753 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2222  GYD family protein  40.21 
 
 		 97 aa  82.8  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1466  hypothetical protein  39.18 
 
 		 97 aa  82.4  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2955  GYD family protein  37.11 
 
 		 97 aa  78.2  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.559736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2697  GYD family protein  37.11 
 
 		 97 aa  76.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.794289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6926  GYD family protein  38.71 
 
 		 106 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.841233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6772  GYD family protein  35.48 
 
 		 106 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37649  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2201  GYD family protein  35.42 
 
 		 97 aa  69.7  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1488  GYD family protein  35.42 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2176  hypothetical protein  38.04 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0389564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4503  GYD family protein  34.04 
 
 		 98 aa  60.1  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.662713 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0806  GYD family protein  31.46 
 
 		 93 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.873842 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0352  GYD family protein  31.03 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1084  hypothetical protein  29.03 
 
 		 106 aa  46.2  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.307072  normal  0.734607 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1556  hypothetical protein  29 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.200174  normal  0.832039 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>