216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1004 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1004  50S ribosomal protein L30  100 
 
 		 67 aa  132  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0620766  decreased coverage  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1861  50S ribosomal protein L30  89.55 
 
 		 67 aa  123  8.000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.407408  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1448  50S ribosomal protein L30  87.72 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.929912  normal  0.252359 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1350  50S ribosomal protein L30  87.72 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000364776  normal  0.271077 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2754  ribosomal protein L30  75.38 
 
 		 68 aa  100  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.21278  normal  0.252738 
 
 
-
 
NC_004310  BR1215  50S ribosomal protein L30  78.79 
 
 		 65 aa  99  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1974  50S ribosomal protein L30  78.79 
 
 		 66 aa  99  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0435549  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1178  50S ribosomal protein L30  78.79 
 
 		 65 aa  99  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.109689  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1660  50S ribosomal protein L30  75.76 
 
 		 66 aa  97.1  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0512688  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0303  50S ribosomal protein L30  67.8 
 
 		 62 aa  92  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.518978 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2146  50S ribosomal protein L30  72.13 
 
 		 64 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2183  50S ribosomal protein L30  73.77 
 
 		 64 aa  92  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.319169 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2461  50S ribosomal protein L30  73.77 
 
 		 64 aa  92  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.659529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0609  50S ribosomal protein L30  68.97 
 
 		 61 aa  90.5  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2200  50S ribosomal protein L30  75.86 
 
 		 63 aa  89.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0385918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0272  50S ribosomal protein L30  67.8 
 
 		 62 aa  89.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0343229  normal  0.426286 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4780  ribosomal protein L30  75 
 
 		 60 aa  87.4  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.986627  hitchhiker  0.000000475085 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0777  50S ribosomal protein L30  66.1 
 
 		 62 aa  87  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.432706  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1926  50S ribosomal protein L30  67.21 
 
 		 63 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1335  50S ribosomal protein L30  72.13 
 
 		 61 aa  86.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0335  50S ribosomal protein L30  68.33 
 
 		 63 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.623438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3430  50S ribosomal protein L30  68.85 
 
 		 64 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0716  50S ribosomal protein L30  65.62 
 
 		 68 aa  82.8  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.142124  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3649  50S ribosomal protein L30  67.16 
 
 		 64 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5052  50S ribosomal protein L30  69.49 
 
 		 63 aa  82.8  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.707878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2670  50S ribosomal protein L30  70.69 
 
 		 63 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245822  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2313  50S ribosomal protein L30  70.49 
 
 		 64 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.350397  normal  0.415708 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1632  ribosomal protein L30  70.18 
 
 		 63 aa  81.3  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.108168 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1777  50S ribosomal protein L30P  65.57 
 
 		 61 aa  80.1  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0189891  normal  0.14653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3166  50S ribosomal protein L30  67.16 
 
 		 64 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.146621  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1372  50S ribosomal protein L30  61.82 
 
 		 64 aa  76.6  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.63602  normal  0.121983 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1733  50S ribosomal protein L30  57.63 
 
 		 62 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134869  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0379  50S ribosomal protein L30  57.63 
 
 		 62 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2516  50S ribosomal protein L30  57.63 
 
 		 62 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1382  50S ribosomal protein L30  60.61 
 
 		 64 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.773605  normal  0.332545 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1563  50S ribosomal protein L30  63.64 
 
 		 64 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.17266  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2800  ribosomal protein L30  60 
 
 		 60 aa  74.3  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.683701 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1267  50S ribosomal protein L30  60.71 
 
 		 58 aa  73.6  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0399706  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0562  50S ribosomal protein L30  67.86 
 
 		 65 aa  70.1  0.000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  60 
 
 		 61 aa  63.5  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4258  ribosomal protein L30  49.18 
 
 		 61 aa  58.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000321281  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 		 59 aa  57.8  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2889  ribosomal protein L30  51.72 
 
 		 60 aa  57.8  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1928  ribosomal protein L30  50.91 
 
 		 64 aa  54.3  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1007  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 62 aa  53.9  0.0000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00128687  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3987  ribosomal protein L30  54.9 
 
 		 61 aa  53.5  0.0000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0158731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2601  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 58 aa  53.9  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00274852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3425  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 		 60 aa  53.5  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 		 60 aa  52.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  0.00000000000200607 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000115518  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  45.61 
 
 		 61 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1040  50S ribosomal protein L30  44.83 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000314653  hitchhiker  0.0000935583 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3931  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000726837  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717278  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  45 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000104117  unclonable  0.00000000820737 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  51.6  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3626  50S ribosomal protein L30  45 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000585179  hitchhiker  0.0000000000133791 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0332  50S ribosomal protein L30  45 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00936849  decreased coverage  0.00323406 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000487608  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09820  LSU ribosomal protein L30P  44.62 
 
 		 63 aa  51.2  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0340252  hitchhiker  0.0000167701 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2932  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000405636 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3279  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0271147  hitchhiker  0.00015076 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3050  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0897802  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1849  50S ribosomal protein L30  56.52 
 
 		 62 aa  50.8  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.935152 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 63 aa  50.8  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3151  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0153482  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1942  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428807  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  46.43 
 
 		 66 aa  50.8  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0865  50S ribosomal protein L30P  47.27 
 
 		 59 aa  50.1  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.012953  hitchhiker  0.0056399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0977  50S ribosomal protein L30P  44.26 
 
 		 61 aa  49.7  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00293682  hitchhiker  0.00137611 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 62 aa  49.7  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  46.3 
 
 		 58 aa  49.7  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0399  50S ribosomal protein L30  39.66 
 
 		 60 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.894889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0391  50S ribosomal protein L30  39.66 
 
 		 60 aa  49.3  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000847959  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 60 aa  49.3  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158011  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3299  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  48.9  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0619  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  48.9  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.268532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2307  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  49.3  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.227659  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  48.15 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  48.15 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>