234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0303 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0303  50S ribosomal protein L30  100 
 
 
62 aa  124  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.518978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0272  50S ribosomal protein L30  83.61 
 
 
62 aa  110  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0343229  normal  0.426286 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0609  50S ribosomal protein L30  84.75 
 
 
61 aa  107  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446566  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0777  50S ribosomal protein L30  79.03 
 
 
62 aa  102  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.432706  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1733  50S ribosomal protein L30  67.74 
 
 
62 aa  92  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134869  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1004  50S ribosomal protein L30  67.8 
 
 
67 aa  92  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0620766  decreased coverage  0.00478074 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0379  50S ribosomal protein L30  67.74 
 
 
62 aa  92  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2516  50S ribosomal protein L30  67.74 
 
 
62 aa  92  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1215  50S ribosomal protein L30  68.97 
 
 
65 aa  91.7  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1861  50S ribosomal protein L30  69.49 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.407408  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1974  50S ribosomal protein L30  68.97 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0435549  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1178  50S ribosomal protein L30  68.97 
 
 
65 aa  91.7  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.109689  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2754  ribosomal protein L30  66.67 
 
 
68 aa  89.4  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.21278  normal  0.252738 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2670  50S ribosomal protein L30  71.43 
 
 
63 aa  87.4  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245822  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1660  50S ribosomal protein L30  62.71 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0512688  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1335  50S ribosomal protein L30  68.97 
 
 
61 aa  85.5  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1777  50S ribosomal protein L30P  67.24 
 
 
61 aa  85.5  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0189891  normal  0.14653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1350  50S ribosomal protein L30  64.91 
 
 
69 aa  84.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000364776  normal  0.271077 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1448  50S ribosomal protein L30  64.91 
 
 
69 aa  84.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.929912  normal  0.252359 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1267  50S ribosomal protein L30  67.86 
 
 
58 aa  82.4  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0399706  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2461  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
64 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.659529  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2183  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
64 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.319169 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2146  50S ribosomal protein L30  60 
 
 
64 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3430  50S ribosomal protein L30  63.33 
 
 
64 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2200  50S ribosomal protein L30  65.45 
 
 
63 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0385918  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4780  ribosomal protein L30  61.4 
 
 
60 aa  80.1  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.986627  hitchhiker  0.000000475085 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5052  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
63 aa  80.1  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.707878  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2800  ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  79  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.683701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1926  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
63 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0335  50S ribosomal protein L30  59.65 
 
 
63 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.623438  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1632  ribosomal protein L30  59.65 
 
 
63 aa  75.5  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.108168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3649  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
64 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0716  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
68 aa  74.3  0.0000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.142124  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1382  50S ribosomal protein L30  57.63 
 
 
64 aa  73.6  0.0000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.773605  normal  0.332545 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2313  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
64 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.350397  normal  0.415708 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3166  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
64 aa  70.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.146621  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1372  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
64 aa  69.7  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.63602  normal  0.121983 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0562  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  57.14 
 
 
61 aa  68.6  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1563  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.17266  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1007  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
62 aa  67.8  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00128687  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  59.65 
 
 
59 aa  67.4  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4258  ribosomal protein L30  54.39 
 
 
61 aa  65.1  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000321281  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
59 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  54.39 
 
 
61 aa  63.9  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  55.36 
 
 
60 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  61.6  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000735954  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209135  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2889  ribosomal protein L30  51.72 
 
 
60 aa  61.6  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  61.2  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  61.6  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1573  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
60 aa  60.8  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0153728  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  53.7 
 
 
58 aa  60.8  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3425  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
60 aa  60.8  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  60.5  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  52.46 
 
 
62 aa  60.5  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3987  ribosomal protein L30  50.88 
 
 
61 aa  60.5  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0158731  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  51.79 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000104117  unclonable  0.00000000820737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  60.5  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000879323  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158772  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000314653  hitchhiker  0.0000935583 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000115518  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000084288  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288891  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
61 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000235964  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  0.00000243699 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  0.00000000000200607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0865  50S ribosomal protein L30P  44.07 
 
 
59 aa  60.1  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.012953  hitchhiker  0.0056399 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000726837  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  52.54 
 
 
61 aa  59.7  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717278  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1040  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
60 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127741  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
62 aa  58.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  59.3  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158011  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
58 aa  58.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
58 aa  58.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  53.57 
 
 
58 aa  58.2  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3279  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
60 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0271147  hitchhiker  0.00015076 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3931  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  57.8  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
62 aa  57.8  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2932  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
60 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000405636 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  46.43 
 
 
60 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000487608  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  46.43 
 
 
60 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  46.43 
 
 
63 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>