229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3430 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3430  50S ribosomal protein L30  100 
 
 		 64 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2313  50S ribosomal protein L30  84.38 
 
 		 64 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.350397  normal  0.415708 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3166  50S ribosomal protein L30  84.38 
 
 		 64 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.146621  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1382  50S ribosomal protein L30  79.37 
 
 		 64 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.773605  normal  0.332545 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3649  50S ribosomal protein L30  84.38 
 
 		 64 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1563  50S ribosomal protein L30  79.37 
 
 		 64 aa  105  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.17266  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5052  50S ribosomal protein L30  81.25 
 
 		 63 aa  101  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.707878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1660  50S ribosomal protein L30  71.19 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0512688  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2146  50S ribosomal protein L30  68.33 
 
 		 64 aa  87  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2183  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 		 64 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.319169 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2461  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 		 64 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.659529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1861  50S ribosomal protein L30  72.13 
 
 		 67 aa  85.1  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.407408  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1215  50S ribosomal protein L30  69.49 
 
 		 65 aa  84.3  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1777  50S ribosomal protein L30P  70 
 
 		 61 aa  84.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0189891  normal  0.14653 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1974  50S ribosomal protein L30  69.49 
 
 		 66 aa  84.7  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0435549  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1178  50S ribosomal protein L30  69.49 
 
 		 65 aa  84.3  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.109689  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2754  ribosomal protein L30  70.18 
 
 		 68 aa  84.3  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.21278  normal  0.252738 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1004  50S ribosomal protein L30  68.85 
 
 		 67 aa  84  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0620766  decreased coverage  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1926  50S ribosomal protein L30  68.33 
 
 		 63 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1335  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 		 61 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0335  50S ribosomal protein L30  69.49 
 
 		 63 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.623438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0272  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 		 62 aa  82.4  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0343229  normal  0.426286 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2670  50S ribosomal protein L30  64.52 
 
 		 63 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245822  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0303  50S ribosomal protein L30  63.33 
 
 		 62 aa  80.5  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.518978 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2200  50S ribosomal protein L30  70.18 
 
 		 63 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0385918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1632  ribosomal protein L30  65.08 
 
 		 63 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.108168 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0609  50S ribosomal protein L30  67.24 
 
 		 61 aa  78.2  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1372  50S ribosomal protein L30  58.06 
 
 		 64 aa  78.2  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.63602  normal  0.121983 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4780  ribosomal protein L30  66.67 
 
 		 60 aa  77  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.986627  hitchhiker  0.000000475085 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1448  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 		 69 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.929912  normal  0.252359 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1350  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 		 69 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000364776  normal  0.271077 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0777  50S ribosomal protein L30  61.67 
 
 		 62 aa  75.5  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.432706  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  66.07 
 
 		 61 aa  75.9  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0562  50S ribosomal protein L30  60.66 
 
 		 65 aa  71.2  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1733  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 		 62 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134869  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0379  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 		 62 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2516  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 		 62 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1267  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 		 58 aa  68.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0399706  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2800  ribosomal protein L30  55.93 
 
 		 60 aa  67.4  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.683701 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  55.93 
 
 		 60 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  55.93 
 
 		 60 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  65.1  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  56.9 
 
 		 59 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000115518  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000314653  hitchhiker  0.0000935583 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  0.00000000000200607 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000726837  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717278  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1007  50S ribosomal protein L30  52.46 
 
 		 62 aa  63.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00128687  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0716  50S ribosomal protein L30  54.84 
 
 		 68 aa  62  0.000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.142124  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  51.72 
 
 		 61 aa  61.2  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  54.39 
 
 		 60 aa  61.2  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158011  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 60 aa  60.8  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  50.85 
 
 		 60 aa  60.8  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000104117  unclonable  0.00000000820737 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4258  ribosomal protein L30  50.79 
 
 		 61 aa  59.7  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000321281  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  54.39 
 
 		 59 aa  58.2  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 59 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209135  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 59 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000735954  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0977  50S ribosomal protein L30P  46.67 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00293682  hitchhiker  0.00137611 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  57.4  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  51.85 
 
 		 58 aa  57.8  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  50 
 
 		 61 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 62 aa  57.4  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 63 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000487608  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.6  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000879323  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 59 aa  56.6  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158772  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000235964  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0444  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000247564  hitchhiker  0.000093478 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288891  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3050  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0897802  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4225  ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00829354  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  50 
 
 		 61 aa  55.8  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  0.00000243699 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3151  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0153482  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1942  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428807  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 		 58 aa  55.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 		 58 aa  55.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>