70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0916 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0916  putative periplasmic binding ABC transporter protein  100 
 
 		 340 aa  691    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.71 
 
 		 351 aa  95.1  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1150  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.22 
 
 		 359 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4991  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.36 
 
 		 385 aa  89.7  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.575468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2602  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.67 
 
 		 363 aa  89  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5835  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.12 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0550  hypothetical protein  26.16 
 
 		 364 aa  83.6  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0452037  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4849  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.18 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999053  normal  0.0394517 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0844  hypothetical protein  26.36 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.655414  normal  0.0599894 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6225  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.88 
 
 		 362 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0916  putative simple sugar transport system substrate-binding protein  25.32 
 
 		 331 aa  72  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1342  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.33 
 
 		 309 aa  69.3  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1721  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.92 
 
 		 329 aa  68.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.525383  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1208  sugar binding protein of ABC transporter  26.87 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0308996  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  25.17 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.22 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1831  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.41 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.66 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.59 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.59 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.17 
 
 		 345 aa  60.8  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.36 
 
 		 328 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  24.92 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4615  secreted solute binding protein  26.56 
 
 		 335 aa  59.3  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2409  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.51 
 
 		 314 aa  59.3  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6094  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.64 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.95 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4347  ribose ABC transporter, substrate binding protein  25.8 
 
 		 340 aa  57  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1425  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.34 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.00000000184688  normal  0.493371 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1806  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.72 
 
 		 333 aa  54.7  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.599386 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5339  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  24.58 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0113  putative ABC-type sugar transport system  24.52 
 
 		 331 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  26.02 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1590  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.88 
 
 		 319 aa  53.9  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.35 
 
 		 312 aa  53.9  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2410  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.64 
 
 		 310 aa  53.5  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.372916 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  26.63 
 
 		 329 aa  53.1  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5241  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.69 
 
 		 316 aa  53.1  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.635479 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2690  sugar ABC transporter  25.17 
 
 		 341 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1358  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.23 
 
 		 337 aa  52  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.71 
 
 		 333 aa  51.6  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.86065 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0045  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.32 
 
 		 327 aa  51.6  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0656  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.69 
 
 		 326 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1724  twin-arginine translocation pathway signal  25.83 
 
 		 337 aa  50.1  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4111  regulatory protein LacI  27.23 
 
 		 358 aa  49.7  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6778  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.11 
 
 		 347 aa  49.7  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.46 
 
 		 329 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00856305  normal  0.0288368 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.78 
 
 		 311 aa  48.1  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1132  putative solute-binding component of ABC transporter  26.47 
 
 		 334 aa  48.5  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0041819  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.61 
 
 		 350 aa  48.5  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  25 
 
 		 323 aa  47.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4537  sugar ABC transporter  26.61 
 
 		 337 aa  47.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1597  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.56 
 
 		 351 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0973  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.53 
 
 		 343 aa  47.4  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000623082  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2318  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.68 
 
 		 320 aa  47  0.0005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.43 
 
 		 316 aa  46.2  0.0009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000331055  normal  0.275562 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.21 
 
 		 326 aa  44.7  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1711  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  25.89 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2806  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27 
 
 		 348 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0779562  normal  0.469954 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0830  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.58 
 
 		 314 aa  43.9  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.84032  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3216  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.98 
 
 		 331 aa  43.9  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.990637  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4154  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.87 
 
 		 329 aa  43.9  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00377851  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0419  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.18 
 
 		 333 aa  43.5  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1329  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27 
 
 		 348 aa  43.5  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1691  sugar ABC transporter  25.26 
 
 		 304 aa  43.5  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126828  normal  0.746229 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  24.5 
 
 		 289 aa  43.5  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3227  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.36 
 
 		 329 aa  43.5  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2772  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.64 
 
 		 358 aa  42.7  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3533  sugar-binding protein, putative  24.39 
 
 		 336 aa  43.1  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2121  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.41 
 
 		 333 aa  42.7  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.173687  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>