174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0106 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0106  dihydroorotase  100 
 
 		 347 aa  710    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0130  dihydroorotase  82.08 
 
 		 348 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0129  dihydroorotase  82.32 
 
 		 346 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.969204 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0524  dihydroorotase  81.1 
 
 		 350 aa  587  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1475  dihydroorotase  72.38 
 
 		 346 aa  524  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.623484  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0325  dihydroorotase  73.18 
 
 		 346 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1776  dihydroorotase  70.85 
 
 		 346 aa  510  1e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.130496  normal  0.212063 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2371  dihydroorotase  69.68 
 
 		 345 aa  503  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.860009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0581  dihydroorotase  70.85 
 
 		 346 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1930  dihydroorotase  70.55 
 
 		 346 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.226464  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1742  dihydroorotase  67.06 
 
 		 347 aa  490  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.119262  normal  0.557098 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4467  dihydroorotase  65.31 
 
 		 347 aa  450  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.506295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0602  dihydroorotase  61.01 
 
 		 353 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.065898  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0487  dihydroorotase  61.54 
 
 		 344 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.224952 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0406  dihydroorotase  60.83 
 
 		 344 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128266  normal  0.0730827 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3357  dihydroorotase  60.38 
 
 		 353 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00130334  hitchhiker  0.00000212736 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3382  dihydroorotase  56.36 
 
 		 352 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.13614  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0642  dihydroorotase  58.61 
 
 		 354 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0227198  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2422  dihydroorotase  56.07 
 
 		 352 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0506  dihydroorotase  58.51 
 
 		 366 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.730321 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0464  dihydroorotase  60.19 
 
 		 344 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0778376  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3425  dihydroorotase  56.07 
 
 		 378 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000804434  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3762  dihydroorotase  60.19 
 
 		 354 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1230  dihydroorotase  56.07 
 
 		 352 aa  391  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.210089  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0192  dihydroorotase  58.61 
 
 		 364 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.262393  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0675  dihydroorotase  58.61 
 
 		 364 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00265722  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0363  dihydroorotase  60.9 
 
 		 344 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.196474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0338  dihydroorotase  56.07 
 
 		 352 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1199  dihydroorotase  56.07 
 
 		 352 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.208123  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3417  dihydroorotase  56.07 
 
 		 352 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38421  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2609  dihydroorotase  56.07 
 
 		 352 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0378  dihydroorotase  60.9 
 
 		 344 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.363377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1185  dihydroorotase  58.18 
 
 		 348 aa  388  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94088  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01058  dihydroorotase  58.18 
 
 		 348 aa  388  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2584  dihydroorotase, homodimeric type  58.49 
 
 		 348 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.820895  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2538  dihydroorotase  58.18 
 
 		 348 aa  388  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.223191  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2708  dihydroorotase  59.87 
 
 		 354 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1613  dihydroorotase  54.84 
 
 		 347 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0479669  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01066  hypothetical protein  58.18 
 
 		 348 aa  388  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1185  dihydroorotase  58.49 
 
 		 348 aa  390  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2567  dihydroorotase  56.23 
 
 		 354 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00114916  normal  0.384209 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2067  dihydroorotase  58.18 
 
 		 348 aa  388  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.863228  normal  0.103848 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1441  dihydroorotase  58.18 
 
 		 348 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.426148  normal  0.0213207 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2613  dihydroorotase  57.23 
 
 		 355 aa  384  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4519  dihydroorotase  58.33 
 
 		 348 aa  388  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0255572 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2265  dihydroorotase  58.18 
 
 		 348 aa  387  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1392  dihydroorotase  54.52 
 
 		 348 aa  385  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.452196 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4157  dihydroorotase, homodimeric type  58.33 
 
 		 347 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.790268  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3438  dihydroorotase  55.11 
 
 		 346 aa  384  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1576  dihydroorotase  58.04 
 
 		 348 aa  382  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3894  dihydroorotase  57.69 
 
 		 347 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.36301 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0596  dihydroorotase  59.24 
 
 		 364 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000432842  normal  0.478827 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1577  dihydroorotase  55 
 
 		 349 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.232796  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0570  dihydroorotase  59.24 
 
 		 354 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000176529  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1086  dihydroorotase  56.73 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5321  dihydroorotase  57.46 
 
 		 359 aa  377  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4326  dihydroorotase  57.05 
 
 		 348 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2818  dihydroorotase  54.25 
 
 		 347 aa  376  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.794395  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2513  dihydroorotase  54.25 
 
 		 347 aa  377  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.983589  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0935  dihydroorotase  55.2 
 
 		 346 aa  378  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0468  dihydroorotase  56.37 
 
 		 342 aa  377  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05731  dihydroorotase  55.1 
 
 		 357 aa  376  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.501283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3451  dihydroorotase  59.16 
 
 		 355 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1260  dihydroorotase  57.73 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.374418 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2457  dihydroorotase  56.88 
 
 		 346 aa  378  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.506767  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0448  dihydroorotase  59.49 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.953487 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1231  dihydroorotase  57.41 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.905188  normal  0.395002 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1275  dihydroorotase  54.52 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.78408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1127  dihydroorotase  56.73 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4020  dihydroorotase  58.2 
 
 		 344 aa  377  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000255652 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0986  dihydroorotase  57.28 
 
 		 348 aa  373  1e-102  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.757361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0354  dihydroorotase  54.46 
 
 		 347 aa  374  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1024  dihydroorotase  59.16 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0860  dihydroorotase  54.49 
 
 		 347 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3162  dihydroorotase  54.49 
 
 		 347 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0597  dihydroorotase  58.18 
 
 		 343 aa  374  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000356431 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2025  dihydroorotase  57.1 
 
 		 348 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3263  dihydroorotase  54.49 
 
 		 347 aa  374  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1115  dihydroorotase  56.41 
 
 		 348 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2209  dihydroorotase  57.41 
 
 		 348 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.194064  normal  0.189862 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2994  dihydroorotase  54.18 
 
 		 343 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0313  dihydroorotase  57.37 
 
 		 350 aa  374  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1896  dihydroorotase  53.06 
 
 		 348 aa  373  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828731  hitchhiker  0.000136895 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0402  dihydroorotase  53.59 
 
 		 348 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0202499 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3026  dihydroorotase  58.31 
 
 		 350 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.354452  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2294  dihydroorotase  52.35 
 
 		 343 aa  368  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3745  dihydroorotase  58.63 
 
 		 347 aa  371  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1620  dihydroorotase  52.62 
 
 		 348 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42657  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3695  dihydroorotase  54.8 
 
 		 343 aa  366  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3231  dihydroorotase  54.55 
 
 		 351 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1427  dihydroorotase  57.05 
 
 		 340 aa  366  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1147  dihydroorotase  55.38 
 
 		 347 aa  366  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1567  dihydroorotase  53.29 
 
 		 348 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0106097  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18710  dihydroorotase  52.62 
 
 		 348 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.174562 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1016  dihydroorotase  54.49 
 
 		 343 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1028  dihydroorotase  54.49 
 
 		 343 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1057  dihydroorotase, homodimeric type  58.79 
 
 		 345 aa  366  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0995  dihydroorotase  54.49 
 
 		 343 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1679  dihydroorotase  54.49 
 
 		 344 aa  364  1e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.279559  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3344  dihydroorotase  54.18 
 
 		 343 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>