237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0053 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0053  hypothetical protein  100 
 
 		 399 aa  805    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.720578  hitchhiker  0.0000240379 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0070  protein of unknown function DUF195  73.31 
 
 		 407 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0054  protein of unknown function DUF195  72.83 
 
 		 407 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0396874 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0466  hypothetical protein  65.23 
 
 		 412 aa  520  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1343  hypothetical protein  62.72 
 
 		 409 aa  513  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.47326  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1036  hypothetical protein  62.22 
 
 		 407 aa  501  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0977  hypothetical protein  60.99 
 
 		 407 aa  497  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.230819  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0418  hypothetical protein  69.19 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333836  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1318  RmuC domain-containing protein  62.23 
 
 		 390 aa  418  1e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0624  protein of unknown function DUF195  51.23 
 
 		 400 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0802  hypothetical protein  53.33 
 
 		 405 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.459209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7338  hypothetical protein  51.65 
 
 		 410 aa  350  3e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0082  hypothetical protein  47.91 
 
 		 405 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552116  normal  0.0373517 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0672  hypothetical protein  54.14 
 
 		 409 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3306  hypothetical protein  49.85 
 
 		 388 aa  342  5.999999999999999e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.884228  normal  0.913544 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0279  protein of unknown function DUF195  49.03 
 
 		 385 aa  334  2e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0843742 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3251  hypothetical protein  50.95 
 
 		 410 aa  325  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0260  hypothetical protein  44.44 
 
 		 366 aa  286  5e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.461626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3348  hypothetical protein  41.09 
 
 		 392 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0103  hypothetical protein  43.71 
 
 		 411 aa  258  9e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0770  hypothetical protein  39.54 
 
 		 430 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.33897  normal  0.0446881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1874  hypothetical protein  36.1 
 
 		 380 aa  237  3e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2757  hypothetical protein  36.73 
 
 		 378 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1094  hypothetical protein  36.46 
 
 		 378 aa  229  6e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1309  RmuC family protein  35.99 
 
 		 439 aa  226  5.0000000000000005e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000109458  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1368  RmuC family protein  35.99 
 
 		 426 aa  226  6e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000211389  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2934  hypothetical protein  39.54 
 
 		 378 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.323227  normal  0.142472 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0364  protein of unknown function DUF195  39.71 
 
 		 410 aa  224  3e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.659068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1261  hypothetical protein  36.77 
 
 		 448 aa  219  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.263937 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4048  hypothetical protein  35.94 
 
 		 387 aa  215  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2464  protein of unknown function DUF195  38.38 
 
 		 417 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0853612  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1017  hypothetical protein  34.39 
 
 		 420 aa  205  1e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0984  hypothetical protein  34.39 
 
 		 420 aa  205  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3589  hypothetical protein  36.36 
 
 		 457 aa  202  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.358835  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0733  protein of unknown function DUF195  31.6 
 
 		 427 aa  170  4e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390506  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0817  protein of unknown function DUF195  27.9 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1279  hypothetical protein  34.39 
 
 		 451 aa  97.1  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.202717  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0614  hypothetical protein  23.96 
 
 		 358 aa  93.2  8e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0114887  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2280  hypothetical protein  23.15 
 
 		 488 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938884  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1775  protein of unknown function DUF195  29.52 
 
 		 455 aa  88.6  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2949  protein of unknown function DUF195  28.5 
 
 		 427 aa  86.7  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.358116  normal  0.173006 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1767  hypothetical protein  26.19 
 
 		 424 aa  85.9  0.000000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.258411  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2053  hypothetical protein  24.12 
 
 		 479 aa  85.1  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000533469 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0011  hypothetical protein  28.51 
 
 		 514 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0517  protein of unknown function DUF195  23.19 
 
 		 412 aa  84  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0973861  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3077  hypothetical protein  28.11 
 
 		 445 aa  83.6  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.194725  normal  0.314242 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2166  hypothetical protein  24.6 
 
 		 466 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.171242  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1623  hypothetical protein  26.03 
 
 		 441 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.929748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3209  hypothetical protein  28.76 
 
 		 456 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000788974  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1774  hypothetical protein  23.42 
 
 		 424 aa  81.3  0.00000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51000  hypothetical protein  25.99 
 
 		 453 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000148678  hitchhiker  0.000000161097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4351  RmuC domain-containing protein family  26.33 
 
 		 491 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00339657  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0339  hypothetical protein  25.08 
 
 		 426 aa  80.1  0.00000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.709733  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2445  hypothetical protein  22.7 
 
 		 448 aa  79.7  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1371  protein of unknown function DUF195  22.45 
 
 		 566 aa  80.1  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1541  protein of unknown function DUF195  26.77 
 
 		 450 aa  79.7  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.756078  hitchhiker  0.00318152 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2489  hypothetical protein  22.11 
 
 		 566 aa  79.3  0.00000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.262893  normal  0.047017 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4024  protein of unknown function DUF195  26.48 
 
 		 518 aa  79.3  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23225 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1026  RmuC family protein  27.27 
 
 		 435 aa  79.3  0.0000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000225596  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0930  protein of unknown function DUF195  22.47 
 
 		 450 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0984  hypothetical protein  27.78 
 
 		 495 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00561  hypothetical protein  27.89 
 
 		 510 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0625  hypothetical protein  26.1 
 
 		 491 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2433  hypothetical protein  28.14 
 
 		 513 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1104  hypothetical protein  26.1 
 
 		 491 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0817  protein of unknown function DUF195  27.74 
 
 		 433 aa  79  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.028407  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0980  hypothetical protein  27.38 
 
 		 495 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001928  DNA recombination protein RmuC  27.09 
 
 		 510 aa  77  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2070  hypothetical protein  23.7 
 
 		 621 aa  77.4  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0055865 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0014  hypothetical protein  26.87 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000106215  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4032  protein of unknown function DUF195  26.74 
 
 		 427 aa  76.3  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817226  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1035  hypothetical protein  26.07 
 
 		 457 aa  76.3  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.371122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0812  hypothetical protein  21.47 
 
 		 494 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.465161  normal  0.5697 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0965  protein of unknown function DUF195  26.67 
 
 		 490 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252696  normal  0.10858 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1623  putative alpha helix chain  25 
 
 		 462 aa  75.5  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.577151  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3924  hypothetical protein  25.51 
 
 		 426 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.031457  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2199  hypothetical protein  26.47 
 
 		 492 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.813319  normal  0.134228 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4064  protein of unknown function DUF195  29.86 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1291  hypothetical protein  25.82 
 
 		 495 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719972  normal  0.7676 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1249  hypothetical protein  25.52 
 
 		 495 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0088018  normal  0.121564 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4070  hypothetical protein  27.23 
 
 		 504 aa  74.3  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.73657 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4026  hypothetical protein  25.82 
 
 		 495 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000512387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3304  hypothetical protein  22.52 
 
 		 474 aa  73.9  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1600  hypothetical protein  26.72 
 
 		 444 aa  73.6  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0970446  normal  0.868802 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0015  protein of unknown function DUF195  23.51 
 
 		 465 aa  73.6  0.000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1694  hypothetical protein  25.82 
 
 		 495 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.141195  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2052  protein of unknown function DUF195  25.66 
 
 		 440 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3666  hypothetical protein  24.85 
 
 		 492 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000475221  normal  0.0538787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1659  hypothetical protein  24.55 
 
 		 492 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000440717  decreased coverage  0.00162326 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1067  protein of unknown function DUF195  26.64 
 
 		 508 aa  72.8  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4217  hypothetical protein  26.47 
 
 		 492 aa  72  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.342659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1063  hypothetical protein  25.74 
 
 		 491 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00852536  normal  0.199867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1724  hypothetical protein  24.93 
 
 		 492 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000410334  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0140  hypothetical protein  24.4 
 
 		 407 aa  71.2  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1422  protein of unknown function DUF195  24.91 
 
 		 428 aa  71.2  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0614  hypothetical protein  29.83 
 
 		 640 aa  71.2  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286081 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1629  hypothetical protein  26.59 
 
 		 518 aa  70.5  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.158753  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0434  protein of unknown function DUF195  22.68 
 
 		 449 aa  70.5  0.00000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00288776  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2422  hypothetical protein  24.31 
 
 		 639 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0514  RmuC domain-containing protein  25.1 
 
 		 491 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>