237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1775 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1775  protein of unknown function DUF195  100 
 
 
455 aa  908    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3077  hypothetical protein  67.3 
 
 
445 aa  566  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.194725  normal  0.314242 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1623  hypothetical protein  68.15 
 
 
441 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.929748  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2166  hypothetical protein  64.77 
 
 
466 aa  555  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.171242  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0984  hypothetical protein  57.69 
 
 
495 aa  487  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2053  hypothetical protein  59.18 
 
 
479 aa  485  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000533469 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0980  hypothetical protein  57.47 
 
 
495 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0625  hypothetical protein  56.88 
 
 
491 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1104  hypothetical protein  56.88 
 
 
491 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2199  hypothetical protein  58.82 
 
 
492 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.813319  normal  0.134228 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4217  hypothetical protein  57.56 
 
 
492 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.342659  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1514  hypothetical protein  60.94 
 
 
495 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.174369 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1056  hypothetical protein  58.12 
 
 
481 aa  463  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244381  normal  0.43942 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0812  hypothetical protein  55.37 
 
 
494 aa  463  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.465161  normal  0.5697 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0514  RmuC domain-containing protein  58.51 
 
 
491 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2924  RmuC domain-containing protein  58.51 
 
 
491 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0269427  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1063  hypothetical protein  57.11 
 
 
491 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00852536  normal  0.199867 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2497  RmuC domain-containing protein  58.51 
 
 
491 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0129399  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2785  RmuC domain-containing protein  58.51 
 
 
491 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.139269  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2808  putative DNA recombination protein rmuC  58.51 
 
 
491 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.209602  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2869  putative DNA recombination protein RmuC  58.51 
 
 
491 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.342471  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1820  RmuC domain-containing protein  58.51 
 
 
491 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18092  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1035  hypothetical protein  54.34 
 
 
457 aa  456  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.371122  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1701  RmuC domain-containing protein  58.51 
 
 
491 aa  457  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0384449  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2928  protein of unknown function DUF195  59 
 
 
482 aa  458  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22926  normal  0.591506 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2280  hypothetical protein  54.95 
 
 
488 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938884  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0965  protein of unknown function DUF195  52.42 
 
 
490 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252696  normal  0.10858 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0900  protein of unknown function DUF195  51.22 
 
 
490 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0908545 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2445  hypothetical protein  54.67 
 
 
448 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0339  hypothetical protein  53.46 
 
 
426 aa  430  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.709733  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0011  hypothetical protein  46.26 
 
 
514 aa  421  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1600  hypothetical protein  54.27 
 
 
444 aa  413  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0970446  normal  0.868802 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2052  protein of unknown function DUF195  51.24 
 
 
440 aa  403  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4024  protein of unknown function DUF195  55.68 
 
 
518 aa  405  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.23225 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3231  protein of unknown function DUF195  52.06 
 
 
449 aa  394  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000252546  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1067  protein of unknown function DUF195  49.76 
 
 
508 aa  393  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0817  protein of unknown function DUF195  53.12 
 
 
433 aa  389  1e-107  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.028407  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0014  hypothetical protein  47.24 
 
 
450 aa  384  1e-105  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000106215  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03225  zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein, putative  54.07 
 
 
774 aa  375  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0340  protein of unknown function DUF195  45.56 
 
 
438 aa  374  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0320  protein of unknown function DUF195  44.29 
 
 
440 aa  371  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3924  hypothetical protein  53.22 
 
 
426 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.031457  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4064  protein of unknown function DUF195  51.67 
 
 
426 aa  368  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1823  competence-induced protein  46.09 
 
 
456 aa  364  1e-99  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1371  protein of unknown function DUF195  50.55 
 
 
566 aa  365  1e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2489  hypothetical protein  50.27 
 
 
566 aa  364  2e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.262893  normal  0.047017 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1755  hypothetical protein  44.81 
 
 
456 aa  364  2e-99  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2070  hypothetical protein  52.12 
 
 
621 aa  363  4e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055865 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4032  protein of unknown function DUF195  51.98 
 
 
427 aa  363  5.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817226  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4737  hypothetical protein  49.38 
 
 
509 aa  358  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.543565 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3304  hypothetical protein  54.41 
 
 
474 aa  349  8e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215892  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0189  protein of unknown function DUF195  47.22 
 
 
445 aa  340  2e-92  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1541  protein of unknown function DUF195  46.58 
 
 
450 aa  338  9.999999999999999e-92  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.756078  hitchhiker  0.00318152 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0015  protein of unknown function DUF195  45.88 
 
 
465 aa  331  1e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0930  protein of unknown function DUF195  48.25 
 
 
450 aa  326  6e-88  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0434  protein of unknown function DUF195  45.36 
 
 
449 aa  321  1.9999999999999998e-86  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00288776  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0517  protein of unknown function DUF195  40.6 
 
 
412 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0973861  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1767  hypothetical protein  42.65 
 
 
424 aa  283  6.000000000000001e-75  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.258411  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1774  hypothetical protein  40.5 
 
 
424 aa  280  4e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2194  hypothetical protein  37.44 
 
 
432 aa  268  1e-70  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1279  hypothetical protein  40.11 
 
 
451 aa  265  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.202717  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2949  protein of unknown function DUF195  34.68 
 
 
427 aa  204  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.358116  normal  0.173006 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1874  hypothetical protein  27.84 
 
 
380 aa  137  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0364  protein of unknown function DUF195  31.38 
 
 
410 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.659068  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4048  hypothetical protein  31.77 
 
 
387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0103  hypothetical protein  31.23 
 
 
411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf523  RmuC domain protein  21.7 
 
 
453 aa  126  6e-28  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2464  protein of unknown function DUF195  29.63 
 
 
417 aa  126  8.000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0853612  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0770  hypothetical protein  31.68 
 
 
430 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.33897  normal  0.0446881 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0984  hypothetical protein  25.64 
 
 
420 aa  122  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1261  hypothetical protein  28.94 
 
 
448 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.263937 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1017  hypothetical protein  27.03 
 
 
420 aa  120  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0733  protein of unknown function DUF195  25.34 
 
 
427 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390506  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1309  RmuC family protein  26.39 
 
 
439 aa  119  9e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000109458  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1368  RmuC family protein  26.39 
 
 
426 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000211389  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2757  hypothetical protein  28.7 
 
 
378 aa  117  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1094  hypothetical protein  28.4 
 
 
378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2934  hypothetical protein  28.4 
 
 
378 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.323227  normal  0.142472 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0260  hypothetical protein  29.69 
 
 
366 aa  113  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.461626  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3589  hypothetical protein  24.61 
 
 
457 aa  111  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.358835  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0070  protein of unknown function DUF195  27.62 
 
 
407 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0054  protein of unknown function DUF195  28.16 
 
 
407 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0396874 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0418  hypothetical protein  26.75 
 
 
417 aa  97.8  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333836  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7338  hypothetical protein  27.44 
 
 
410 aa  96.3  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3251  hypothetical protein  28.21 
 
 
410 aa  95.9  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3348  hypothetical protein  26.73 
 
 
392 aa  94.7  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0802  hypothetical protein  28.62 
 
 
405 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.459209 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0466  hypothetical protein  25.78 
 
 
412 aa  92.8  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1318  RmuC domain-containing protein  25.37 
 
 
390 aa  92.8  1e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0672  hypothetical protein  28.28 
 
 
409 aa  90.5  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0082  hypothetical protein  27.95 
 
 
405 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552116  normal  0.0373517 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0053  hypothetical protein  29.15 
 
 
399 aa  87.4  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.720578  hitchhiker  0.0000240379 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1343  hypothetical protein  27.24 
 
 
409 aa  86.3  9e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.47326  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1036  hypothetical protein  27.24 
 
 
407 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0977  hypothetical protein  27.24 
 
 
407 aa  86.3  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.230819  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0624  protein of unknown function DUF195  27.27 
 
 
400 aa  84.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0212  hypothetical protein  25.13 
 
 
425 aa  82  0.00000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.828645  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0097  RmuC domain protein  30.37 
 
 
446 aa  80.5  0.00000000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.186787 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0279  protein of unknown function DUF195  27.47 
 
 
385 aa  77.8  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0843742 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3306  hypothetical protein  25.48 
 
 
388 aa  77.8  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.884228  normal  0.913544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>