More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_05940 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_05940  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  100 
 
 
306 aa  589  1e-167  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.141846 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.15 
 
 
296 aa  389  1e-107  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.81 
 
 
288 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26300  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.25 
 
 
293 aa  222  6e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.131884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.93 
 
 
285 aa  217  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
286 aa  205  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.304956  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0952  peptide ABC transporter, permease protein  42.59 
 
 
286 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 
287 aa  202  7e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.471854  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1010  peptide ABC transporter, permease protein  42.22 
 
 
286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
271 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58374  normal  0.490957 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
300 aa  196  3e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.05 
 
 
299 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.15 
 
 
290 aa  193  3e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
274 aa  190  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.566812  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
295 aa  185  9e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  36.14 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  36.14 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  36.14 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  36.14 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  36.14 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
304 aa  183  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.95 
 
 
294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.35 
 
 
270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.727707  normal  0.819337 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
301 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.61 
 
 
307 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.17 
 
 
303 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
287 aa  179  4e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.82 
 
 
303 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
303 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  35.82 
 
 
303 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.82 
 
 
303 aa  178  8e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.82 
 
 
303 aa  178  8e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.82 
 
 
303 aa  178  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  38.58 
 
 
867 aa  178  9e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.82 
 
 
303 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5643  ABC transporter  39.51 
 
 
288 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00533049  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
299 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
299 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.15 
 
 
303 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
297 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
301 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  41.15 
 
 
300 aa  176  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  38.51 
 
 
301 aa  175  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
278 aa  175  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
307 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
297 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  37.37 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
272 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.105201  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
291 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
296 aa  172  5e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
303 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
300 aa  172  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.95 
 
 
290 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.3 
 
 
321 aa  172  9e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
310 aa  172  9e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  36.88 
 
 
303 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  37.64 
 
 
302 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  36.88 
 
 
303 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
272 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50093  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.89 
 
 
301 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.64 
 
 
302 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  36.88 
 
 
303 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  36.88 
 
 
303 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  36.88 
 
 
303 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  37.64 
 
 
302 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  37.64 
 
 
302 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
291 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  37.64 
 
 
302 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
280 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
273 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
294 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  37.64 
 
 
302 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  40.81 
 
 
276 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  37.64 
 
 
302 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
296 aa  169  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.19 
 
 
293 aa  169  8e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
299 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
291 aa  168  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
291 aa  168  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.688141  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.19 
 
 
293 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  37.04 
 
 
299 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
290 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
318 aa  167  2e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 
289 aa  166  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
280 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
309 aa  166  5e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.805329  normal  0.0512458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>