More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2306 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2306  ribosomal biogenesis GTPase  100 
 
 		 313 aa  639    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.575224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1486  ribosomal biogenesis GTPase  87.86 
 
 		 313 aa  578  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2437  ribosomal biogenesis GTPase  88.82 
 
 		 313 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.743849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1889  ribosomal biogenesis GTPase  88.82 
 
 		 313 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1855  ribosomal biogenesis GTPase  88.82 
 
 		 313 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1882  ribosomal biogenesis GTPase  88.82 
 
 		 313 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.140157  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1752  ribosomal biogenesis GTPase  88.82 
 
 		 313 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2590  ribosomal biogenesis GTPase  88.18 
 
 		 313 aa  551  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1589  ribosomal biogenesis GTPase  84.03 
 
 		 313 aa  549  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2395  ribosomal biogenesis GTPase  87.5 
 
 		 313 aa  545  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.806942 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2186  ribosomal biogenesis GTPase  87.18 
 
 		 313 aa  544  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2263  ribosomal biogenesis GTPase  87.18 
 
 		 313 aa  544  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2638  ribosomal biogenesis GTPase  83.28 
 
 		 312 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00454653  normal  0.052608 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2029  ribosomal biogenesis GTPase  82.96 
 
 		 312 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.831437  normal  0.492608 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1993  ribosomal biogenesis GTPase  79.94 
 
 		 314 aa  518  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0543739  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2508  ribosomal biogenesis GTPase  82.58 
 
 		 312 aa  514  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000287  50S ribosomal subunit maturation GTPase RbgA  68.55 
 
 		 314 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.146408  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0461  ribosomal biogenesis GTPase  64.17 
 
 		 314 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.178573  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0669  ribosomal biogenesis GTPase  64.71 
 
 		 311 aa  411  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.378944  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2453  ribosomal biogenesis GTPase  62.46 
 
 		 312 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.643671  normal  0.265294 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06087  ribosomal biogenesis GTPase  65.37 
 
 		 314 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3634  ribosomal biogenesis GTPase  65.7 
 
 		 334 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.909228  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2283  ribosomal biogenesis GTPase  59.24 
 
 		 318 aa  381  1e-105  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0251974 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1982  ribosomal biogenesis GTPase  58.6 
 
 		 318 aa  378  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.360178 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1703  ribosomal biogenesis GTPase  57.84 
 
 		 310 aa  360  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.237834  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0169  ribosomal biogenesis GTPase  56.25 
 
 		 323 aa  347  2e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000316145  normal  0.720532 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02636  ribosomal biogenesis GTPase  60.07 
 
 		 323 aa  343  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1054  ribosomal biogenesis GTPase  53.31 
 
 		 315 aa  333  2e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2377  ribosomal biogenesis GTPase  56.31 
 
 		 307 aa  328  8e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1349  GTP-binding  53.36 
 
 		 319 aa  326  3e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00974199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1688  GTP-binding protein HSR1-related  53.38 
 
 		 341 aa  318  7e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.161371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0773  GTPases  50.73 
 
 		 280 aa  309  4e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.79834e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1554  GTP-binding protein  52.92 
 
 		 281 aa  300  2e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1604  GTP-binding protein, HSR1-related  49.45 
 
 		 277 aa  298  1e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452633  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2146  GTP-binding protein, HSR1-related  48.42 
 
 		 305 aa  296  4e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1301  GTP-binding protein HSR1-related  47.93 
 
 		 299 aa  295  5e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000833299 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1682  GTP-binding protein HSR1-related  51.61 
 
 		 324 aa  293  3e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2924  HSR1-related GTP-binding protein  47.59 
 
 		 299 aa  293  4e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1204  GTP-binding  50.72 
 
 		 305 aa  285  5e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2490  ribosomal biogenesis GTPase  49.11 
 
 		 287 aa  272  6e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000101626  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1095  ribosomal biogenesis GTPase  48.23 
 
 		 283 aa  270  2e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00065113  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3661  ribosomal biogenesis GTPase  48.04 
 
 		 296 aa  266  4e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000313796  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3880  ribosomal biogenesis GTPase  48.04 
 
 		 296 aa  266  4e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000579568  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3579  ribosomal biogenesis GTPase  48.04 
 
 		 296 aa  266  4e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000271121  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3936  ribosomal biogenesis GTPase  46.78 
 
 		 296 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000467955  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1307  ribosomal biogenesis GTPase  46.78 
 
 		 296 aa  265  7e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615833  unclonable  1.55704e-25 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1988  ribosomal biogenesis GTPase  47.7 
 
 		 288 aa  265  7e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3597  ribosomal biogenesis GTPase  48.04 
 
 		 296 aa  265  8e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00124948  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3851  ribosomal biogenesis GTPase  48.04 
 
 		 296 aa  265  8e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.126e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3689  ribosomal biogenesis GTPase  48.04 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0162209  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3976  ribosomal biogenesis GTPase  48.04 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000127206  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2120  GTPase  47.12 
 
 		 304 aa  264  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3885  ribosomal biogenesis GTPase  47.69 
 
 		 296 aa  263  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000521697  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3396  GTP-binding  43.87 
 
 		 330 aa  261  8e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1312  GTP-binding protein, HSR1-related  45.57 
 
 		 319 aa  259  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1785  GTP-binding  44.79 
 
 		 307 aa  258  7e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417498 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1227  GTP-binding protein HSR1-related  47.81 
 
 		 279 aa  255  9e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2510  GTP-binding protein, HSR1-related  46.13 
 
 		 319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.271003  normal  0.0153931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1350  GTP-binding protein HSR1-related  46.13 
 
 		 319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0587703  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2758  GTP-binding protein, HSR1-related  44.08 
 
 		 329 aa  251  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0145905 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1388  GTP-binding  43.69 
 
 		 316 aa  250  3e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2487  GTP-binding protein HSR1-related  45.82 
 
 		 328 aa  248  7e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000110563 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3629  GTP-binding protein HSR1-related  44.93 
 
 		 320 aa  247  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2474  GTP-binding protein HSR1-related  45.16 
 
 		 317 aa  246  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.188866  normal  0.279197 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1203  GTP-binding protein HSR1-related  45.55 
 
 		 283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000139155  normal  0.179888 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2048  GTP-binding protein, HSR1-related  44.84 
 
 		 284 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000391161  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2270  GTP-binding protein  43.51 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193404  hitchhiker  0.000000344964 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1961  ribosomal biogenesis GTPase  43.42 
 
 		 281 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.648804  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1679  ribosomal biogenesis GTPase  43.06 
 
 		 281 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.607688  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0763  GTP-binding protein YlqF  44.21 
 
 		 291 aa  235  7e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000221052  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1013  ribosomal biogenesis GTPase  42.91 
 
 		 283 aa  230  2e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.132908  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1416  ribosomal biogenesis GTPase  43.88 
 
 		 283 aa  227  2e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00443588  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0919  ribosomal biogenesis GTPase  41.73 
 
 		 284 aa  225  6e-58  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.294572  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0716  GTP1/OBG protein  41.46 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00781144  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1707  GTP-binding protein, HSR1-related  43.93 
 
 		 277 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.12169  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0663  GTP-binding protein, HSR1-related  38.79 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.011457  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2401  GTP-binding protein HSR1-related  39.86 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00457359  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1327  ribosomal biogenesis GTPase  40.94 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.575844  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1302  ribosomal biogenesis GTPase  40.94 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00764479  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3753  GTP1/OBG protein  41.79 
 
 		 276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336118  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07360  GTP-binding protein HSR1-related  39.44 
 
 		 282 aa  212  4.9999999999999996e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000017476  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0811  ribosomal biogenesis GTPase  40.93 
 
 		 287 aa  210  2e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00749287  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1409  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  42.12 
 
 		 271 aa  211  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.421311  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1367  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  38.36 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1293  GTP-binding protein HSR1-related  38.65 
 
 		 280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000027879  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0776  GTP-binding protein YlqF  38.93 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.119569  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1018  GTPase  37.41 
 
 		 282 aa  194  2e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.447609  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0764  GTP-binding protein YlqF  37.28 
 
 		 284 aa  189  7e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0913  GTPase  38.08 
 
 		 279 aa  187  1e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773459 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0186  GTP-binding protein HSR1-related protein  38.46 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1490  GTP-binding protein  35.23 
 
 		 278 aa  183  4.0000000000000006e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000659617  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0973  GTP-binding protein HSR1-related protein  36.92 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000015477  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0973  GTP-binding protein YlqF  35.96 
 
 		 270 aa  172  5e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000216329  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl538  GTPase  33.88 
 
 		 315 aa  169  8e-41  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000607031  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0705  GTP-binding protein HSR1-related protein  35.21 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0663  ribosomal biogenesis GTPase  31.99 
 
 		 279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.5554  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0843  GTP-binding protein HSR1-related  34.3 
 
 		 271 aa  146  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0827  GTP-binding protein HSR1-related  32.34 
 
 		 266 aa  145  9e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0158  GTP-binding protein HSR1-related  33.09 
 
 		 262 aa  145  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0160  GTP-binding protein, HSR1-related  33.09 
 
 		 262 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.210718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>