More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1993 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1993  ribosomal biogenesis GTPase  100 
 
 		 314 aa  638    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0543739  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1889  ribosomal biogenesis GTPase  81.21 
 
 		 313 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2437  ribosomal biogenesis GTPase  81.21 
 
 		 313 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.743849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1855  ribosomal biogenesis GTPase  81.21 
 
 		 313 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1882  ribosomal biogenesis GTPase  81.21 
 
 		 313 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.140157  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1589  ribosomal biogenesis GTPase  80.57 
 
 		 313 aa  518  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2306  ribosomal biogenesis GTPase  79.94 
 
 		 313 aa  518  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.575224  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2590  ribosomal biogenesis GTPase  82.8 
 
 		 313 aa  510  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2638  ribosomal biogenesis GTPase  77.88 
 
 		 312 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00454653  normal  0.052608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1752  ribosomal biogenesis GTPase  81.85 
 
 		 313 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2395  ribosomal biogenesis GTPase  82.11 
 
 		 313 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.806942 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2186  ribosomal biogenesis GTPase  82.11 
 
 		 313 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2263  ribosomal biogenesis GTPase  82.11 
 
 		 313 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1486  ribosomal biogenesis GTPase  77.07 
 
 		 313 aa  502  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2029  ribosomal biogenesis GTPase  77.88 
 
 		 312 aa  500  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.831437  normal  0.492608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2508  ribosomal biogenesis GTPase  77.17 
 
 		 312 aa  481  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0461  ribosomal biogenesis GTPase  64.29 
 
 		 314 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.178573  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0669  ribosomal biogenesis GTPase  65.22 
 
 		 311 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.378944  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06087  ribosomal biogenesis GTPase  65.96 
 
 		 314 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000287  50S ribosomal subunit maturation GTPase RbgA  64.91 
 
 		 314 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.146408  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3634  ribosomal biogenesis GTPase  67.51 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.909228  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2453  ribosomal biogenesis GTPase  59.6 
 
 		 312 aa  379  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.643671  normal  0.265294 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1703  ribosomal biogenesis GTPase  58.3 
 
 		 310 aa  350  2e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.237834  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2283  ribosomal biogenesis GTPase  54.6 
 
 		 318 aa  350  2e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0251974 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1982  ribosomal biogenesis GTPase  53.97 
 
 		 318 aa  347  2e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.360178 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1054  ribosomal biogenesis GTPase  54.46 
 
 		 315 aa  339  2.9999999999999998e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02636  ribosomal biogenesis GTPase  60.45 
 
 		 323 aa  338  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2377  ribosomal biogenesis GTPase  53.7 
 
 		 307 aa  326  3e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0169  ribosomal biogenesis GTPase  52.96 
 
 		 323 aa  325  4.0000000000000003e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000316145  normal  0.720532 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1349  GTP-binding  53.67 
 
 		 319 aa  317  2e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00974199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1688  GTP-binding protein HSR1-related  53.97 
 
 		 341 aa  315  8e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.161371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1604  GTP-binding protein, HSR1-related  53.45 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452633  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1554  GTP-binding protein  53.45 
 
 		 281 aa  305  8.000000000000001e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2146  GTP-binding protein, HSR1-related  51.41 
 
 		 305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1301  GTP-binding protein HSR1-related  50.91 
 
 		 299 aa  302  5.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000833299 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2924  HSR1-related GTP-binding protein  49.65 
 
 		 299 aa  301  8.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0773  GTPases  50.92 
 
 		 280 aa  300  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.79834e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1204  GTP-binding  50.72 
 
 		 305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1682  GTP-binding protein HSR1-related  51.25 
 
 		 324 aa  282  6.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1095  ribosomal biogenesis GTPase  48.94 
 
 		 283 aa  277  2e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00065113  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2120  GTPase  49.29 
 
 		 304 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1988  ribosomal biogenesis GTPase  49.82 
 
 		 288 aa  265  5e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2487  GTP-binding protein HSR1-related  46.67 
 
 		 328 aa  265  1e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000110563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1785  GTP-binding  45.86 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417498 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1307  ribosomal biogenesis GTPase  45.95 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615833  unclonable  1.55704e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2490  ribosomal biogenesis GTPase  47.35 
 
 		 287 aa  261  2e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000101626  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3936  ribosomal biogenesis GTPase  45.95 
 
 		 296 aa  259  3e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000467955  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1388  GTP-binding  47.27 
 
 		 316 aa  259  4e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3579  ribosomal biogenesis GTPase  46.83 
 
 		 296 aa  259  6e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000271121  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3689  ribosomal biogenesis GTPase  46.83 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0162209  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3597  ribosomal biogenesis GTPase  46.83 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00124948  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3851  ribosomal biogenesis GTPase  46.83 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.126e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3976  ribosomal biogenesis GTPase  46.83 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000127206  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3661  ribosomal biogenesis GTPase  45.58 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000313796  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3880  ribosomal biogenesis GTPase  46.48 
 
 		 296 aa  257  2e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000579568  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3885  ribosomal biogenesis GTPase  46.48 
 
 		 296 aa  257  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000521697  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3396  GTP-binding  45.66 
 
 		 330 aa  255  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2048  GTP-binding protein, HSR1-related  47.54 
 
 		 284 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000391161  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3629  GTP-binding protein HSR1-related  48.07 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1312  GTP-binding protein, HSR1-related  48.75 
 
 		 319 aa  253  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1227  GTP-binding protein HSR1-related  46.91 
 
 		 279 aa  252  7e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2510  GTP-binding protein, HSR1-related  46.15 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.271003  normal  0.0153931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1350  GTP-binding protein HSR1-related  45.83 
 
 		 319 aa  248  7e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0587703  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1203  GTP-binding protein HSR1-related  46.45 
 
 		 283 aa  245  6.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000139155  normal  0.179888 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2474  GTP-binding protein HSR1-related  43.89 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.188866  normal  0.279197 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2270  GTP-binding protein  45.05 
 
 		 322 aa  241  7.999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193404  hitchhiker  0.000000344964 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1961  ribosomal biogenesis GTPase  46.45 
 
 		 281 aa  240  2e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.648804  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1679  ribosomal biogenesis GTPase  46.1 
 
 		 281 aa  239  4e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.607688  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2758  GTP-binding protein, HSR1-related  43.81 
 
 		 329 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0145905 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0763  GTP-binding protein YlqF  44.68 
 
 		 291 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000221052  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2401  GTP-binding protein HSR1-related  41.92 
 
 		 292 aa  226  4e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00457359  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1707  GTP-binding protein, HSR1-related  45.52 
 
 		 277 aa  226  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.12169  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3753  GTP1/OBG protein  42.29 
 
 		 276 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336118  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0811  ribosomal biogenesis GTPase  41.43 
 
 		 287 aa  219  3.9999999999999997e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00749287  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07360  GTP-binding protein HSR1-related  40.07 
 
 		 282 aa  217  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000017476  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1327  ribosomal biogenesis GTPase  41.45 
 
 		 294 aa  215  7e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.575844  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1302  ribosomal biogenesis GTPase  41.45 
 
 		 294 aa  215  7e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00764479  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0919  ribosomal biogenesis GTPase  40.5 
 
 		 284 aa  215  8e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.294572  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0716  GTP1/OBG protein  41.4 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00781144  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1013  ribosomal biogenesis GTPase  40.5 
 
 		 283 aa  211  9e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.132908  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1409  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  43.59 
 
 		 271 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.421311  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0663  GTP-binding protein, HSR1-related  40 
 
 		 284 aa  206  5e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.011457  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1367  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  39.93 
 
 		 292 aa  200  3e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1416  ribosomal biogenesis GTPase  40 
 
 		 283 aa  198  1.0000000000000001e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00443588  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1293  GTP-binding protein HSR1-related  37.94 
 
 		 280 aa  195  9e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000027879  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1490  GTP-binding protein  37.81 
 
 		 278 aa  193  3e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000659617  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0776  GTP-binding protein YlqF  40.36 
 
 		 290 aa  190  2e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.119569  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0764  GTP-binding protein YlqF  39.22 
 
 		 284 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1018  GTPase  36.2 
 
 		 282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.447609  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0186  GTP-binding protein HSR1-related protein  37.19 
 
 		 285 aa  183  3e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0913  GTPase  37.5 
 
 		 279 aa  181  2e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773459 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0973  GTP-binding protein HSR1-related protein  35.61 
 
 		 282 aa  179  4e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000015477  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0705  GTP-binding protein HSR1-related protein  33.8 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0973  GTP-binding protein YlqF  37.84 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000216329  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl538  GTPase  33.33 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000607031  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0160  GTP-binding protein, HSR1-related  34.31 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.210718  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0158  GTP-binding protein HSR1-related  34.31 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0663  ribosomal biogenesis GTPase  31.87 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.5554  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0843  GTP-binding protein HSR1-related  32.84 
 
 		 271 aa  149  5e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0827  GTP-binding protein HSR1-related  34.44 
 
 		 266 aa  144  3e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>