More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0461 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0461  ribosomal biogenesis GTPase  100 
 
 		 314 aa  640    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.178573  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000287  50S ribosomal subunit maturation GTPase RbgA  89.49 
 
 		 314 aa  548  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.146408  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0669  ribosomal biogenesis GTPase  78.71 
 
 		 311 aa  524  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.378944  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06087  ribosomal biogenesis GTPase  85.67 
 
 		 314 aa  526  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2029  ribosomal biogenesis GTPase  66.89 
 
 		 312 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.831437  normal  0.492608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1589  ribosomal biogenesis GTPase  66.45 
 
 		 313 aa  431  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2638  ribosomal biogenesis GTPase  65.15 
 
 		 312 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00454653  normal  0.052608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2508  ribosomal biogenesis GTPase  67.37 
 
 		 312 aa  421  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1889  ribosomal biogenesis GTPase  63.84 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1993  ribosomal biogenesis GTPase  64.29 
 
 		 314 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0543739  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2437  ribosomal biogenesis GTPase  63.84 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.743849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1752  ribosomal biogenesis GTPase  67.02 
 
 		 313 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1882  ribosomal biogenesis GTPase  63.84 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.140157  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1855  ribosomal biogenesis GTPase  63.84 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2590  ribosomal biogenesis GTPase  67.61 
 
 		 313 aa  412  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2306  ribosomal biogenesis GTPase  64.17 
 
 		 313 aa  414  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.575224  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2395  ribosomal biogenesis GTPase  66.9 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.806942 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2186  ribosomal biogenesis GTPase  66.55 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2263  ribosomal biogenesis GTPase  66.55 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2453  ribosomal biogenesis GTPase  61.49 
 
 		 312 aa  409  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.643671  normal  0.265294 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1486  ribosomal biogenesis GTPase  66.08 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3634  ribosomal biogenesis GTPase  63.04 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.909228  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1982  ribosomal biogenesis GTPase  56.91 
 
 		 318 aa  380  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.360178 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2283  ribosomal biogenesis GTPase  57.56 
 
 		 318 aa  380  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0251974 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0169  ribosomal biogenesis GTPase  57.57 
 
 		 323 aa  369  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000316145  normal  0.720532 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1703  ribosomal biogenesis GTPase  57.35 
 
 		 310 aa  360  1e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.237834  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02636  ribosomal biogenesis GTPase  59.7 
 
 		 323 aa  351  1e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1054  ribosomal biogenesis GTPase  53.67 
 
 		 315 aa  349  4e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2377  ribosomal biogenesis GTPase  52.96 
 
 		 307 aa  343  2e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0773  GTPases  52.03 
 
 		 280 aa  310  2e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.79834e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1349  GTP-binding  49.17 
 
 		 319 aa  308  8e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00974199  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1301  GTP-binding protein HSR1-related  48.45 
 
 		 299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000833299 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2924  HSR1-related GTP-binding protein  48.11 
 
 		 299 aa  305  6e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1688  GTP-binding protein HSR1-related  48.03 
 
 		 341 aa  300  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.161371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1604  GTP-binding protein, HSR1-related  47.62 
 
 		 277 aa  299  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452633  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2146  GTP-binding protein, HSR1-related  47.99 
 
 		 305 aa  295  5e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1554  GTP-binding protein  49.26 
 
 		 281 aa  288  8e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3396  GTP-binding  45.02 
 
 		 330 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1350  GTP-binding protein HSR1-related  45.75 
 
 		 319 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0587703  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2510  GTP-binding protein, HSR1-related  45.75 
 
 		 319 aa  281  1e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.271003  normal  0.0153931 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1307  ribosomal biogenesis GTPase  48.28 
 
 		 296 aa  279  4e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615833  unclonable  1.55704e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2490  ribosomal biogenesis GTPase  48.95 
 
 		 287 aa  279  4e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000101626  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3936  ribosomal biogenesis GTPase  48.28 
 
 		 296 aa  279  5e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000467955  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3661  ribosomal biogenesis GTPase  47.59 
 
 		 296 aa  278  6e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000313796  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1682  GTP-binding protein HSR1-related  48.2 
 
 		 324 aa  278  9e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2487  GTP-binding protein HSR1-related  43.75 
 
 		 328 aa  276  3e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000110563 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3579  ribosomal biogenesis GTPase  47.59 
 
 		 296 aa  276  3e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000271121  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3597  ribosomal biogenesis GTPase  47.59 
 
 		 296 aa  276  3e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00124948  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3851  ribosomal biogenesis GTPase  47.59 
 
 		 296 aa  276  3e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.126e-62 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1312  GTP-binding protein, HSR1-related  44.37 
 
 		 319 aa  276  4e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3689  ribosomal biogenesis GTPase  47.59 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0162209  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3976  ribosomal biogenesis GTPase  47.59 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000127206  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3885  ribosomal biogenesis GTPase  47.59 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000521697  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3880  ribosomal biogenesis GTPase  47.24 
 
 		 296 aa  275  6e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000579568  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3629  GTP-binding protein HSR1-related  45.83 
 
 		 320 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1388  GTP-binding  43.79 
 
 		 316 aa  273  3e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1095  ribosomal biogenesis GTPase  46.62 
 
 		 283 aa  271  1e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00065113  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1204  GTP-binding  45.8 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1785  GTP-binding  46.95 
 
 		 307 aa  265  5.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417498 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2758  GTP-binding protein, HSR1-related  45.39 
 
 		 329 aa  265  7e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0145905 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2270  GTP-binding protein  45.68 
 
 		 322 aa  265  8e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193404  hitchhiker  0.000000344964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2474  GTP-binding protein HSR1-related  42.72 
 
 		 317 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.188866  normal  0.279197 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2120  GTPase  46.93 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1227  GTP-binding protein HSR1-related  47.99 
 
 		 279 aa  261  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1988  ribosomal biogenesis GTPase  44.91 
 
 		 288 aa  256  3e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2048  GTP-binding protein, HSR1-related  45.55 
 
 		 284 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000391161  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0763  GTP-binding protein YlqF  45.14 
 
 		 291 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000221052  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1203  GTP-binding protein HSR1-related  43.73 
 
 		 283 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000139155  normal  0.179888 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1707  GTP-binding protein, HSR1-related  45.13 
 
 		 277 aa  231  9e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.12169  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3753  GTP1/OBG protein  44.96 
 
 		 276 aa  230  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336118  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1302  ribosomal biogenesis GTPase  41.18 
 
 		 294 aa  226  3e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00764479  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1327  ribosomal biogenesis GTPase  41.18 
 
 		 294 aa  226  3e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.575844  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2401  GTP-binding protein HSR1-related  39.78 
 
 		 292 aa  223  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00457359  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0716  GTP1/OBG protein  42.81 
 
 		 292 aa  224  2e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00781144  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0919  ribosomal biogenesis GTPase  40.65 
 
 		 284 aa  223  2e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.294572  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1679  ribosomal biogenesis GTPase  41.99 
 
 		 281 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.607688  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1409  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  44.36 
 
 		 271 aa  222  6e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.421311  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1013  ribosomal biogenesis GTPase  41.13 
 
 		 283 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.132908  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1961  ribosomal biogenesis GTPase  41.64 
 
 		 281 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.648804  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0811  ribosomal biogenesis GTPase  40.14 
 
 		 287 aa  218  1e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00749287  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07360  GTP-binding protein HSR1-related  42.05 
 
 		 282 aa  217  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000017476  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0776  GTP-binding protein YlqF  40.55 
 
 		 290 aa  208  7e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.119569  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0663  GTP-binding protein, HSR1-related  37.99 
 
 		 284 aa  206  6e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.011457  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1293  GTP-binding protein HSR1-related  39.64 
 
 		 280 aa  205  9e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000027879  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1416  ribosomal biogenesis GTPase  38.23 
 
 		 283 aa  204  1e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00443588  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1367  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  39.25 
 
 		 292 aa  203  4e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1490  GTP-binding protein  41.16 
 
 		 278 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000659617  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0913  GTPase  39.15 
 
 		 279 aa  196  4.0000000000000005e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773459 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0764  GTP-binding protein YlqF  36.92 
 
 		 284 aa  194  2e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0973  GTP-binding protein HSR1-related protein  36.96 
 
 		 282 aa  187  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000015477  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1018  GTPase  34.42 
 
 		 282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.447609  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0186  GTP-binding protein HSR1-related protein  36.18 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0973  GTP-binding protein YlqF  36.4 
 
 		 270 aa  170  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000216329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0705  GTP-binding protein HSR1-related protein  33.45 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl538  GTPase  32.43 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000607031  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0843  GTP-binding protein HSR1-related  33.33 
 
 		 271 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0663  ribosomal biogenesis GTPase  29.93 
 
 		 279 aa  153  5e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.5554  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0483  GTP-binding protein, HSR1-related  33.46 
 
 		 258 aa  152  7e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1586  ribosomal biogenesis GTPase  31.58 
 
 		 281 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0128264 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0158  GTP-binding protein HSR1-related  31.88 
 
 		 262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>