More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2508 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2508  ribosomal biogenesis GTPase  100 
 
 
312 aa  639    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2638  ribosomal biogenesis GTPase  91.61 
 
 
312 aa  594  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00454653  normal  0.052608 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2029  ribosomal biogenesis GTPase  90.97 
 
 
312 aa  588  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.831437  normal  0.492608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1589  ribosomal biogenesis GTPase  86.45 
 
 
313 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1882  ribosomal biogenesis GTPase  84.19 
 
 
313 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.140157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2437  ribosomal biogenesis GTPase  84.19 
 
 
313 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.743849  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1855  ribosomal biogenesis GTPase  84.19 
 
 
313 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1889  ribosomal biogenesis GTPase  84.19 
 
 
313 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2306  ribosomal biogenesis GTPase  82.58 
 
 
313 aa  533  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.575224  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1752  ribosomal biogenesis GTPase  84.84 
 
 
313 aa  529  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1486  ribosomal biogenesis GTPase  81.09 
 
 
313 aa  526  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2395  ribosomal biogenesis GTPase  84.52 
 
 
313 aa  517  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.806942 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2590  ribosomal biogenesis GTPase  84.19 
 
 
313 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2186  ribosomal biogenesis GTPase  84.19 
 
 
313 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2263  ribosomal biogenesis GTPase  84.19 
 
 
313 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1993  ribosomal biogenesis GTPase  77.17 
 
 
314 aa  498  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0543739  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0461  ribosomal biogenesis GTPase  65.8 
 
 
314 aa  432  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.178573  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0669  ribosomal biogenesis GTPase  64.61 
 
 
311 aa  423  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.378944  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000287  50S ribosomal subunit maturation GTPase RbgA  67.49 
 
 
314 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.146408  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06087  ribosomal biogenesis GTPase  66.08 
 
 
314 aa  409  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2453  ribosomal biogenesis GTPase  62.09 
 
 
312 aa  403  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.643671  normal  0.265294 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3634  ribosomal biogenesis GTPase  65.94 
 
 
334 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.909228  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1982  ribosomal biogenesis GTPase  58.17 
 
 
318 aa  386  1e-106  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.360178 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2283  ribosomal biogenesis GTPase  58.5 
 
 
318 aa  387  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0251974 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1703  ribosomal biogenesis GTPase  57.49 
 
 
310 aa  365  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.237834  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0169  ribosomal biogenesis GTPase  54.43 
 
 
323 aa  349  4e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000316145  normal  0.720532 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2377  ribosomal biogenesis GTPase  53.92 
 
 
307 aa  342  7e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02636  ribosomal biogenesis GTPase  58.8 
 
 
323 aa  339  2.9999999999999998e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1054  ribosomal biogenesis GTPase  51.27 
 
 
315 aa  337  9.999999999999999e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1688  GTP-binding protein HSR1-related  54.35 
 
 
341 aa  325  4.0000000000000003e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.161371  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1349  GTP-binding  50.17 
 
 
319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00974199  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1604  GTP-binding protein, HSR1-related  51.09 
 
 
277 aa  316  3e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452633  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0773  GTPases  50.37 
 
 
280 aa  311  7.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.79834e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2924  HSR1-related GTP-binding protein  46.96 
 
 
299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1301  GTP-binding protein HSR1-related  46.96 
 
 
299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000833299 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1554  GTP-binding protein  52.19 
 
 
281 aa  305  8.000000000000001e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2146  GTP-binding protein, HSR1-related  46.38 
 
 
305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1204  GTP-binding  48.52 
 
 
305 aa  295  7e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185511  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1682  GTP-binding protein HSR1-related  50.36 
 
 
324 aa  291  9e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1312  GTP-binding protein, HSR1-related  46.56 
 
 
319 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1095  ribosomal biogenesis GTPase  47.18 
 
 
283 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00065113  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3396  GTP-binding  44.52 
 
 
330 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2490  ribosomal biogenesis GTPase  48.06 
 
 
287 aa  268  7e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000101626  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1988  ribosomal biogenesis GTPase  46.81 
 
 
288 aa  267  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1785  GTP-binding  44.79 
 
 
307 aa  267  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.417498 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2120  GTPase  46.95 
 
 
304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3661  ribosomal biogenesis GTPase  47.1 
 
 
296 aa  266  4e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000313796  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1388  GTP-binding  45.3 
 
 
316 aa  265  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3579  ribosomal biogenesis GTPase  47 
 
 
296 aa  262  4e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000271121  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3597  ribosomal biogenesis GTPase  47 
 
 
296 aa  262  6e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00124948  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3851  ribosomal biogenesis GTPase  47 
 
 
296 aa  262  6e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.126e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3689  ribosomal biogenesis GTPase  47 
 
 
296 aa  262  6.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0162209  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1307  ribosomal biogenesis GTPase  46.64 
 
 
296 aa  262  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615833  unclonable  1.55704e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3976  ribosomal biogenesis GTPase  47 
 
 
296 aa  262  6.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000127206  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3936  ribosomal biogenesis GTPase  46.64 
 
 
296 aa  261  8e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000467955  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2510  GTP-binding protein, HSR1-related  44.66 
 
 
319 aa  261  8.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.271003  normal  0.0153931 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3885  ribosomal biogenesis GTPase  46.64 
 
 
296 aa  261  1e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000521697  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1350  GTP-binding protein HSR1-related  44.66 
 
 
319 aa  261  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0587703  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3880  ribosomal biogenesis GTPase  46.29 
 
 
296 aa  260  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000579568  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3629  GTP-binding protein HSR1-related  44.59 
 
 
320 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1227  GTP-binding protein HSR1-related  47.45 
 
 
279 aa  259  4e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2487  GTP-binding protein HSR1-related  41.58 
 
 
328 aa  255  7e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000110563 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2474  GTP-binding protein HSR1-related  41.16 
 
 
317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.188866  normal  0.279197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2758  GTP-binding protein, HSR1-related  41.97 
 
 
329 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0145905 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2270  GTP-binding protein  42.29 
 
 
322 aa  242  5e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193404  hitchhiker  0.000000344964 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0763  GTP-binding protein YlqF  43.31 
 
 
291 aa  239  4e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000221052  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1203  GTP-binding protein HSR1-related  42.91 
 
 
283 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000139155  normal  0.179888 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2048  GTP-binding protein, HSR1-related  41.34 
 
 
284 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000391161  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1679  ribosomal biogenesis GTPase  42.91 
 
 
281 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.607688  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1961  ribosomal biogenesis GTPase  42.91 
 
 
281 aa  233  5e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.648804  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2401  GTP-binding protein HSR1-related  41.98 
 
 
292 aa  231  1e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00457359  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1409  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  43.22 
 
 
271 aa  224  1e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.421311  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1707  GTP-binding protein, HSR1-related  43.57 
 
 
277 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.12169  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1013  ribosomal biogenesis GTPase  40.71 
 
 
283 aa  221  9e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.132908  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07360  GTP-binding protein HSR1-related  40.36 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000017476  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3753  GTP1/OBG protein  42.35 
 
 
276 aa  219  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336118  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0919  ribosomal biogenesis GTPase  41.01 
 
 
284 aa  219  3e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.294572  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0716  GTP1/OBG protein  39.93 
 
 
292 aa  218  8.999999999999998e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00781144  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0811  ribosomal biogenesis GTPase  40.43 
 
 
287 aa  218  1e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00749287  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1293  GTP-binding protein HSR1-related  40.07 
 
 
280 aa  216  4e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000027879  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1302  ribosomal biogenesis GTPase  39.29 
 
 
294 aa  216  4e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00764479  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1327  ribosomal biogenesis GTPase  39.29 
 
 
294 aa  216  4e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.575844  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0663  GTP-binding protein, HSR1-related  37.86 
 
 
284 aa  213  3.9999999999999995e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.011457  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1416  ribosomal biogenesis GTPase  40.21 
 
 
283 aa  211  1e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00443588  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1367  ribosome biogenesis GTP-binding protein YlqF  38.98 
 
 
292 aa  207  2e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0776  GTP-binding protein YlqF  38.6 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.119569  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0973  GTP-binding protein HSR1-related protein  38.93 
 
 
282 aa  192  4e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000015477  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1018  GTPase  37.05 
 
 
282 aa  191  9e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.447609  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1490  GTP-binding protein  35.94 
 
 
278 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000659617  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0913  GTPase  37.5 
 
 
279 aa  187  2e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773459 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0764  GTP-binding protein YlqF  36.17 
 
 
284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0186  GTP-binding protein HSR1-related protein  36.64 
 
 
285 aa  181  2e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0973  GTP-binding protein YlqF  38.06 
 
 
270 aa  180  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000216329  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl538  GTPase  36.21 
 
 
315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000607031  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0705  GTP-binding protein HSR1-related protein  34.15 
 
 
298 aa  166  6.9999999999999995e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0663  ribosomal biogenesis GTPase  32.35 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.5554  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0160  GTP-binding protein, HSR1-related  34.43 
 
 
262 aa  155  9e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.210718  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0158  GTP-binding protein HSR1-related  34.43 
 
 
262 aa  155  9e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0483  GTP-binding protein, HSR1-related  33.83 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4128  ribosomal biogenesis GTPase  31.45 
 
 
281 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>