127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP_tRNA-Phe-2 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0034  tRNA-Phe  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000464813  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0046  tRNA-Phe  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0034  tRNA-Phe  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000084098  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0046  tRNA-Phe  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  98.18 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  98.18 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  98.18 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0022  tRNA-Phe  98.18 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.052558  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0566  tRNA-Phe  98.18 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0036  tRNA-Phe  98.18 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0089  tRNA-Phe  98.18 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0035  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0179  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0628271  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0039  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0073  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1570  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1596  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000250101  normal  0.561376 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1605  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0001  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0729187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1216  tRNA-Phe  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.777454  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0568  tRNA-Phe  90 
 
 		 155 bp  71.9  0.00000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0010  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0044  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000279545  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0064  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0324982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0066  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.572746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R13  tRNA-Phe  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0030  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0867415  normal  0.184559 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0005  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.76685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0046  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00122164  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0029  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000341854  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0027  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.293846  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0032  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0028  tRNA-His  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0030  tRNA-Phe  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0062  tRNA-Phe  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357988  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt017  tRNA-Phe  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00428757  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt29  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt29  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0044  tRNA-His  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1121e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0055  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598604 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0051  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00174909  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1129  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0999  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.347989  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0208  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0207  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt14  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt14  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0054  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.905096  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0082  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>