267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0032 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0032  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0044  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0005  tRNA-Phe  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.76685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPhe01  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0016  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0013  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596059  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0030  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0867415  normal  0.184559 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0044  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000279545  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0022  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.052558  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0566  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0036  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0089  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.837843  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0289  tRNA-Phe  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0748  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2270  tRNA-Phe  90.74 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.105735  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2143  tRNA-Phe  90.74 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.436317  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1586  tRNA-Phe  90.74 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.158615  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0442  tRNA-Phe  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0080  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000484766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1357  tRNA-Phe  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.503492  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1750  tRNA-Phe  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0028  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000645799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>