270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Phe-1 on replicon NC_004116
Organism: Streptococcus agalactiae 2603V/R



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004116  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0022  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.052558  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0566  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0036  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0089  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0073  tRNA-Phe  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0039  tRNA-Phe  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1570  tRNA-Phe  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1596  tRNA-Phe  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000250101  normal  0.561376 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1605  tRNA-Phe  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1216  tRNA-Phe  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.777454  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0035  tRNA-Phe  95.38 
 
 
73 bp  105  1e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0179  tRNA-Phe  95.38 
 
 
73 bp  105  1e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0628271  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  98.18 
 
 
73 bp  101  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  98.08 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0046  tRNA-Phe  98.08 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0034  tRNA-Phe  98.08 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000084098  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0046  tRNA-Phe  98.08 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0034  tRNA-Phe  98.08 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000464813  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  90.77 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  91.8 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  90.77 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  90.77 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  90.77 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  91.8 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  91.53 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R13  tRNA-Phe  90.32 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0001  tRNA-Phe  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0729187  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  90 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0030  tRNA-Phe  90 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0867415  normal  0.184559 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  90 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  90 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  90 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0005  tRNA-Phe  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.76685  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0032  tRNA-Phe  89.83 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  88.89 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  89.83 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  87.69 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  87.69 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  87.69 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  87.69 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  87.69 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  87.69 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.69 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.69 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  87.69 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.69 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  87.69 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.69 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.69 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.69 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  87.69 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  87.69 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  87.69 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  87.69 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  88.52 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  87.69 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  87.69 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  87.69 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  87.69 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>