More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0016 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0016  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPhe01  tRNA-Phe  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0005  tRNA-Phe  94.92 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.76685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0013  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596059  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.23 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0022  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0044  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0044  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0044  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000279545  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0001  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0729187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0171  tRNA-Phe  97.73 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0999  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.347989  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>