More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_t1596 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_t1605  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1570  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1596  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000250101  normal  0.561376 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0089  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0036  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0022  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.052558  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0566  tRNA-Phe  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0039  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0073  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1216  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.777454  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0001  tRNA-Phe  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0729187  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0179  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0628271  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0035  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0046  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0034  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000464813  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0046  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0034  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000084098  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>