85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3913 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3800  YCII-related  100 
 
 		 105 aa  214  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0541652 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3913  YCII-related  100 
 
 		 105 aa  214  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01991  hypothetical protein  73.33 
 
 		 115 aa  163  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1926  YCII-related  47.19 
 
 		 95 aa  95.5  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.174546  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1804  YCII-related  40.91 
 
 		 110 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0682479  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1911  YCII-related  41.38 
 
 		 97 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1926  YCII-related  45.45 
 
 		 92 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2012  YCII-related  38.04 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00711302  hitchhiker  0.00184291 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2451  YCII-related  39.08 
 
 		 97 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2335  YCII-related  39.08 
 
 		 97 aa  77  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.809266  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1394  YCII-related  40.48 
 
 		 96 aa  75.1  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2107  YCII-related  43.48 
 
 		 97 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.951624 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1871  YCII-related  42.39 
 
 		 97 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0158  hypothetical protein  40.62 
 
 		 97 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.342692  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1434  hypothetical protein  40.62 
 
 		 97 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0501  hypothetical protein  40.62 
 
 		 97 aa  72  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0519  hypothetical protein  40.62 
 
 		 97 aa  72  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2861  hypothetical protein  40.62 
 
 		 97 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3186  hypothetical protein  40.62 
 
 		 97 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0684  YCII-related domain-containing protein  40.62 
 
 		 125 aa  72  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.906531  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0437  YCII-related domain-containing protein  40.62 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.255268  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5251  YCII-related  39.29 
 
 		 96 aa  70.9  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000875339  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6165  YCII-related protein  39.58 
 
 		 96 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2457  hypothetical protein  41.3 
 
 		 97 aa  68.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2222  YCII-related  39.58 
 
 		 96 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2835  YCII-related  39.58 
 
 		 96 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0114  hypothetical protein  31.52 
 
 		 102 aa  67.4  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2752  YCII-related  42.35 
 
 		 96 aa  67  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.360303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2620  YCII-related  43.02 
 
 		 95 aa  67  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0129  hypothetical protein  30.43 
 
 		 102 aa  66.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2846  YCII-related  38.54 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2892  YCII-related  41.18 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1981  YCII-related protein  37.08 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0556  YCII-related  37.65 
 
 		 96 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0328033  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4160  hypothetical protein  37.5 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.94904 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0823  YCII-related  32.63 
 
 		 95 aa  63.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00411104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1442  YCII-related  40.7 
 
 		 105 aa  63.5  0.0000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0822188 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2497  YCII-related  36.67 
 
 		 96 aa  63.5  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3244  YCII-related  45.59 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0288  YCII-related  35.29 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0757  YCII-related protein  34.44 
 
 		 100 aa  62.8  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00179224  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2510  YCII-related  33.33 
 
 		 101 aa  62  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0553875  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0089  YCII-related  32.63 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0139  YCII-like protein  39.08 
 
 		 97 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023385 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3346  YCII-related  44.12 
 
 		 94 aa  61.2  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2373  YCII-related  34.12 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24840  hypothetical protein  39.02 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0468  YCII-related protein  36.46 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1210  GTP cyclohydrolase II  39.02 
 
 		 92 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.732067  normal  0.254823 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3417  GTP cyclohydrolase II  30.95 
 
 		 95 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0504873 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1280  YCII-related protein  32.67 
 
 		 102 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2720  hypothetical protein  33 
 
 		 102 aa  57  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4873  hypothetical protein  31.31 
 
 		 102 aa  57  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.588698  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3292  hypothetical protein  31.31 
 
 		 102 aa  57  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31170  hypothetical protein  35.29 
 
 		 99 aa  55.5  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.814554  normal  0.945113 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0916  YCII-related  44.12 
 
 		 95 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0263872 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2992  YCII-related protein  31.68 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2489  YCII-related  35.29 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.364978  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1676  YCII domain-containing protein  35.29 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000604695  normal  0.185637 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2391  YCII domain-containing protein  35.29 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000300647  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1883  YCII-related  38.24 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.113856  hitchhiker  0.000636371 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0388  hypothetical protein  30.53 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6318  hypothetical protein  31.58 
 
 		 102 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.547611 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1511  hypothetical protein  31.58 
 
 		 102 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3299  YCII-related protein  40 
 
 		 94 aa  50.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2728  YCII-related  36.99 
 
 		 94 aa  50.1  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0660  hypothetical protein  36.36 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6976  hypothetical protein  29.47 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.274596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5356  hypothetical protein  29.41 
 
 		 352 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1351  hypothetical protein  30.59 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3667  YCII-like protein  36.36 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4011  YCII-related  34.02 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0957  YCII-related  28.28 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1923  YCII-related  31.76 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.821027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0565  YCII-related protein  30.95 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.799624 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20150  hypothetical protein  32.5 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.407801 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8035  YCII-related protein  28.92 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1263  YCII-related  34.33 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0886  hypothetical protein  31.34 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1294  YCII-related protein  34.33 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3929  YCII-related protein  30.67 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1953  YCII-related protein  34.57 
 
 		 96 aa  42  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2257  YCII-related protein  33.82 
 
 		 84 aa  41.2  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1796  hypothetical protein  35.82 
 
 		 97 aa  40.4  0.007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.764017  hitchhiker  0.00919665 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1599  hypothetical protein  29.85 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.32365  normal  0.712255 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>