71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1629 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



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Replicon accession
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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1629  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  100 
 
 		 289 aa  601  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.405042 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1957  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  95.5 
 
 		 289 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116994  normal  0.0908545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4234  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  87.94 
 
 		 282 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.128738  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4132  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase HpaD_Fe  87.94 
 
 		 282 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0541165  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3283  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  87.94 
 
 		 282 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.225438  normal  0.128816 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4130  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  87.19 
 
 		 282 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1780  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase HpaD_Fe  86.48 
 
 		 282 aa  520  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3656  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  86.48 
 
 		 282 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.492492 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4371  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  86.48 
 
 		 282 aa  517  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1732  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  81.21 
 
 		 282 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157568  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1026  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  81.21 
 
 		 282 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0103  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  81.21 
 
 		 282 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.547527  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2267  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  81.21 
 
 		 282 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1137  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  81.21 
 
 		 282 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0941  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  81.21 
 
 		 282 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1510  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  81.21 
 
 		 282 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.134122  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1167  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  67.14 
 
 		 283 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.907464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1213  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  67.14 
 
 		 283 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.343521  normal  0.923917 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1062  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  67.14 
 
 		 283 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A1178  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  67.14 
 
 		 283 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4582  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  66.78 
 
 		 283 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3704  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  66.78 
 
 		 283 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.17743 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4888  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  66.78 
 
 		 283 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_5827  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  68.79 
 
 		 287 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.121868  normal  0.292113 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04228  Homoprotocatechuate dyoxygenase  66.78 
 
 		 283 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1198  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  66.78 
 
 		 283 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.896873 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04194  hypothetical protein  66.78 
 
 		 283 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2031  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase(HpaD)  67.73 
 
 		 287 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.412165  normal  0.21533 
 
 
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NC_009832  Spro_0628  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  65.26 
 
 		 285 aa  403  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012791  Vapar_0242  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  68.09 
 
 		 291 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393613  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2362  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  64.91 
 
 		 285 aa  394  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1645  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  64.56 
 
 		 285 aa  391  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2458  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  64.56 
 
 		 285 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10620  homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase  64.18 
 
 		 307 aa  374  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0968  homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase  63.83 
 
 		 307 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3528  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  61.72 
 
 		 305 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0958832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3499  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  62.41 
 
 		 307 aa  361  9e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242751  normal  1 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_3169  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  62.06 
 
 		 309 aa  354  8.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_7520  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  48.58 
 
 		 285 aa  266  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_3868  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase HpaD_Fe  52.11 
 
 		 283 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
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NC_011004  Rpal_1859  3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase  49.65 
 
 		 283 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.758455  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1623  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  29.88 
 
 		 269 aa  105  6e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013411  GYMC61_2301  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  28.72 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7503  putative dioxygenase  29.73 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007794  Saro_2607  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  28.24 
 
 		 290 aa  94  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1101  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  27.7 
 
 		 303 aa  87.4  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.31891 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0233  aromatic ring-opening dioxygenase  29.05 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329446  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1686  putative dioxygenase  29.05 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0323  aromatic ring-opening dioxygenase  29.05 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0934  aromatic ring-opening dioxygenase  28.63 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1919  putative class III extradiol-type catecholic dioxygenase  28.63 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1220  aromatic ring-opening dioxygenase  28.63 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.432018  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0234  class III extradiol-type catecholic dioxygenase, putative  35 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2014  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  22.75 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.523696 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1145  2-aminophenol 1,6-dioxygenase, beta subunit  24.08 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1065  hypothetical protein  26 
 
 		 468 aa  57.4  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.710418  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1168  hypothetical protein  29.41 
 
 		 462 aa  51.6  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.773328  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  26.92 
 
 		 277 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0337  hypothetical protein  35 
 
 		 470 aa  50.1  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.219744  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0324  hypothetical protein  26.81 
 
 		 467 aa  49.3  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.627251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2449  hypothetical protein  27.49 
 
 		 468 aa  48.9  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2294  hypothetical protein  25.83 
 
 		 463 aa  48.9  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.185885  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1146  2-aminophenol 1,6-dioxygenase, alpha subunit  23.74 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2295  hypothetical protein  28.79 
 
 		 459 aa  47.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  23.68 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  24.31 
 
 		 258 aa  44.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0269  hypothetical protein  25.29 
 
 		 467 aa  43.9  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2712  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  22.65 
 
 		 259 aa  43.5  0.004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.140403  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4315  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  24.85 
 
 		 257 aa  43.5  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  25.13 
 
 		 266 aa  43.1  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03046  4,5-dopa dioxygenase extradiol  25 
 
 		 258 aa  43.1  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
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