74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1144 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1144  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 		 287 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.703964  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1052  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  96.86 
 
 		 287 aa  577  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00191941  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1208  hypothetical protein  75.26 
 
 		 289 aa  454  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1455  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.41 
 
 		 285 aa  271  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.271612  normal  0.540274 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1756  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.06 
 
 		 286 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1842  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.35 
 
 		 284 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108875 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1729  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.41 
 
 		 284 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.102373  normal  0.215205 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5119  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.7 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6261  endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.3 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1818  endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.3 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.543499  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2093  endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.7 
 
 		 284 aa  249  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1289  hypothetical protein  44.44 
 
 		 290 aa  249  5e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891999  normal  0.614576 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2113  endonuclease/exonuclease/phosphatase  48.04 
 
 		 284 aa  244  9e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0578211  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2228  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  47.74 
 
 		 286 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0964  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.6 
 
 		 287 aa  238  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1114  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2234  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187821  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2196  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0055  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.322839  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1350.1  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 324 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0665906  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2361  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.5 
 
 		 286 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1842  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.5 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3303  endonuclease/exonuclease/phosphatase  45.05 
 
 		 291 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2656  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.9 
 
 		 291 aa  225  6e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2766  hypothetical protein  41.13 
 
 		 281 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1364  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.03 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.204083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5302  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.41 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2351  hypothetical protein  44.5 
 
 		 226 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.286388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4122  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.53 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4197  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.18 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3873  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.18 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0170416 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1349  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.38 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.442404  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4283  Metal-dependent exonuclease protein  28.76 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4022  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.96 
 
 		 271 aa  67  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.15 
 
 		 837 aa  65.9  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.46 
 
 		 328 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.46 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.32 
 
 		 246 aa  62  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.96 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.22 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5732  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.5 
 
 		 300 aa  55.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.673881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.5 
 
 		 808 aa  53.9  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2363  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.76 
 
 		 255 aa  52.4  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24010  metal-dependent hydrolase  26.39 
 
 		 286 aa  52  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.078651 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0904  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.33 
 
 		 289 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  0.240953 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4024  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.43 
 
 		 278 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.284823  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11000  metal-dependent hydrolase  32.05 
 
 		 316 aa  51.6  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.82 
 
 		 231 aa  51.6  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4612  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.04 
 
 		 268 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0765415  normal  0.0123856 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  25.35 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5588  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.19 
 
 		 269 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6314  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.19 
 
 		 269 aa  48.9  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0901897 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.92 
 
 		 242 aa  48.9  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1972  metal-dependent hydrolase  32.05 
 
 		 338 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1880  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  32.05 
 
 		 338 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850381  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.82 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.82 
 
 		 263 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.82 
 
 		 263 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0408  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  31.82 
 
 		 1153 aa  46.6  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5493  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.19 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.306278  hitchhiker  0.00234729 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.94 
 
 		 279 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3653  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.78 
 
 		 249 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.477132  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2832  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.1 
 
 		 260 aa  43.9  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.313269  decreased coverage  0.00271528 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.05 
 
 		 242 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.67 
 
 		 265 aa  43.5  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.61 
 
 		 257 aa  43.5  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1422  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.81 
 
 		 235 aa  43.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  29.71 
 
 		 273 aa  43.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3930  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.83 
 
 		 247 aa  42.7  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0720293 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_118  endonuclease/exonuclease/phosphatase family  23.86 
 
 		 639 aa  42.7  0.007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.71 
 
 		 281 aa  42.7  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2670  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.26 
 
 		 260 aa  42.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246537  normal  0.0515035 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1438  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.13 
 
 		 291 aa  42.4  0.01  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.626738 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3731  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.79 
 
 		 243 aa  42.4  0.01  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>