115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4283 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4283  Metal-dependent exonuclease protein  100 
 
 
286 aa  591  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3873  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  61.46 
 
 
288 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0170416 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4197  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  60.84 
 
 
288 aa  348  7e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1349  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.23 
 
 
287 aa  205  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.442404  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4122  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.04 
 
 
287 aa  202  6e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1364  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.55 
 
 
301 aa  115  8.999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.204083  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1289  hypothetical protein  32.03 
 
 
290 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891999  normal  0.614576 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2093  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.97 
 
 
284 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2113  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.2 
 
 
284 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0578211  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2766  hypothetical protein  31.7 
 
 
281 aa  98.2  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1842  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.46 
 
 
284 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108875 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5119  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.13 
 
 
284 aa  95.9  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533258  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6261  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.77 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1818  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.77 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.543499  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1729  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.24 
 
 
284 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.102373  normal  0.215205 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2228  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.67 
 
 
286 aa  92.4  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5302  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.15 
 
 
289 aa  90.5  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0964  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.86 
 
 
287 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.444037  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1756  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.57 
 
 
286 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1455  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.57 
 
 
285 aa  90.1  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.271612  normal  0.540274 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3303  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.48 
 
 
291 aa  89.7  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2656  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.15 
 
 
291 aa  88.6  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1350.1  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  27.67 
 
 
324 aa  85.9  7e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0665906  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0055  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  27.67 
 
 
286 aa  85.9  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.322839  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2196  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  27.67 
 
 
286 aa  85.5  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2234  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  27.67 
 
 
286 aa  85.9  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187821  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1114  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  27.67 
 
 
286 aa  85.9  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2361  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  27.33 
 
 
286 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1842  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  27.33 
 
 
286 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1208  hypothetical protein  28.95 
 
 
289 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0904  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.21 
 
 
289 aa  80.5  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  0.240953 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2799  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.18 
 
 
244 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0905  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.53 
 
 
278 aa  78.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.965687  normal  0.246268 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4022  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.12 
 
 
271 aa  78.6  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5198  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.01 
 
 
278 aa  76.6  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.440175 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2351  hypothetical protein  30.32 
 
 
226 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.286388  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1144  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.76 
 
 
287 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.703964  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1052  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.71 
 
 
287 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00191941  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.8 
 
 
281 aa  66.2  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0108  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.05 
 
 
591 aa  65.1  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0260  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.7 
 
 
639 aa  64.7  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.61014  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2832  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.51 
 
 
260 aa  64.7  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.313269  decreased coverage  0.00271528 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3513  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.73 
 
 
236 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00703913  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.34 
 
 
257 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0209  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.42 
 
 
283 aa  63.2  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_118  endonuclease/exonuclease/phosphatase family  28.38 
 
 
639 aa  61.6  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.3 
 
 
808 aa  59.7  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0990  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.19 
 
 
255 aa  59.3  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0496  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.62 
 
 
246 aa  59.3  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24010  metal-dependent hydrolase  29.95 
 
 
286 aa  59.3  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.078651 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.95 
 
 
242 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.44 
 
 
264 aa  58.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.5 
 
 
231 aa  57.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5423  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.8 
 
 
242 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313531  hitchhiker  0.0062358 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11000  metal-dependent hydrolase  27.39 
 
 
316 aa  57  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5588  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.78 
 
 
269 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15644  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.94 
 
 
279 aa  57  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.09 
 
 
246 aa  56.6  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0962  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.57 
 
 
255 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3731  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.57 
 
 
243 aa  56.2  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0980  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.57 
 
 
255 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28333  normal  0.0626393 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6314  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.78 
 
 
269 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0901897 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.43 
 
 
246 aa  56.2  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25550  metal-dependent hydrolase  28.02 
 
 
657 aa  55.8  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.202364 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0808  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.24 
 
 
257 aa  55.5  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.555445  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4024  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.37 
 
 
278 aa  55.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.284823  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.26 
 
 
837 aa  55.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0408  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  35.62 
 
 
1153 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1972  metal-dependent hydrolase  37.34 
 
 
338 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1880  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  37.34 
 
 
338 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850381  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2849  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.17 
 
 
644 aa  53.9  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00190481  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.78 
 
 
258 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.84 
 
 
328 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.22 
 
 
263 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.22 
 
 
263 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.84 
 
 
328 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5493  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.38 
 
 
278 aa  52.4  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.306278  hitchhiker  0.00234729 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2363  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.71 
 
 
255 aa  52.4  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3798  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.91 
 
 
263 aa  52  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00159012  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2132  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.8 
 
 
226 aa  50.8  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1524  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.8 
 
 
228 aa  51.6  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2325  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.47 
 
 
231 aa  50.8  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.415298 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.91 
 
 
265 aa  51.6  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.43 
 
 
242 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.35 
 
 
283 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  23.53 
 
 
245 aa  50.4  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2384  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.33 
 
 
300 aa  50.4  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5411  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.08 
 
 
250 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.746518 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3786  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.97 
 
 
269 aa  49.3  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3204  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.38 
 
 
259 aa  49.3  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2555  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.52 
 
 
257 aa  47.8  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.337597  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0692  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.69 
 
 
245 aa  47.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.221154  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5408  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.12 
 
 
634 aa  47  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.521256  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1565  endonuclease/exonuclease/phosphatase  20.47 
 
 
279 aa  46.6  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.647267  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0649  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.57 
 
 
250 aa  46.6  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.441021  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5307  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  22.41 
 
 
244 aa  46.2  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1438  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.71 
 
 
291 aa  46.2  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.626738 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0800  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.7 
 
 
258 aa  46.2  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179814  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0353  exodeoxyribonuclease III Xth  41.38 
 
 
255 aa  45.8  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.740813  normal  0.996047 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0174  exodeoxyribonuclease III  41.38 
 
 
253 aa  45.8  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.100757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>