87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1208 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1208  hypothetical protein  100 
 
 		 289 aa  593  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1144  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  75.26 
 
 		 287 aa  454  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.703964  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1052  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  74.91 
 
 		 287 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00191941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5119  endonuclease/exonuclease/phosphatase  52.63 
 
 		 284 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1729  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.18 
 
 		 284 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.102373  normal  0.215205 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1756  endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.82 
 
 		 286 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1842  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.92 
 
 		 284 aa  261  8e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108875 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2093  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.24 
 
 		 284 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6261  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.57 
 
 		 284 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1818  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.57 
 
 		 284 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.543499  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1455  endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.65 
 
 		 285 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.271612  normal  0.540274 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1289  hypothetical protein  48.63 
 
 		 290 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891999  normal  0.614576 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2228  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  50 
 
 		 286 aa  249  3e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2196  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  49.48 
 
 		 286 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0055  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  49.48 
 
 		 286 aa  245  6e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.322839  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1114  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  49.48 
 
 		 286 aa  245  6e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2234  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  49.48 
 
 		 286 aa  245  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187821  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1350.1  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  49.48 
 
 		 324 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0665906  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2361  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  49.13 
 
 		 286 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1842  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  49.13 
 
 		 286 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2113  endonuclease/exonuclease/phosphatase  46.62 
 
 		 284 aa  238  8e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0578211  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3303  endonuclease/exonuclease/phosphatase  46.94 
 
 		 291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2656  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  46.6 
 
 		 291 aa  231  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0964  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.6 
 
 		 287 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2766  hypothetical protein  42.61 
 
 		 281 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1364  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  45.39 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.204083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5302  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.91 
 
 		 289 aa  202  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2351  hypothetical protein  46.53 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.286388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4122  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.97 
 
 		 287 aa  95.5  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4197  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.32 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3873  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.37 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0170416 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4283  Metal-dependent exonuclease protein  28.95 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4022  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.82 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1349  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.1 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.442404  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.89 
 
 		 837 aa  69.3  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4024  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.25 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.284823  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1438  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.52 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.626738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.42 
 
 		 328 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.42 
 
 		 328 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.3 
 
 		 808 aa  62  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5198  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.39 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.440175 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.37 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.57 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.81 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.82 
 
 		 246 aa  56.6  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1422  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.41 
 
 		 235 aa  55.5  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11000  metal-dependent hydrolase  32.02 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.37 
 
 		 231 aa  54.7  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.59 
 
 		 242 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.76 
 
 		 246 aa  53.5  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1972  metal-dependent hydrolase  35 
 
 		 338 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.12 
 
 		 258 aa  52.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3930  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.1 
 
 		 247 aa  52.4  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0720293 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2799  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.09 
 
 		 244 aa  52  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.12 
 
 		 263 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.12 
 
 		 263 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.58 
 
 		 265 aa  50.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.08 
 
 		 257 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1880  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  33.76 
 
 		 338 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850381  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4976  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.64 
 
 		 266 aa  50.4  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000483065 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24010  metal-dependent hydrolase  25.35 
 
 		 286 aa  49.7  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.078651 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0383  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.8 
 
 		 266 aa  49.7  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5423  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.55 
 
 		 242 aa  49.3  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313531  hitchhiker  0.0062358 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2528  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.83 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.772852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2363  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.78 
 
 		 255 aa  48.9  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  30.32 
 
 		 273 aa  47.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0408  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  33.11 
 
 		 1153 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3253  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.21 
 
 		 253 aa  47  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.378001  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  24.3 
 
 		 245 aa  46.6  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.71 
 
 		 279 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5493  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.5 
 
 		 278 aa  45.8  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.306278  hitchhiker  0.00234729 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1524  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.86 
 
 		 228 aa  46.2  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4612  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.96 
 
 		 268 aa  45.8  0.0009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0765415  normal  0.0123856 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5588  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.25 
 
 		 269 aa  45.8  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3731  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.09 
 
 		 243 aa  45.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2132  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.44 
 
 		 226 aa  45.4  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3513  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.89 
 
 		 236 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00703913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_118  endonuclease/exonuclease/phosphatase family  24.75 
 
 		 639 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  26.56 
 
 		 262 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  21.68 
 
 		 254 aa  44.7  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0260  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.75 
 
 		 639 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.61014  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6314  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.25 
 
 		 269 aa  45.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0901897 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5732  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.5 
 
 		 300 aa  44.3  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.673881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25550  metal-dependent hydrolase  29.27 
 
 		 657 aa  43.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.202364 
 
 
-
 
NC_002936  DET0108  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.7 
 
 		 591 aa  43.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2832  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.54 
 
 		 260 aa  42.4  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.313269  decreased coverage  0.00271528 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5147  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.99 
 
 		 268 aa  42.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.988889  normal  0.586648 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>