More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4272 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4272  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
236 aa  473  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.91 
 
 
401 aa  330  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.91 
 
 
401 aa  330  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.43 
 
 
411 aa  321  5e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.99 
 
 
396 aa  298  7e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.08 
 
 
399 aa  296  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.5 
 
 
396 aa  296  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.48 
 
 
396 aa  295  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.5 
 
 
396 aa  295  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  65.05 
 
 
409 aa  294  8e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  65.7 
 
 
396 aa  293  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.32 
 
 
391 aa  293  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.56 
 
 
399 aa  292  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.05 
 
 
396 aa  291  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.22 
 
 
396 aa  291  6e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.05 
 
 
396 aa  291  6e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.05 
 
 
396 aa  291  6e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.08 
 
 
399 aa  291  8e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  64.56 
 
 
399 aa  290  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  64.56 
 
 
399 aa  289  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.11 
 
 
399 aa  289  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.76 
 
 
397 aa  289  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.59 
 
 
399 aa  288  4e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.59 
 
 
399 aa  288  4e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.35 
 
 
401 aa  286  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.4 
 
 
413 aa  286  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.88 
 
 
421 aa  286  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.88 
 
 
401 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.11 
 
 
399 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.35 
 
 
401 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  65.4 
 
 
413 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.88 
 
 
401 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  66.35 
 
 
401 aa  285  4e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.88 
 
 
401 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.4 
 
 
401 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.4 
 
 
401 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.3 
 
 
397 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.39 
 
 
397 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  64.88 
 
 
405 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.47 
 
 
397 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.93 
 
 
397 aa  281  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  65.4 
 
 
401 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  65.4 
 
 
401 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  65.4 
 
 
401 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  65.4 
 
 
401 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  65.4 
 
 
401 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  65.4 
 
 
401 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  64.39 
 
 
402 aa  280  9e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.9 
 
 
398 aa  280  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  64.93 
 
 
401 aa  280  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  63.41 
 
 
405 aa  276  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  63.68 
 
 
412 aa  275  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  63.41 
 
 
402 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.93 
 
 
398 aa  275  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.93 
 
 
406 aa  274  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.59 
 
 
433 aa  272  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.95 
 
 
405 aa  271  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  62.14 
 
 
397 aa  270  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  59.9 
 
 
404 aa  270  1e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  62.44 
 
 
418 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.44 
 
 
418 aa  266  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  58.96 
 
 
399 aa  266  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  54.2 
 
 
404 aa  266  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.99 
 
 
396 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.8 
 
 
397 aa  265  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  61.17 
 
 
411 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.58 
 
 
406 aa  263  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.58 
 
 
406 aa  264  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  58.06 
 
 
406 aa  261  6e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  51.68 
 
 
402 aa  254  6e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  50.42 
 
 
402 aa  251  9.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.71 
 
 
398 aa  244  6.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3975  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.73 
 
 
408 aa  240  2e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.36423  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  56.81 
 
 
402 aa  239  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  56.52 
 
 
410 aa  236  2e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0909  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.03 
 
 
479 aa  231  9e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.756109  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  52.4 
 
 
398 aa  230  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.14 
 
 
402 aa  229  2e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.58 
 
 
426 aa  229  4e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.949796 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.66 
 
 
405 aa  228  7e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.43 
 
 
406 aa  227  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1331  Formyl-CoA transferase  51.66 
 
 
452 aa  226  2e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277298 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.29 
 
 
408 aa  226  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  52.75 
 
 
400 aa  224  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.52 
 
 
399 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0953  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.43 
 
 
384 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1330  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.71 
 
 
405 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256533 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0191  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.49 
 
 
416 aa  217  1e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1100  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.32 
 
 
419 aa  209  4e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1693  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.64 
 
 
417 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.888371 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0528  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.64 
 
 
417 aa  207  1e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.203103  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.64 
 
 
417 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00403756  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  49.54 
 
 
399 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  49.54 
 
 
399 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.86 
 
 
400 aa  207  1e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0637  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.64 
 
 
417 aa  207  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.463251  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1589  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.54 
 
 
399 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0540324  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1669  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.64 
 
 
417 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5455  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.64 
 
 
417 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.64 
 
 
417 aa  207  1e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>