48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1250 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1250  hypothetical protein  100 
 
 		 193 aa  390  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0449823 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2650  putative lipoprotein  95.69 
 
 		 116 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.290276  normal  0.134828 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1875  putative lipoprotein  93.97 
 
 		 116 aa  218  6e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.459225  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1285  putative lipoprotein  93.97 
 
 		 116 aa  217  7e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0683  putative lipoprotein  61.31 
 
 		 160 aa  191  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2326  putative lipoprotein  76.72 
 
 		 116 aa  177  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31150  hypothetical protein  70.73 
 
 		 133 aa  169  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000059754  unclonable  1.00757e-22 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2609  lipoprotein  55.26 
 
 		 197 aa  169  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.707585  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36010  lipoprotein  73.45 
 
 		 118 aa  167  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1482  hypothetical protein  74.11 
 
 		 115 aa  167  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.388647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0460  putative lipoprotein  73.21 
 
 		 115 aa  164  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.552227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2728  putative lipoprotein  71.43 
 
 		 115 aa  162  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3027  hypothetical protein  71.43 
 
 		 115 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2617  putative lipoprotein  71.43 
 
 		 115 aa  160  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2936  putative lipoprotein  69.64 
 
 		 115 aa  159  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.377155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1259  putative lipoprotein  70.54 
 
 		 109 aa  157  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3529  putative lipoprotein  67.24 
 
 		 116 aa  155  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.348818  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3735  hypothetical protein  74.14 
 
 		 116 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4163  putative lipoprotein  62.07 
 
 		 116 aa  145  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2083  putative lipoprotein  50 
 
 		 113 aa  100  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2608  hypothetical protein  49.12 
 
 		 116 aa  99.8  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0470  hypothetical protein  49.12 
 
 		 116 aa  99.8  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3038  hypothetical protein  49.12 
 
 		 116 aa  99.8  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184714 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31230  hypothetical protein  49.57 
 
 		 175 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000641802  unclonable  1.55201e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1274  putative transposon  49.12 
 
 		 116 aa  99  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2738  hypothetical protein  48.25 
 
 		 116 aa  98.6  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.460975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0677  hypothetical protein  49.12 
 
 		 116 aa  97.4  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3668  hypothetical protein  45.54 
 
 		 118 aa  95.1  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1501  putative lipoprotein  52.25 
 
 		 116 aa  94.7  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1475  hypothetical protein  48.18 
 
 		 116 aa  94  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1041  hypothetical protein  52 
 
 		 118 aa  92  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.814143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3536  hypothetical protein  47.79 
 
 		 116 aa  91.3  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2081  hypothetical protein  46.36 
 
 		 113 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0599  hypothetical protein  40 
 
 		 115 aa  77.4  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0080  hypothetical protein  40.35 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2122  hypothetical protein  41.82 
 
 		 123 aa  67  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0162  hypothetical protein  42.34 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2521  hypothetical protein  42.22 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2663  hypothetical protein  40.87 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.996553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7704  hypothetical protein  40.91 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0707762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7395  hypothetical protein  39.09 
 
 		 123 aa  62  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0794  hypothetical protein  42.86 
 
 		 134 aa  60.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.544524 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3815  hypothetical protein  40 
 
 		 123 aa  60.5  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0782579  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2010  hypothetical protein  38.46 
 
 		 124 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.636373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1543  hypothetical protein  37.5 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0356843 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3150  hypothetical protein  35.71 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1116  hypothetical protein  35.06 
 
 		 97 aa  51.2  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000322507  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0353  hypothetical protein  39.71 
 
 		 128 aa  48.5  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0239332  normal  0.187405 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>