34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0185 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0185  hypothetical protein  100 
 
 		 359 aa  744    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.317581 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0228  hypothetical protein  53.2 
 
 		 374 aa  375  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0176  lipoprotein  49.06 
 
 		 299 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.185356 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0556  putative lipoprotein  32.27 
 
 		 285 aa  149  7e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.921395  normal  0.957276 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0998  hypothetical protein  29 
 
 		 289 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0670  hypothetical protein  26.01 
 
 		 280 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.10977  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0099  putative lipoprotein  26.3 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00360013 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3305  rare lipoprotein A  23.86 
 
 		 289 aa  90.1  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.40538  normal  0.056072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4075  lipoprotein  25.82 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal  0.92018 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2527  hypothetical protein  24.33 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4564  putative lipoprotein  28.47 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1325  hypothetical protein  28.47 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.806201  normal  0.411891 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3789  putative lipoprotein  23.02 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0227546 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2384  hypothetical protein  21.33 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0577  hypothetical protein  24.29 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2199  putative lipoprotein  21.26 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.707312  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01920  hypothetical protein  26.4 
 
 		 293 aa  57  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0403561  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1589  lipoprotein, putative  22.26 
 
 		 287 aa  57  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0335  putative lipoprotein  21.51 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.91114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0585  hypothetical protein  27.97 
 
 		 288 aa  54.7  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3865  lipoprotein  28.17 
 
 		 286 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1382  hypothetical protein  23.31 
 
 		 286 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.300588  normal  0.327464 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1806  hypothetical protein  23.71 
 
 		 285 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2317  hypothetical protein  21.59 
 
 		 283 aa  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1798  hypothetical protein  22.95 
 
 		 290 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.145429  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1455  hypothetical protein  24.85 
 
 		 282 aa  47.8  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1845  hypothetical protein  22.95 
 
 		 290 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2480  hypothetical protein  22.95 
 
 		 290 aa  46.6  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1664  hypothetical protein  22.3 
 
 		 293 aa  45.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2496  hypothetical protein  21.33 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.296365  hitchhiker  0.00398106 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000507  hypothetical protein  25.93 
 
 		 277 aa  44.3  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2376  hypothetical protein  21.48 
 
 		 290 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.284586  normal  0.912373 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2711  hypothetical protein  21.05 
 
 		 290 aa  43.1  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1443  putative lipoprotein  25.45 
 
 		 289 aa  42.7  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>