More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1597 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  100 
 
 
244 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.860982  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2512  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  90.16 
 
 
244 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.308751  normal  0.32204 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3156  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  73.48 
 
 
242 aa  276  3e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.132612  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5137  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.16 
 
 
242 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140315  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2559  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.91 
 
 
239 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.608237  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4600  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.84 
 
 
242 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3524  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.84 
 
 
242 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.239201  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0211  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40 
 
 
239 aa  122  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4594  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.55 
 
 
250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0187  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.27 
 
 
239 aa  115  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.698131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3390  putative cytochrome c-type biogenesis protein  36.84 
 
 
239 aa  115  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.927366  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3286  cytochrome c biogenesis protein  32.07 
 
 
237 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549106  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0130  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.45 
 
 
239 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.128074 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4168  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.57 
 
 
238 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0334  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  30.93 
 
 
237 aa  105  7e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2721  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.23 
 
 
245 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0697099  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5438  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.32 
 
 
239 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.249555  hitchhiker  0.00388506 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0947  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.74 
 
 
239 aa  97.8  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000313224 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0632  cytochrome c-type biogenesis protein  34.27 
 
 
216 aa  95.1  8e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2134  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  31.69 
 
 
248 aa  93.6  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0478142  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0808  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.28 
 
 
248 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0718  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.45 
 
 
248 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.761228  normal  0.697868 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5394  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.33 
 
 
239 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1457  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.93 
 
 
250 aa  85.5  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00340788  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1715  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  35.87 
 
 
214 aa  84  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0270352  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0299  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.09 
 
 
466 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.257762  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  32.62 
 
 
251 aa  77.8  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.493199  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2966  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.77 
 
 
247 aa  78.2  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.017508  normal  0.369863 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.63 
 
 
466 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1604  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.14 
 
 
216 aa  75.9  0.0000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1670  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.14 
 
 
216 aa  75.9  0.0000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.29 
 
 
403 aa  75.1  0.000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.313576  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1111  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.99 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000199763  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0522  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.73 
 
 
258 aa  74.3  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0219549  hitchhiker  0.00315047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38 
 
 
609 aa  72.8  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  30.66 
 
 
592 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5356  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.3 
 
 
626 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363536  normal  0.314037 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2809  cytochrome c biogenesis protein  30.77 
 
 
244 aa  70.5  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.427201 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3915  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.74 
 
 
613 aa  70.1  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2354  cytochrome c biogenesis protein  30.69 
 
 
214 aa  70.1  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000264437  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.19 
 
 
435 aa  69.3  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1951  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.35 
 
 
237 aa  69.3  0.00000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2284  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.78 
 
 
223 aa  68.6  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000156188  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  34.68 
 
 
691 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.72 
 
 
623 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0814  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.79 
 
 
589 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.14 
 
 
622 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  29.9 
 
 
396 aa  67.4  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.14 
 
 
619 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0753  putative cytochrome c-type biogenesis protein  26.52 
 
 
250 aa  67.4  0.0000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.117718  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.14 
 
 
625 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.14 
 
 
619 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.14 
 
 
619 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  31.76 
 
 
591 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3443  hypothetical protein  35.89 
 
 
222 aa  67  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.11211  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3204  autotransporter-associated beta strand repeat protein  35.89 
 
 
222 aa  67  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000564302 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4125  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.93 
 
 
399 aa  66.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0162627 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0403  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.77 
 
 
561 aa  66.2  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.471471  hitchhiker  0.00764608 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.28 
 
 
595 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.28 
 
 
595 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1241  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.63 
 
 
227 aa  66.2  0.0000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0549817  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.28 
 
 
595 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3250  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.39 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0077031  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1270  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.39 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.243942  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.21 
 
 
596 aa  65.5  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.07 
 
 
600 aa  65.1  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  34.21 
 
 
604 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5707  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.92 
 
 
403 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.911728  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0561  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.81 
 
 
590 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0831  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.89 
 
 
224 aa  63.2  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0602188  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0621  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.43 
 
 
585 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.46991  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3535  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.25 
 
 
229 aa  63.5  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.38 
 
 
583 aa  63.2  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  33.99 
 
 
622 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.38 
 
 
583 aa  63.5  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0600  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.81 
 
 
590 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  33.33 
 
 
589 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0736  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.68 
 
 
222 aa  63.2  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.592681  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4604  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.14 
 
 
593 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.138187 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2275  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.75 
 
 
242 aa  63.2  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0502  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.03 
 
 
253 aa  62.8  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2089  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.32 
 
 
404 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3410  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.93 
 
 
570 aa  62.4  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.07 
 
 
610 aa  62  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0868  Redoxin domain protein  28.57 
 
 
469 aa  62.4  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4858  thiol:disulfide interchange protein DsbD  31.11 
 
 
604 aa  62  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0606  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.16 
 
 
590 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0653759 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.24 
 
 
604 aa  62  0.000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3268  Protein-disulfide reductase  30.5 
 
 
605 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0181869 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3090  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.85 
 
 
251 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.23 
 
 
619 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.23 
 
 
619 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.23 
 
 
619 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.23 
 
 
619 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.82 
 
 
613 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.82 
 
 
613 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.81 
 
 
628 aa  61.2  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1262  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.63 
 
 
235 aa  61.6  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.57281  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2013  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.09 
 
 
666 aa  61.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.82 
 
 
613 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>