More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3156 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3156  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
242 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.132612  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2512  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  70.71 
 
 
244 aa  305  4.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.308751  normal  0.32204 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  73.48 
 
 
244 aa  286  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.860982  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3524  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.17 
 
 
242 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.239201  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4600  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.17 
 
 
242 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5137  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.5 
 
 
242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140315  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2559  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.97 
 
 
239 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.608237  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0187  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.23 
 
 
239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.698131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0130  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.67 
 
 
239 aa  125  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.128074 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3390  putative cytochrome c-type biogenesis protein  40.5 
 
 
239 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.927366  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0211  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.71 
 
 
239 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0947  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.72 
 
 
239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000313224 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2721  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.66 
 
 
245 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0697099  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5438  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.73 
 
 
239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.249555  hitchhiker  0.00388506 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4168  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.47 
 
 
238 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0632  cytochrome c-type biogenesis protein  34.53 
 
 
216 aa  108  6e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3286  cytochrome c biogenesis protein  32.27 
 
 
237 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549106  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4594  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.97 
 
 
250 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0334  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  32.75 
 
 
237 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.53 
 
 
586 aa  87  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3915  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.24 
 
 
613 aa  83.2  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5394  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.56 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1715  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  33.01 
 
 
214 aa  80.5  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0270352  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2134  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  28.81 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0478142  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1111  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.36 
 
 
227 aa  79.3  0.00000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000199763  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0808  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.81 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0621  thiol:disulfide interchange protein precursor  38.8 
 
 
585 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.46991  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0299  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.8 
 
 
466 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.257762  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2354  cytochrome c biogenesis protein  30.88 
 
 
214 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000264437  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0446  protein-disulfide reductase  30.24 
 
 
731 aa  77.8  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.36 
 
 
435 aa  76.6  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.36 
 
 
466 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1181  thiol:disulfide interchange protein DsbD  29.18 
 
 
628 aa  75.9  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.753424  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0718  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.81 
 
 
248 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.761228  normal  0.697868 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  37.04 
 
 
604 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  24.68 
 
 
403 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  38.04 
 
 
691 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2284  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.62 
 
 
223 aa  73.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000156188  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.12 
 
 
625 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.12 
 
 
622 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.09 
 
 
810 aa  73.2  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.42 
 
 
609 aa  73.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.58 
 
 
583 aa  72.4  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  36.81 
 
 
622 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  24.68 
 
 
403 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4604  thiol:disulfide interchange protein precursor  40.22 
 
 
593 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.138187 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.69 
 
 
403 aa  72.4  0.000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.313576  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0600  thiol:disulfide interchange protein precursor  38.89 
 
 
590 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2329  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.23 
 
 
606 aa  72.4  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0733929  normal  0.104839 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0561  thiol:disulfide interchange protein precursor  38.89 
 
 
590 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.48 
 
 
619 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  32.39 
 
 
592 aa  71.6  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2990  thiol:disulfide interchange transmembrane protein  36.14 
 
 
608 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3936  protein-disulfide reductase  35.44 
 
 
577 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.327412  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.08 
 
 
623 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.48 
 
 
619 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.48 
 
 
619 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4398  thiol:disulfide interchange protein precursor  36.96 
 
 
606 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.898445  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1604  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.14 
 
 
216 aa  71.2  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  29.49 
 
 
251 aa  70.5  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.493199  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1670  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.14 
 
 
216 aa  71.2  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.33 
 
 
596 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  31.34 
 
 
629 aa  71.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1951  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.04 
 
 
237 aa  70.5  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  32.38 
 
 
591 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0606  thiol:disulfide interchange protein precursor  38.33 
 
 
590 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0653759 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0712  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.71 
 
 
570 aa  69.7  0.00000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.642209  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.43 
 
 
583 aa  69.7  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3268  Protein-disulfide reductase  32.2 
 
 
605 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0181869 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4858  thiol:disulfide interchange protein DsbD  34.97 
 
 
604 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0028  protein-disulfide reductase  34.27 
 
 
623 aa  68.9  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.05 
 
 
789 aa  68.6  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.66 
 
 
610 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5356  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.48 
 
 
626 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363536  normal  0.314037 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.94 
 
 
624 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.5 
 
 
613 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  29.81 
 
 
630 aa  68.2  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.66 
 
 
604 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0502  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.75 
 
 
253 aa  68.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.19 
 
 
619 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.19 
 
 
619 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1525  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.8 
 
 
241 aa  67.4  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.5 
 
 
613 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  28 
 
 
628 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.5 
 
 
613 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.19 
 
 
619 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.19 
 
 
619 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4337  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.31 
 
 
244 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0744461  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2809  cytochrome c biogenesis protein  28.87 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.427201 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2275  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.04 
 
 
242 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.06 
 
 
624 aa  67  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  28.26 
 
 
396 aa  66.6  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2199  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.47 
 
 
276 aa  66.6  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  34.87 
 
 
589 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1457  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.91 
 
 
250 aa  66.2  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00340788  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.67 
 
 
595 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0522  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.29 
 
 
258 aa  65.9  0.0000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0219549  hitchhiker  0.00315047 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.67 
 
 
595 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.67 
 
 
595 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  30.66 
 
 
575 aa  65.9  0.0000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>