21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3962 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3962  laminin G  100 
 
 
401 aa  788    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.278975 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1122  laminin G  66.49 
 
 
406 aa  459  9.999999999999999e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3871  laminin G, domain-containing 2  52.29 
 
 
1159 aa  337  2.9999999999999997e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0201  laminin G, domain-containing 2  50.78 
 
 
793 aa  336  3.9999999999999995e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.317242  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3964  LamG domain-containing protein  52.68 
 
 
364 aa  291  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.278047 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3963  LamG domain-containing protein  53.52 
 
 
309 aa  280  4e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.308542  normal  0.276199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1123  LamG domain-containing protein  53.33 
 
 
318 aa  267  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.156274  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1124  LamG domain-containing protein  52.72 
 
 
369 aa  264  2e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.615457  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0810  laminin G  46.37 
 
 
433 aa  251  2e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.478954  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3169  LamG domain-containing protein  44.4 
 
 
339 aa  225  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2169  LamG domain-containing protein  37.34 
 
 
4357 aa  88.2  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1999  LamG domain-containing protein  30.95 
 
 
3907 aa  67.8  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5918  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  30.58 
 
 
306 aa  66.2  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.521345 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0555  laminin G, domain-containing 2  31.34 
 
 
1597 aa  63.2  0.000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02880  PDK repeat-containing protein  31.48 
 
 
1916 aa  60.5  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3863  laminin G, domain-containing 2  34 
 
 
1708 aa  60.1  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.389258 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0367  VCBS  29.29 
 
 
6678 aa  55.8  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.410615 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0368  Ricin B lectin  30.22 
 
 
1577 aa  56.2  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18771  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4457  PKD domain containing protein  25.94 
 
 
1565 aa  49.7  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1877  hypothetical protein  27.33 
 
 
1699 aa  46.6  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.070874 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1078  Laminin G sub domain 2  30.56 
 
 
911 aa  43.1  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.476778  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>