More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3150 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
278 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.328694 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0175  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  91.73 
 
 
278 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.419307  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.92 
 
 
278 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519096  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.65 
 
 
278 aa  285  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.247305  normal  0.0147322 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.38 
 
 
295 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.36 
 
 
273 aa  278  9e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63709  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1084  putative sugar ABC transporter, permease protein  56.23 
 
 
273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1181  sugar ABC transporter, permease protein, putative  56.23 
 
 
273 aa  266  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301869  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5330  ABC transporter  47.74 
 
 
274 aa  250  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3552  hypothetical protein  48.61 
 
 
270 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60541  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7591  ABC transporter membrane spanning protein  44.78 
 
 
275 aa  239  5e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2917  ABC-type sugar transport system, permease component  44.94 
 
 
273 aa  209  5e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
270 aa  202  4e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
273 aa  202  5e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
272 aa  199  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  42.16 
 
 
272 aa  199  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  40.59 
 
 
277 aa  199  5e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  40.22 
 
 
277 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
270 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21170  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.17 
 
 
302 aa  195  6e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.281989  normal  0.140209 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0956  monosaccharide-transporting ATPase  42.05 
 
 
277 aa  195  6e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0922285  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
275 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.29 
 
 
301 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
298 aa  190  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
311 aa  190  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00417428  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
297 aa  189  4e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000227991  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29030  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.71 
 
 
275 aa  187  1e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
300 aa  187  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17142  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  38.02 
 
 
286 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
321 aa  186  4e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0784866  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0478  ABC transporter, permease protein  38.64 
 
 
275 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 
275 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.861609 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
315 aa  183  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
310 aa  183  3e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
278 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.716321  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
290 aa  183  3e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3574  Monosaccharide-transporting ATPase  37.55 
 
 
290 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
281 aa  181  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
295 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.574995  hitchhiker  0.00173435 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
278 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.482027  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
271 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
285 aa  180  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
274 aa  179  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2681  Monosaccharide-transporting ATPase  37.85 
 
 
278 aa  179  4.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.515759  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
324 aa  179  4.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
268 aa  179  4.999999999999999e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.353997  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
284 aa  179  5.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.04 
 
 
279 aa  178  8e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1482  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.35 
 
 
272 aa  178  8e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00114182  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
275 aa  178  9e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00882  L-arabinose transport system permease protein AraQ  37.17 
 
 
278 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407955  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1314  ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
273 aa  176  3e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
274 aa  176  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
283 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0788706  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18870  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.72 
 
 
319 aa  175  6e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
304 aa  175  7e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
299 aa  175  9e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000948808  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
295 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29880  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.09 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
307 aa  174  9.999999999999999e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.556058 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
275 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7346  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  36.36 
 
 
278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  38.1 
 
 
271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2748  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.94 
 
 
306 aa  172  5e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.925228  normal  0.18236 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
298 aa  172  5e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1548  monosaccharide-transporting ATPase  38.26 
 
 
278 aa  172  5.999999999999999e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
308 aa  172  6.999999999999999e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.013285 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4398  Monosaccharide-transporting ATPase  39.85 
 
 
281 aa  172  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000709548  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
290 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
296 aa  170  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.982521  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
299 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0163331  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2544  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
299 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238071  normal  0.0688071 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
303 aa  170  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.659062  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  36.09 
 
 
269 aa  170  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1605  ABC transporter sugar permease  37.97 
 
 
278 aa  170  3e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
306 aa  170  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000825086 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
299 aa  169  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
299 aa  169  5e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0050805  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
301 aa  169  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00963253  hitchhiker  0.006941 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
294 aa  169  5e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
295 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0471  ABC-type sugar transport system permease component-like  37.6 
 
 
276 aa  169  6e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
277 aa  169  6e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000457855  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3392  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  36.61 
 
 
278 aa  169  7e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.196448  normal  0.954202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3536  putative sugar transporter, permease protein  38.02 
 
 
282 aa  168  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2532  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.18 
 
 
275 aa  168  8e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
296 aa  168  8e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000371485  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
306 aa  168  8e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.250656  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3424  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  38.72 
 
 
277 aa  168  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.224569  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05110  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.53 
 
 
295 aa  168  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
406 aa  167  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0947722  normal  0.449211 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
273 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
275 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
287 aa  167  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
273 aa  167  2e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>