More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1314 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1314  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
273 aa  550  1e-155  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.85 
 
 
272 aa  271  6e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  48.85 
 
 
272 aa  271  6e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2917  ABC-type sugar transport system, permease component  47.62 
 
 
273 aa  265  5.999999999999999e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.78 
 
 
273 aa  247  1e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
271 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  40.45 
 
 
277 aa  235  7e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  40.07 
 
 
277 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0478  ABC transporter, permease protein  43.51 
 
 
275 aa  233  3e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
273 aa  229  3e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
277 aa  222  4.9999999999999996e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000457855  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
284 aa  222  4.9999999999999996e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.19 
 
 
301 aa  218  1e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 
275 aa  218  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  40.67 
 
 
269 aa  218  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29710  carbohydrate ABC transporter membrane protein  43.35 
 
 
304 aa  216  2e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.942295  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05110  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.75 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
274 aa  211  9e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
279 aa  211  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.67338  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
275 aa  210  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
298 aa  209  3e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
292 aa  208  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.924355  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
279 aa  207  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000188602  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
297 aa  207  1e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000227991  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
295 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.925961 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5582  ABC transporter membrane spanning protein (galacturonic acid)  41.73 
 
 
293 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
281 aa  208  1e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
295 aa  206  3e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
280 aa  206  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
291 aa  205  6e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.276199 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
308 aa  205  7e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.013285 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
292 aa  204  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000934569 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05240  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.15 
 
 
312 aa  204  9e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1358  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
291 aa  204  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0338  monosaccharide-transporting ATPase  44.09 
 
 
701 aa  204  1e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0320  monosaccharide-transporting ATPase  43.64 
 
 
701 aa  204  2e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1550  MalG-type ABC sugar transport system permease component  39.61 
 
 
308 aa  203  3e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7346  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  38.01 
 
 
278 aa  202  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
299 aa  202  5e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
271 aa  201  8e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
303 aa  201  8e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.659062  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
722 aa  201  9e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0626826  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
278 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.716321  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
268 aa  201  9.999999999999999e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.250656  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1703  putative transport system permease ABC transporter protein  40 
 
 
292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.757038  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.353997  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
278 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.482027  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17142  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
299 aa  199  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0050805  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.466926 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
324 aa  199  3.9999999999999996e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
310 aa  199  5e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3536  putative sugar transporter, permease protein  39.64 
 
 
282 aa  198  6e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.46 
 
 
291 aa  198  7.999999999999999e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.64 
 
 
306 aa  198  9e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000825086 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
285 aa  198  9e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2544  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
299 aa  198  9e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238071  normal  0.0688071 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
299 aa  196  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0163331  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
300 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12076  sugar ABC transporter membrane protein  39.02 
 
 
280 aa  196  3e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
291 aa  196  3e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0974901  normal  0.381629 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
305 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00998336  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 
406 aa  195  6e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0947722  normal  0.449211 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.35 
 
 
274 aa  194  9e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
280 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0326071  normal  0.242877 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29030  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.71 
 
 
275 aa  194  1e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5763  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  41.45 
 
 
350 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.411796  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
289 aa  193  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.858464 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
302 aa  192  3e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
299 aa  193  3e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
297 aa  193  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.807172 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  38.81 
 
 
286 aa  192  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
271 aa  192  5e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00258755  normal  0.655339 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
272 aa  192  5e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
305 aa  192  6e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.995394  normal  0.0303683 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
278 aa  192  7e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2510  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  37.55 
 
 
278 aa  191  9e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.686515 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.53 
 
 
279 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
271 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
300 aa  191  1e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.303793  normal  0.0150565 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
302 aa  191  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  37.2 
 
 
271 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
290 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
290 aa  191  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0699  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.26 
 
 
273 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
279 aa  190  2e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 
743 aa  190  2e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.445152  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03070  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.1 
 
 
296 aa  190  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.386443  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
293 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0631  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein, putative  35.88 
 
 
273 aa  189  4e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
286 aa  189  4e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0123708 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
293 aa  189  5e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0605  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  35.88 
 
 
273 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4734  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  35.88 
 
 
273 aa  189  5e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>