39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4954 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4954  hypothetical protein  100 
 
 		 333 aa  650    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5081  type IV pili biogenesis protein  93.39 
 
 		 338 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5131  type IV pili biogenesis protein PilP  80.06 
 
 		 336 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0385  type IV pili biogenesis protein PilP  50.75 
 
 		 338 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0837  Pilus assembly protein PilP  35.8 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3404  pilus assembly protein PilP  37.21 
 
 		 186 aa  53.9  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.392117 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45270  Pilus assembly protein  43.06 
 
 		 174 aa  52.8  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66630  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  37.78 
 
 		 174 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0406  pilus assembly protein, PilQ  38.04 
 
 		 175 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5778  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  37.78 
 
 		 173 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0545  pilus assembly protein, PilQ  32.54 
 
 		 175 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5129  type IV pilus biogenesis protein PilP  38.27 
 
 		 175 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0408  pilus assembly protein, PilQ  37.97 
 
 		 174 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0021286  normal  0.0991539 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0999  pilus assembly protein, PilQ  33.33 
 
 		 181 aa  50.8  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.435204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0250  pilus assembly protein, PilQ  31.07 
 
 		 192 aa  50.4  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.624121  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2922  pilus assembly protein, PilQ  35.87 
 
 		 180 aa  50.1  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00030  fimbrial assembly protein PilP  31.03 
 
 		 171 aa  49.7  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002325  type IV pilus biogenesis protein PilP  31.48 
 
 		 171 aa  49.7  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.089507  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2973  fimbrial type-4 assembly membrane transmembrane protein  26.86 
 
 		 221 aa  48.9  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3110  fimbrial assembly protein  35 
 
 		 181 aa  48.1  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.114808 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2904  Pilus assembly protein PilO  26.74 
 
 		 219 aa  48.5  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.048804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5578  pilus assembly protein PilP  26.71 
 
 		 182 aa  48.5  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.694592 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0405  pilus assembly protein, PilO  26.79 
 
 		 207 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.909088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3251  Pilus assembly protein PilO  26.74 
 
 		 219 aa  47  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5130  type IV pilus biogenesis protein PilO  26.79 
 
 		 207 aa  47  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.818389  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0019  pilus assembly protein, PilQ  34.38 
 
 		 180 aa  46.6  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0961  Tfp pilus assembly protein PilP  30.77 
 
 		 194 aa  46.2  0.0007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3237  Pilus assembly protein PilP  34.62 
 
 		 177 aa  46.6  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1857  fimbrial assembly protein  37.18 
 
 		 176 aa  46.2  0.0008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00682106  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1143  Pilus assembly protein PilP  34.83 
 
 		 180 aa  46.2  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1786  pilus assembly protein PilP  37.18 
 
 		 176 aa  45.8  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.307006  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0213  pilus assembly protein, PilQ  30.21 
 
 		 181 aa  45.8  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94525  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0992  Tfp pilus assembly protein PilP  29.67 
 
 		 194 aa  45.1  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3270  pilus assembly protein PilO  26.57 
 
 		 223 aa  45.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2200  PilP  30.28 
 
 		 180 aa  44.3  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02352  fimbrial assembly protein  37.04 
 
 		 163 aa  43.5  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.688013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0675  pilus assembly protein, PilQ  31.68 
 
 		 183 aa  42.7  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.14172 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0702  Pilus assembly protein PilP  26.8 
 
 		 183 aa  42.7  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0733  pilus assembly protein, PilQ  26.8 
 
 		 183 aa  42.7  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128887  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>