76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0545 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0545  pilus assembly protein, PilQ  100 
 
 		 175 aa  357  6e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5778  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  77.91 
 
 		 173 aa  265  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66630  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  72.09 
 
 		 174 aa  263  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5129  type IV pilus biogenesis protein PilP  66.29 
 
 		 175 aa  249  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0406  pilus assembly protein, PilQ  65.71 
 
 		 175 aa  248  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45270  Pilus assembly protein  63.79 
 
 		 174 aa  239  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0408  pilus assembly protein, PilQ  56.9 
 
 		 174 aa  201  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0021286  normal  0.0991539 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0829  pilus assembly protein, PilQ  46.01 
 
 		 180 aa  163  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.792961  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2688  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  44.17 
 
 		 164 aa  151  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000848303  normal  0.0164816 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0250  pilus assembly protein, PilQ  40.24 
 
 		 192 aa  132  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.624121  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0328  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP  40.24 
 
 		 180 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.871784  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3027  Pilus assembly protein PilP  38.95 
 
 		 186 aa  120  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3237  Pilus assembly protein PilP  38.42 
 
 		 177 aa  118  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02352  fimbrial assembly protein  39.87 
 
 		 163 aa  117  7.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.688013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0278  Pilus assembly protein PilP  39.41 
 
 		 180 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.912251 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1940  Pilus assembly protein PilP  40.13 
 
 		 183 aa  114  6e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1786  pilus assembly protein PilP  37.5 
 
 		 176 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.307006  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0668  pilus assembly protein, PilQ  34.86 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1857  fimbrial assembly protein  36.18 
 
 		 176 aa  108  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00682106  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0211  pilus assembly protein, PilQ  35.71 
 
 		 171 aa  106  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00519508  hitchhiker  0.0081665 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3370  type IV pilus biogenesis protein PilP  38.46 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0198252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0470  type IV pilus biogenesis protein PilP  32.94 
 
 		 184 aa  105  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.385764  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0837  Pilus assembly protein PilP  34.3 
 
 		 174 aa  104  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0373  pilus assembly protein, PilQ  35.71 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.145937  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0961  Tfp pilus assembly protein PilP  36.31 
 
 		 194 aa  100  8e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0611  pilus assembly protein, PilQ  36.57 
 
 		 186 aa  100  9e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0576908  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0338  pilus assembly protein PilP  33.72 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0992  Tfp pilus assembly protein PilP  36.31 
 
 		 194 aa  99.8  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0236  pilus assembly protein PilP  35.26 
 
 		 172 aa  97.8  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.511899  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4115  pilus assembly protein PilP  36.09 
 
 		 171 aa  97.8  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0895824  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4204  pilus assembly protein PilP  36.09 
 
 		 171 aa  96.3  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4086  pilus assembly protein PilP  36.09 
 
 		 171 aa  96.3  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3110  fimbrial assembly protein  33.14 
 
 		 181 aa  96.7  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.114808 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3896  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.26 
 
 		 171 aa  96.3  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00151123  normal  0.208053 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4267  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.78 
 
 		 171 aa  95.9  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0245  pilus assembly protein, PilQ  35.26 
 
 		 171 aa  95.9  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.979467 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3700  pilus assembly protein, PilQ  35.26 
 
 		 171 aa  95.9  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0205  type IV pilus assembly protein PilP  36.49 
 
 		 166 aa  95.5  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.272301 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0259  pilus assembly protein, PilQ  35.29 
 
 		 172 aa  94.7  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2170  pilus assembly protein, PilQ  34.81 
 
 		 179 aa  94.4  7e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0954419  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00512  putative Type IV pilus biogenesis protein PilP  30.67 
 
 		 163 aa  94.4  8e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0284  type IV pilus biogenesis protein PilP  34.91 
 
 		 171 aa  94  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1880  type IV pilus assembly  34.78 
 
 		 179 aa  94  9e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000158762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0161  type IV pilus biogenesis protein PilP  35.06 
 
 		 174 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.420826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3708  pilus assembly protein, PilQ  35.71 
 
 		 172 aa  93.6  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553172  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0213  pilus assembly protein, PilQ  30.9 
 
 		 181 aa  93.2  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4005  Pilus assembly protein PilP  35.9 
 
 		 171 aa  93.2  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0733  pilus assembly protein, PilQ  32.4 
 
 		 183 aa  90.1  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0702  Pilus assembly protein PilP  32.4 
 
 		 183 aa  90.1  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1143  Pilus assembly protein PilP  32.75 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2903  Pilus assembly protein PilP  30.34 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.820012  normal  0.0834769 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0675  pilus assembly protein, PilQ  33.72 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.14172 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0999  pilus assembly protein, PilQ  31.68 
 
 		 181 aa  89  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.435204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5578  pilus assembly protein PilP  31.07 
 
 		 182 aa  88.2  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.694592 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3250  Pilus assembly protein PilP  28.9 
 
 		 181 aa  88.2  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.562736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3404  pilus assembly protein PilP  32.93 
 
 		 186 aa  86.7  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.392117 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2972  fimbrial type-4 assembly lipoprotein  28.16 
 
 		 181 aa  85.5  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.242531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2458  type IV pilus assembly protein PilP  30.64 
 
 		 176 aa  84.7  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.977907  normal  0.948644 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2922  pilus assembly protein, PilQ  28.89 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0019  pilus assembly protein, PilQ  31.48 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0784  pilus assembly protein, PilQ  30.6 
 
 		 183 aa  81.6  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0233715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3269  pilus assembly protein PilQ  35.48 
 
 		 179 aa  77.8  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3132  pilus assembly protein, PilQ  32.89 
 
 		 178 aa  73.2  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00030  fimbrial assembly protein PilP  27.17 
 
 		 171 aa  71.6  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2208  putative fimbrial assembly protein PilP  29.89 
 
 		 172 aa  68.6  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00448572  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2758  pilus assembly protein, PilQ  34.18 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.912715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002325  type IV pilus biogenesis protein PilP  27.74 
 
 		 171 aa  65.5  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.089507  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0884  Pilus assembly protein PilP  27.07 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0736  type 4 fimbrial biogenesis protein PilP, putative  27.07 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2719  fimbrial assembly protein PilP  24.85 
 
 		 172 aa  60.8  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0385  type IV pili biogenesis protein PilP  34.94 
 
 		 338 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4954  hypothetical protein  30.95 
 
 		 333 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1643  putative type IV pilus assembly protein PilP  27.39 
 
 		 188 aa  48.5  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5131  type IV pili biogenesis protein PilP  35.8 
 
 		 336 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5081  type IV pili biogenesis protein  32.32 
 
 		 338 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0644  hypothetical protein  23.75 
 
 		 177 aa  42.4  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>