More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4398 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1412  enoyl-CoA hydratase/isomerase  95.91 
 
 
368 aa  677    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78202  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4398  enoyl-CoA hydratase/isomerase  100 
 
 
368 aa  743    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4309  enoyl-CoA hydratase/isomerase  96.19 
 
 
368 aa  679    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1053  enoyl-CoA hydratase/isomerase  92.12 
 
 
368 aa  644    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1348  enoyl-CoA hydratase/isomerase  74.46 
 
 
370 aa  544  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.18532  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1373  enoyl-CoA hydratase/isomerase  70.57 
 
 
367 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.502408  normal  0.0715263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4776  enoyl-CoA hydratase/isomerase  68.94 
 
 
367 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54660  enoyl-CoA hydratase/isomerase  68.39 
 
 
367 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0415328  hitchhiker  0.0000113025 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2064  enoyl-CoA hydratase/isomerase  51.94 
 
 
367 aa  308  6.999999999999999e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2472  enoyl-CoA hydratase/isomerase  49.16 
 
 
369 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0119935 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1477  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.9 
 
 
386 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  normal  0.0218016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1681  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  42.39 
 
 
383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0222  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.8 
 
 
391 aa  283  3.0000000000000004e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2593  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.24 
 
 
382 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000406118 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2767  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.7 
 
 
383 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0950  enoyl-CoA hydratase/isomerase  46.58 
 
 
376 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.133891  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2660  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.7 
 
 
383 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0893732  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1379  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  44.9 
 
 
368 aa  280  4e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1401  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.01 
 
 
389 aa  278  9e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2130  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.97 
 
 
361 aa  278  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0313318  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1671  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.18 
 
 
376 aa  277  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.819283  hitchhiker  0.00169193 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2852  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.93 
 
 
383 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000148188 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1499  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.93 
 
 
383 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.74062  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1529  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.66 
 
 
383 aa  275  8e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1493  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.66 
 
 
383 aa  275  8e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2779  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.18 
 
 
392 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.701645  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01906  Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  42.47 
 
 
376 aa  272  7e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.668457  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3198  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.48 
 
 
381 aa  271  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.716218  hitchhiker  0.0056417 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05486  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.29 
 
 
374 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1939  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.35 
 
 
374 aa  269  7e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001549  enoyl-CoA hydratase [valine degradation]/enoyl-CoA hydratase (isoleucine degradation)  41.73 
 
 
379 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01706  enoyl-CoA hydratase  44.01 
 
 
390 aa  267  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.676708  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1594  enoyl-CoA hydratase/isomerase  45.13 
 
 
375 aa  268  2e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0656  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  38.25 
 
 
368 aa  267  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1607  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  37.83 
 
 
390 aa  265  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3254  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.86 
 
 
371 aa  260  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1342  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.01 
 
 
372 aa  259  7e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.757907  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000371  enoyl-CoA hydratase [valine degradation]/enoyl-CoA hydratase (isoleucine degradation)  38.01 
 
 
394 aa  256  3e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3652  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.71 
 
 
369 aa  248  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0249  putative enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.87 
 
 
370 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2864  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.14 
 
 
368 aa  246  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.298251  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10690  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.44 
 
 
360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.206594  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1082  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.39 
 
 
423 aa  241  2e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.363102 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3491  enoly-coenzyme A hydratase/isomerase family protein  40.76 
 
 
357 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2437  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.76 
 
 
356 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.484905  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2280  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.47 
 
 
357 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2884  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.11 
 
 
356 aa  232  9e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0298  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.38 
 
 
427 aa  230  3e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0903  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  39.42 
 
 
413 aa  226  7e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.747224 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1514  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.28 
 
 
414 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4261  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.38 
 
 
376 aa  219  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2556  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  42.13 
 
 
363 aa  219  8.999999999999998e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.726851  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1556  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.31 
 
 
350 aa  218  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.615886  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2887  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.77 
 
 
355 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115929 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1252  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  41.87 
 
 
363 aa  218  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0971666  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0616  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.41 
 
 
344 aa  216  4e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.423335  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1770  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.64 
 
 
365 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2431  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  38.4 
 
 
394 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.843563  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2495  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  39.26 
 
 
376 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2022  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  39.84 
 
 
383 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.195874 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1742  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  38.56 
 
 
374 aa  209  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1455  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.97 
 
 
356 aa  209  9e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3705  enoly-CoA hydratase/isomerase family protein  40.76 
 
 
365 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1652  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  39.5 
 
 
376 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49047  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1298  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  40.77 
 
 
376 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0260936  normal  0.747648 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2019  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  40.61 
 
 
360 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5131  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.22 
 
 
383 aa  205  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.469917  normal  0.668037 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21060  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.99 
 
 
363 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4380  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.09 
 
 
379 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.12865 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4899  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.09 
 
 
379 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.298082  normal  0.0486568 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0719  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.26 
 
 
379 aa  203  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.33689  normal  0.220586 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1089  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  38.33 
 
 
382 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0147418 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2322  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  32.01 
 
 
351 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2457  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  31.61 
 
 
351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0809825  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3661  enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.71 
 
 
379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.611777 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2384  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  31.61 
 
 
351 aa  200  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.25475  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1732  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  30.59 
 
 
350 aa  199  9e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.942683  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5328  enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.26 
 
 
379 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0116155  normal  0.0410318 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2998  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  42.47 
 
 
363 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00246474  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3002  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  31.71 
 
 
351 aa  197  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0905193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4958  enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.99 
 
 
379 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.260667 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3409  enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.99 
 
 
379 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.359557  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2132  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  31.25 
 
 
351 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00488418  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1834  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.73 
 
 
358 aa  196  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2195  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  31.25 
 
 
351 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.460942  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2356  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  31.25 
 
 
351 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2163  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  31.14 
 
 
350 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0211333  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3591  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.5 
 
 
345 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3978  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.19 
 
 
383 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2118  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  31.52 
 
 
351 aa  194  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2375  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  31.25 
 
 
351 aa  194  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4091  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.19 
 
 
383 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0330576  normal  0.12055 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2744  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  39.47 
 
 
370 aa  193  5e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.662947  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2006  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  39.02 
 
 
375 aa  192  8e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1131  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  36.91 
 
 
414 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.663045  normal  0.545416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3571  putative enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.57 
 
 
429 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0089  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  32.31 
 
 
379 aa  190  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2060  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  32.03 
 
 
356 aa  189  4e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1222  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  37.4 
 
 
369 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2037  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  33.82 
 
 
360 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.820992  normal  0.214057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>