36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4197 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1221  biopolymer transport protein TolA  99.19 
 
 		 372 aa  702    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.882269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1250  Tol-Pal system, TolA  99.73 
 
 		 372 aa  706    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.202899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4197  protein TolA  100 
 
 		 372 aa  707    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3994  protein TolA  95.49 
 
 		 358 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.513554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4403  TonB-like  89.06 
 
 		 359 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1414  TonB, C-terminal  81.34 
 
 		 356 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170707  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3973  tolA protein  81.34 
 
 		 356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0266991  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1276  TonB family protein  48.16 
 
 		 326 aa  227  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.274487  normal  0.431648 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36650  TolA protein  56.94 
 
 		 452 aa  186  7e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.428912  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4537  TolA protein  83.95 
 
 		 345 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51730  TolA protein  82.72 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000424658  decreased coverage  0.00000451 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2530  LytB protein  37.78 
 
 		 253 aa  93.2  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000152154  normal  0.947452 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2193  Tol-Pal system TolA  30.35 
 
 		 318 aa  89.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00964226  normal  0.375599 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1852  TonB-like protein  33.09 
 
 		 366 aa  85.1  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0144  TonB-like  28.29 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0469  TonB family protein  26.78 
 
 		 335 aa  72.4  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1700  TonB family protein  36.84 
 
 		 342 aa  69.3  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00909883  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5328  phage minor structural protein  44.44 
 
 		 2196 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1530  hypothetical protein  31.53 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1453  hypothetical protein  31.54 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1228  TolA protein, putative  35.16 
 
 		 467 aa  57  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.382434  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019c  TolA  27.83 
 
 		 271 aa  53.1  0.000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.957522  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2296  hypothetical protein  27.39 
 
 		 331 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396677  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0174  protein TolA  30.3 
 
 		 273 aa  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.877426  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1474  1A family penicillin-binding protein  59.32 
 
 		 914 aa  50.4  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0053  hypothetical protein  51.28 
 
 		 285 aa  50.1  0.00007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0301196 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1393  hypothetical protein  29.16 
 
 		 328 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536616  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3346  translation initiation factor IF-2  38.14 
 
 		 901 aa  48.9  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.12411  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2149  hypothetical protein  41.67 
 
 		 333 aa  47.4  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2000  hypothetical protein  41.67 
 
 		 333 aa  47.4  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  42.67 
 
 		 964 aa  46.6  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1195  hypothetical protein  44.87 
 
 		 289 aa  46.2  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0438396  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1067  TolA protein  24.07 
 
 		 346 aa  44.7  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.251769  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0948  protein TolA  24.07 
 
 		 346 aa  43.9  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.929529  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3160  hypothetical protein  43.56 
 
 		 330 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0554413 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4013  hypothetical protein  46.15 
 
 		 244 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.012412  hitchhiker  0.000000000204146 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>