34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1221 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1221  biopolymer transport protein TolA  100 
 
 		 372 aa  707    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.882269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1250  Tol-Pal system, TolA  98.92 
 
 		 372 aa  700    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.202899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4197  protein TolA  99.19 
 
 		 372 aa  702    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3994  protein TolA  94.74 
 
 		 358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.513554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4403  TonB-like  88.28 
 
 		 359 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176341  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3973  tolA protein  80.6 
 
 		 356 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0266991  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1414  TonB, C-terminal  80.6 
 
 		 356 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1276  TonB family protein  48.95 
 
 		 326 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.274487  normal  0.431648 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36650  TolA protein  57.89 
 
 		 452 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.428912  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4537  TolA protein  83.95 
 
 		 345 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51730  TolA protein  82.72 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000424658  decreased coverage  0.00000451 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2530  LytB protein  41.32 
 
 		 253 aa  100  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000152154  normal  0.947452 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2193  Tol-Pal system TolA  30.33 
 
 		 318 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00964226  normal  0.375599 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1852  TonB-like protein  33.09 
 
 		 366 aa  85.5  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0144  TonB-like  28.37 
 
 		 318 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0469  TonB family protein  27.05 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1700  TonB family protein  35.79 
 
 		 342 aa  67.8  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00909883  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5328  phage minor structural protein  44.44 
 
 		 2196 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1530  hypothetical protein  31.29 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1228  TolA protein, putative  35.16 
 
 		 467 aa  57  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.382434  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1453  hypothetical protein  31.31 
 
 		 332 aa  57  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2296  hypothetical protein  27.39 
 
 		 331 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396677  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019c  TolA  27.8 
 
 		 271 aa  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.957522  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0174  protein TolA  30.05 
 
 		 273 aa  51.6  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.877426  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1474  1A family penicillin-binding protein  61.02 
 
 		 914 aa  51.2  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0053  hypothetical protein  51.28 
 
 		 285 aa  50.1  0.00006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0301196 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1393  hypothetical protein  28.69 
 
 		 328 aa  49.7  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536616  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3631  TonB-like  31.52 
 
 		 332 aa  48.9  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.653756  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  42.67 
 
 		 964 aa  47  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3346  translation initiation factor IF-2  38.14 
 
 		 901 aa  47  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.12411  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1195  hypothetical protein  44.87 
 
 		 289 aa  46.2  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0438396  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4013  hypothetical protein  46.15 
 
 		 244 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.012412  hitchhiker  0.000000000204146 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2215  hypothetical protein  41.58 
 
 		 332 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3160  hypothetical protein  41.58 
 
 		 330 aa  42.7  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0554413 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>