58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3100 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3100  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  100 
 
 		 489 aa  972    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.18 
 
 		 457 aa  87.8  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1794  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  28.03 
 
 		 446 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3637  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.33 
 
 		 505 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3440  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.76 
 
 		 494 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.709152  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1837  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25 
 
 		 500 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.524757  normal  0.0916284 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1803  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  25.66 
 
 		 496 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666463  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4035  NCS1 nucleoside transporter  25.66 
 
 		 496 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4056  NCS1 nucleoside transporter  22.62 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0546  putative transporter  26.42 
 
 		 496 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05790  putative transporter  26.21 
 
 		 496 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49824  NCS1 family transporter: cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin  25.89 
 
 		 532 aa  63.9  0.000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.1 
 
 		 438 aa  63.5  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  24.58 
 
 		 503 aa  62  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5352  NCS1 nucleoside transporter  23.52 
 
 		 502 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157454 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1533  NCS1 nucleoside transporter  24.5 
 
 		 503 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2688  NCS1 nucleoside transporter family  24.72 
 
 		 503 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.931856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6237  NCS1 nucleoside transporter  23.76 
 
 		 502 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1594  NCS1 nucleoside transporter  23.76 
 
 		 502 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0650  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.77 
 
 		 472 aa  58.2  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0343903 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6713  NCS1 nucleoside transporter  23.53 
 
 		 502 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2841  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.93 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810699  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5706  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.5 
 
 		 479 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  0.11286 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6657  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  24 
 
 		 502 aa  53.5  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.0268783 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3060  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.16 
 
 		 460 aa  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5964  NCS1 nucleoside transporter  23.18 
 
 		 502 aa  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0145337  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2863  NCS1 nucleoside transporter  22.22 
 
 		 497 aa  52.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1965  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.95 
 
 		 439 aa  52.4  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.03 
 
 		 441 aa  51.6  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2771  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  24.65 
 
 		 446 aa  51.2  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0255944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09360  probable hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  28.45 
 
 		 416 aa  50.1  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.268783 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  26.46 
 
 		 490 aa  49.7  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0676  NCS1 nucleoside transporter  42.42 
 
 		 486 aa  49.7  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.579692  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3444  NCS1 nucleoside transporter family  26.3 
 
 		 507 aa  49.7  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000477865  normal  0.0865773 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2039  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  24.3 
 
 		 516 aa  48.9  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0859563  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00768  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  24.3 
 
 		 499 aa  48.9  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4536  NCS1 nucleoside transporter family  25.8 
 
 		 533 aa  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.854613  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2557  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.15 
 
 		 484 aa  47.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.266727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2385  NCS1 nucleoside transporter family  24.93 
 
 		 492 aa  47.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5720  NCS1 nucleoside transporter  35.64 
 
 		 502 aa  47  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244182  normal  0.497544 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  23.21 
 
 		 502 aa  46.6  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2959  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.67 
 
 		 468 aa  46.6  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0564  hypothetical protein  25.29 
 
 		 487 aa  45.8  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.824593 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0582  putative permease  35.16 
 
 		 575 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06230  putative permease  34.48 
 
 		 575 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.037417 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2434  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.72 
 
 		 434 aa  45.1  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.116228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1993  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.22 
 
 		 443 aa  45.1  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0460  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.89 
 
 		 502 aa  45.1  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0640  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  25.47 
 
 		 438 aa  45.1  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4351  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.79 
 
 		 490 aa  44.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0262  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  36.92 
 
 		 468 aa  44.3  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3494  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.7 
 
 		 516 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000614437 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3911  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.67 
 
 		 499 aa  43.9  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.971412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1985  NCS1 nucleoside transporter family  23.58 
 
 		 517 aa  43.9  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.671932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4030  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  39.19 
 
 		 516 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0915622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3636  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.27 
 
 		 510 aa  43.9  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.542262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4336  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  39.19 
 
 		 516 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0269962  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4599  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.08 
 
 		 490 aa  43.9  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>