200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1685 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1685  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  100 
 
 
179 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417261  normal  0.0902788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1661  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  86.71 
 
 
173 aa  308  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.968132  normal  0.670648 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1589  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  72.83 
 
 
174 aa  268  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.450343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14530  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  75.44 
 
 
172 aa  268  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1937  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  62.58 
 
 
166 aa  191  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1849  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  65.49 
 
 
160 aa  189  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2508  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  60.65 
 
 
159 aa  181  6e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0554393  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1262  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  65.65 
 
 
180 aa  180  9.000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1629  hypothetical protein  54.43 
 
 
173 aa  179  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0244294 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2201  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  57.96 
 
 
160 aa  178  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1874  hypothetical protein  56.25 
 
 
241 aa  177  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1226  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  54.78 
 
 
159 aa  174  7e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1300  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  54.09 
 
 
162 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.228066  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3133  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  61.11 
 
 
176 aa  171  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0244423 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1862  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  50.64 
 
 
171 aa  170  9e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.377434  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1450  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  57.04 
 
 
178 aa  169  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000594458  normal  0.43675 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1326  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  60.96 
 
 
177 aa  168  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.163875  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2186  hypothetical protein  64.52 
 
 
161 aa  167  9e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1217  hypothetical protein  52.83 
 
 
164 aa  164  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2068  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  55.26 
 
 
173 aa  160  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.446397  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1443  hypothetical protein  46.15 
 
 
162 aa  155  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0850  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.19 
 
 
160 aa  155  3e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000151038  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1182  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.19 
 
 
160 aa  155  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000309577  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1540  hypothetical protein  48.95 
 
 
162 aa  153  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2827  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.65 
 
 
184 aa  149  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2449  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.65 
 
 
184 aa  149  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.10712 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1152  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.87 
 
 
220 aa  128  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.25093  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1260  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.89 
 
 
220 aa  117  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1327  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.51 
 
 
197 aa  108  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0133949  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3471  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.5 
 
 
181 aa  107  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1696  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.26 
 
 
156 aa  105  4e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000166539 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3483  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.36 
 
 
156 aa  104  8e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.588182  normal  0.48465 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1765  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.5 
 
 
285 aa  103  1e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0601  hypothetical protein  37.32 
 
 
269 aa  75.1  0.0000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2123  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  27.71 
 
 
219 aa  59.7  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0808  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.73 
 
 
244 aa  54.7  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.225748 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0921  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.73 
 
 
244 aa  54.3  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288984  normal  0.162173 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4931  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  46.81 
 
 
272 aa  53.9  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.143561 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.16 
 
 
194 aa  53.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.395262  normal  0.946705 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4392  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.16 
 
 
194 aa  53.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4184  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  45.65 
 
 
273 aa  50.8  0.000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.912644  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0859  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.78 
 
 
247 aa  50.8  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.585921  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4348  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.79 
 
 
243 aa  49.7  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.303724 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0695  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.35 
 
 
356 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4246  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.96 
 
 
224 aa  48.9  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.35717 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00786  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2824  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2823  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.19 
 
 
306 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00803  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2529  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  48.1  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.990181  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0968  hypothetical protein  31.19 
 
 
304 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.495532  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2699  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.42 
 
 
238 aa  48.1  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0312393  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0876  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0889  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.479275  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0843  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0564  hypothetical protein  34.38 
 
 
238 aa  48.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4771  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
267 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0930  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.35 
 
 
357 aa  47.8  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1310  hypothetical protein  29.91 
 
 
306 aa  47.8  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4888  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.3 
 
 
217 aa  47.8  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.550857  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4362  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.62 
 
 
217 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00426459  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0989  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.800938  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1682  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.25 
 
 
264 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0522  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.51 
 
 
192 aa  47.4  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1585  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.39 
 
 
344 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.219191  normal  0.6493 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0905  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0877  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0968  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2558  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.15 
 
 
223 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.852048  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2781  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.15 
 
 
223 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2124  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  43.18 
 
 
216 aa  46.6  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.402934  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1663  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  43.9 
 
 
283 aa  46.2  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3219  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.39 
 
 
212 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.409336 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0935  hypothetical protein  31.19 
 
 
306 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0807  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.03 
 
 
268 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.33461 
 
 
-
 
NC_004310  BR0139  putative lipoprotein  38.16 
 
 
206 aa  45.8  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4909  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.04 
 
 
226 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3357  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.86 
 
 
358 aa  45.8  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4115  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  35.79 
 
 
184 aa  45.8  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3251  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.35 
 
 
366 aa  45.8  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4192  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.75 
 
 
220 aa  45.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.631941 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1186  hypothetical protein  43.33 
 
 
254 aa  45.8  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1187  hypothetical protein  38.36 
 
 
251 aa  45.8  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2752  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.86 
 
 
192 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.304244  normal  0.152699 
 
 
-
 
NC_004310  BR0050  putative lipoprotein  30.69 
 
 
241 aa  45.4  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0243  putative lipoprotein  37.37 
 
 
342 aa  45.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.955469  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2001  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.25 
 
 
264 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1886  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.85 
 
 
342 aa  45.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0049  putative lipoprotein  30.69 
 
 
241 aa  45.4  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0133  putative lipoprotein  46.51 
 
 
206 aa  45.8  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00900677  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2994  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.74 
 
 
160 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0920  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.03 
 
 
268 aa  45.1  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00634129  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0152  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.84 
 
 
206 aa  45.1  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1639  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.3 
 
 
210 aa  44.7  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.420797  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4038  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  40 
 
 
206 aa  44.7  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.71131  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0190  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.17 
 
 
263 aa  44.7  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0593076  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2490  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.75 
 
 
225 aa  44.7  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.337547  normal  0.372362 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3056  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.67 
 
 
240 aa  44.3  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3255  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.57 
 
 
305 aa  44.3  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0807  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.07 
 
 
248 aa  44.3  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>