21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0684 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0684  hypothetical protein  100 
 
 		 214 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.910515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0930  hypothetical protein  49.3 
 
 		 325 aa  220  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.304519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5038  hypothetical protein  42.38 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.460865  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5048  hypothetical protein  41.71 
 
 		 273 aa  155  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2499  hypothetical protein  37.09 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4399  hypothetical protein  36.27 
 
 		 328 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.196757 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4294  hypothetical protein  35.29 
 
 		 325 aa  109  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4470  TrfA  31 
 
 		 337 aa  102  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00253708  hitchhiker  4.02006e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0333  TrfA family protein  32.51 
 
 		 279 aa  98.6  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0066  TrfA-related protein  32.83 
 
 		 278 aa  97.4  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5045  TrfA  31.53 
 
 		 340 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0103864  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2175  trfA-related protein  31.58 
 
 		 279 aa  92.4  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.839052  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0271  TrfA family protein  29.67 
 
 		 275 aa  92  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6250  TrfA family protein  31.22 
 
 		 285 aa  86.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.136222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6873  TrfA family protein  31.03 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4774  TrfA family protein  25.71 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4277  TrfA family protein  31.1 
 
 		 407 aa  65.1  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00000000371968  normal  0.868321 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6593  TrfA family protein  30.67 
 
 		 406 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121098  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6499  TrfA  30.67 
 
 		 406 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0031681  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5356  TrfA family protein  28.25 
 
 		 299 aa  62  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3078  hypothetical protein  29.38 
 
 		 359 aa  41.6  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0904064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>