More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0478 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0478  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 
250 aa  504  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  69.6 
 
 
251 aa  328  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3823  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  64.75 
 
 
248 aa  289  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4709  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  76.97 
 
 
162 aa  254  9e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4348  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  78.18 
 
 
167 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  76.88 
 
 
162 aa  237  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.445295  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  76.88 
 
 
162 aa  237  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.784305  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0239  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  52.92 
 
 
221 aa  219  3.9999999999999997e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000372034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  69.09 
 
 
167 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851834  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3353  hypothetical protein  67.9 
 
 
165 aa  217  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0515  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  72.51 
 
 
183 aa  214  8e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0151737  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0164  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.94 
 
 
177 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4271  hypothetical protein  54.55 
 
 
173 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0312  ybaK/ebsC protein  53.29 
 
 
168 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6310  YbaK/prolyl-tRNA synthetase like protein  54.22 
 
 
178 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  55.7 
 
 
174 aa  171  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0439  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.33 
 
 
173 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.09 
 
 
166 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.615211 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3008  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.94 
 
 
168 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2871  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.94 
 
 
168 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.806354 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2346  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.01 
 
 
168 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.654281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2960  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.01 
 
 
168 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333843  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2956  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.27 
 
 
186 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0113  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.8 
 
 
166 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2981  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  52.41 
 
 
168 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0260  hypothetical protein  54.43 
 
 
170 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.393792  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0119  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  52.76 
 
 
165 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0263477  normal  0.895889 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0365  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  53.37 
 
 
168 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.257011  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0542  YbaK  53.37 
 
 
168 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0351  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  53.37 
 
 
168 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2103  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  50.32 
 
 
162 aa  134  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1128  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.73 
 
 
171 aa  129  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1948  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.01 
 
 
164 aa  128  8.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2267  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.33 
 
 
164 aa  128  8.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0899  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.48 
 
 
159 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.0622589 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0132  hypothetical protein  41.88 
 
 
163 aa  115  5e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0104828  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1085  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.59 
 
 
156 aa  115  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549575  normal  0.623035 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3021  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.75 
 
 
155 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00107771  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.17 
 
 
163 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3288  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.44 
 
 
171 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.545646  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5549  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.79 
 
 
159 aa  108  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.837846 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3080  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.59 
 
 
157 aa  107  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304757  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0327  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.9 
 
 
160 aa  106  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0335  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44 
 
 
179 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.76 
 
 
156 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1048  hypothetical protein  45.34 
 
 
168 aa  102  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.44 
 
 
157 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0466  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.87 
 
 
161 aa  102  8e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2447  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  40.62 
 
 
166 aa  102  9e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.106663  hitchhiker  0.000551583 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1407  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.12 
 
 
167 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3551  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.06 
 
 
201 aa  99.8  4e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0146665  normal  0.0164615 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2512  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.61 
 
 
156 aa  99  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2044  YbaK/EbsC family protein  38.78 
 
 
156 aa  99  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.03 
 
 
157 aa  98.6  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3243  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.85 
 
 
162 aa  94.7  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156466  normal  0.0643244 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1347  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.25 
 
 
158 aa  93.2  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.949799  hitchhiker  0.00364047 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.58 
 
 
159 aa  93.2  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2174  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.98 
 
 
157 aa  91.3  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000343666 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3470  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.7 
 
 
162 aa  90.5  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.116245  hitchhiker  0.00805861 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1918  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45 
 
 
158 aa  89.7  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0942433  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2642  hypothetical protein  41.38 
 
 
156 aa  88.6  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0248057  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0441  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.6 
 
 
154 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3926  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.71 
 
 
163 aa  87  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1299  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.23 
 
 
156 aa  86.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154481  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3482  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.14 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0764  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.04 
 
 
155 aa  80.1  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0345429  normal  0.0109204 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3822  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.24 
 
 
159 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.808721  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1624  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.14 
 
 
153 aa  77.8  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0438  protein of unknown function DUF1289  64.15 
 
 
79 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2912  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.17 
 
 
155 aa  75.1  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.14862  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0156  hypothetical protein  57.63 
 
 
80 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2115  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.53 
 
 
160 aa  73.6  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.303981  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0596  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.84 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4026  hypothetical protein  33.99 
 
 
158 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0219  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.72 
 
 
153 aa  72  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.303284 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0163  hypothetical protein  56.36 
 
 
82 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0303  hypothetical protein  35.33 
 
 
152 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4272  hypothetical protein  62.26 
 
 
81 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0930636 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1212  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.88 
 
 
151 aa  70.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0760914  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4802  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  32.48 
 
 
152 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.576416  normal  0.802544 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46740  hypothetical protein  33.33 
 
 
158 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932046  decreased coverage  0.000000141029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4905  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  32.48 
 
 
152 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.286575  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0112  protein of unknown function DUF1289  43.84 
 
 
88 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4870  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  32.48 
 
 
152 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00831587  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  32.48 
 
 
152 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289705  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4957  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  32.48 
 
 
152 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0664  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.47 
 
 
155 aa  69.7  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0491998  hitchhiker  0.00288999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3961  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.84 
 
 
155 aa  69.3  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3352  hypothetical protein  59.26 
 
 
74 aa  69.7  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.94 
 
 
156 aa  69.7  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1653  putative ybaK-like protein  32.68 
 
 
155 aa  68.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4290  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.76 
 
 
152 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000309077  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4708  protein of unknown function DUF1289  56.6 
 
 
92 aa  66.6  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4347  hypothetical protein  52.73 
 
 
95 aa  67  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0259  hypothetical protein  40.28 
 
 
88 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286682  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.17 
 
 
156 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0120  hypothetical protein  52.83 
 
 
84 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0817335  normal  0.60667 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2906  YbaK/EbsC protein  38.1 
 
 
166 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334796  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1416  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.57 
 
 
162 aa  65.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.318628  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3616  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.41 
 
 
152 aa  65.5  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>