257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0303 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0303  hypothetical protein  100 
 
 
152 aa  308  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6129  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  71.71 
 
 
152 aa  228  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.684201  normal  0.245919 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  69.74 
 
 
152 aa  221  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.361078 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4026  hypothetical protein  70.39 
 
 
158 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1653  putative ybaK-like protein  68.42 
 
 
155 aa  216  7e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46740  hypothetical protein  69.08 
 
 
158 aa  215  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932046  decreased coverage  0.000000141029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3997  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  67.76 
 
 
156 aa  214  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.277402 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0219  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  68 
 
 
153 aa  213  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.303284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1416  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  66.45 
 
 
162 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.318628  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4802  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  65.79 
 
 
152 aa  209  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.576416  normal  0.802544 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  65.79 
 
 
152 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289705  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4905  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  65.79 
 
 
152 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.286575  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4870  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  65.79 
 
 
152 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00831587  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4957  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  65.79 
 
 
152 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4680  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  65.13 
 
 
160 aa  208  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3961  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.82 
 
 
155 aa  204  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0561  hypothetical protein  65.13 
 
 
152 aa  203  7e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.155042  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3616  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.82 
 
 
152 aa  202  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3822  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.82 
 
 
159 aa  201  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.808721  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0686  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.82 
 
 
188 aa  200  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.16 
 
 
156 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2912  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  66.23 
 
 
155 aa  197  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.14862  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1396  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  67.11 
 
 
160 aa  193  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0525  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  65.56 
 
 
152 aa  188  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00173992 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1123  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.82 
 
 
155 aa  187  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.435066 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0580  ebsC protein, putative  56.58 
 
 
256 aa  180  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1464  putative ebsC protein  55.92 
 
 
151 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1661  putative ebsC protein  55.92 
 
 
151 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.731351  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2579  YbaK  55.92 
 
 
151 aa  178  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.508763  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2443  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  55.92 
 
 
151 aa  178  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0316  putative ebsC protein  55.92 
 
 
151 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.129099  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0284  putative ebsC protein  55.26 
 
 
160 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.663414  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0881  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  55.26 
 
 
202 aa  176  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.623093  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0527  hypothetical protein  59.21 
 
 
132 aa  170  5e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4290  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.39 
 
 
152 aa  146  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000309077  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0664  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  50.98 
 
 
155 aa  144  5e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0491998  hitchhiker  0.00288999 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.79 
 
 
156 aa  137  4.999999999999999e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2044  YbaK/EbsC family protein  45.45 
 
 
156 aa  135  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1212  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.08 
 
 
151 aa  131  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0760914  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0203  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.39 
 
 
157 aa  128  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0019  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.71 
 
 
153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2368  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  41.18 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265357  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0441  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.13 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0968  hypothetical protein  33.77 
 
 
154 aa  102  2e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.107423  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2174  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.49 
 
 
157 aa  101  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000343666 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0821  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.41 
 
 
151 aa  92  3e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.811085  hitchhiker  0.0000000171458 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1376  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.25 
 
 
154 aa  79.7  0.00000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0466  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.76 
 
 
161 aa  74.7  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3353  hypothetical protein  39.16 
 
 
165 aa  73.9  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4348  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.15 
 
 
167 aa  72.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0515  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.68 
 
 
183 aa  72.8  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0151737  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0478  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.33 
 
 
250 aa  71.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.57 
 
 
162 aa  70.5  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.784305  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.57 
 
 
162 aa  70.5  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.445295  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4709  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.05 
 
 
162 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0260  hypothetical protein  32.68 
 
 
170 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.393792  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0119  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.56 
 
 
165 aa  67.8  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0263477  normal  0.895889 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.72 
 
 
251 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.11 
 
 
156 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.09 
 
 
174 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.98 
 
 
167 aa  65.5  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851834  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4271  hypothetical protein  37.32 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0164  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.21 
 
 
177 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0312  ybaK/ebsC protein  34.51 
 
 
168 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0439  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.21 
 
 
173 aa  62  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2981  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.21 
 
 
168 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3823  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  37.8 
 
 
248 aa  61.2  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0596  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.59 
 
 
159 aa  60.8  0.000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2267  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.13 
 
 
164 aa  60.8  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0335  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.72 
 
 
179 aa  60.5  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1948  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.46 
 
 
164 aa  60.5  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6310  YbaK/prolyl-tRNA synthetase like protein  34.51 
 
 
178 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1085  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.67 
 
 
156 aa  60.1  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549575  normal  0.623035 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3008  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.21 
 
 
168 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2512  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.99 
 
 
156 aa  60.1  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2871  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.21 
 
 
168 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.806354 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14060  ybaK/ebsC protein  34.65 
 
 
163 aa  58.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00161017  normal  0.469226 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2956  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.51 
 
 
186 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0706  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.09 
 
 
131 aa  58.2  0.00000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1677  hypothetical protein  45.28 
 
 
56 aa  58.2  0.00000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0113  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.76 
 
 
166 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0161  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.2 
 
 
163 aa  57.8  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00528766 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2346  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.8 
 
 
168 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.654281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2960  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.8 
 
 
168 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333843  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3080  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.5 
 
 
157 aa  57  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304757  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.79 
 
 
166 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.615211 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3021  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.32 
 
 
155 aa  56.6  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00107771  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5733  ybaK/ebsC protein  33.91 
 
 
165 aa  56.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2065  ybaK/ebsC protein  31.62 
 
 
154 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1181  ybaK/ebsC protein  35.45 
 
 
166 aa  55.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0675087  normal  0.344163 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10900  ybaK/ebsC protein  32.52 
 
 
170 aa  55.1  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.882195 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.71 
 
 
157 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1012  ybaK/ebsC protein  30.32 
 
 
157 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03547  hypothetical protein  24.34 
 
 
157 aa  54.7  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.33 
 
 
163 aa  54.3  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1048  hypothetical protein  30.77 
 
 
168 aa  54.3  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0542  YbaK  35.21 
 
 
168 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0351  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  35.21 
 
 
168 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0365  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  35.21 
 
 
168 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.257011  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002487  hypothetical protein  26 
 
 
148 aa  53.1  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.190269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>