78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1939 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1939  hypothetical protein  100 
 
 		 384 aa  778    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2663  hypothetical protein  78.68 
 
 		 387 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2171  hypothetical protein  78.42 
 
 		 387 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3140  hypothetical protein  78.42 
 
 		 387 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3320  hypothetical protein  76.46 
 
 		 387 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38990  hypothetical protein  74.47 
 
 		 387 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.880326  normal  0.566256 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1883  hypothetical protein  50.27 
 
 		 382 aa  374  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2247  hypothetical protein  49.59 
 
 		 382 aa  374  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.316904 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2538  hypothetical protein  48.39 
 
 		 382 aa  362  5.0000000000000005e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1872  hypothetical protein  47.85 
 
 		 381 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6102  domain of unknown function DUF1745  41.88 
 
 		 386 aa  310  4e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2339  domain of unknown function DUF1745  40.22 
 
 		 383 aa  276  5e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.25177 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3518  hypothetical protein  42.49 
 
 		 400 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.49503  normal  0.689004 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0732  hypothetical protein  38.74 
 
 		 386 aa  268  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1661  hypothetical protein  38.5 
 
 		 384 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0600  hypothetical protein  38.5 
 
 		 392 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2313  GfdT protein  38.5 
 
 		 392 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1924  hypothetical protein  38.5 
 
 		 392 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1717  hypothetical protein  38.5 
 
 		 392 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0710  hypothetical protein  38.5 
 
 		 384 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.251408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2230  hypothetical protein  38.5 
 
 		 392 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4193  domain of unknown function DUF1745  43.48 
 
 		 386 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0700  hypothetical protein  40.32 
 
 		 380 aa  261  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal  0.0832434 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1139  hypothetical protein  41.03 
 
 		 392 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2201  domain of unknown function DUF1745  39.68 
 
 		 398 aa  258  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1925  hypothetical protein  41.33 
 
 		 398 aa  257  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.795435 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2724  domain of unknown function DUF1745  39.3 
 
 		 374 aa  256  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43445  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1816  protein of unknown function DUF1745  40.4 
 
 		 389 aa  256  6e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2940  hypothetical protein  43.64 
 
 		 402 aa  255  8e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00513133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2881  hypothetical protein  40.57 
 
 		 390 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1527  hypothetical protein  40.29 
 
 		 390 aa  246  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.039182 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3617  hypothetical protein  39.94 
 
 		 378 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0308687  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3953  hypothetical protein  38.06 
 
 		 389 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4045  hypothetical protein  39.57 
 
 		 378 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2479  hypothetical protein  40.05 
 
 		 379 aa  238  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.492023 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2675  hypothetical protein  39.94 
 
 		 399 aa  237  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0296571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4519  domain of unknown function DUF1745  41.11 
 
 		 387 aa  233  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317884  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3668  hypothetical protein  40.11 
 
 		 385 aa  226  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432885  hitchhiker  0.00253652 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0466  domain of unknown function DUF1745  37.36 
 
 		 385 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2592  hypothetical protein  35.53 
 
 		 386 aa  203  5e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.71341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1250  hypothetical protein  35.26 
 
 		 386 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.7579 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2353  hypothetical protein  33.94 
 
 		 393 aa  192  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.18015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1931  hypothetical protein  37.11 
 
 		 385 aa  190  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.429127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3141  hypothetical protein  29.35 
 
 		 460 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2474  hypothetical protein  32.09 
 
 		 447 aa  166  5e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3344  hypothetical protein  30.77 
 
 		 464 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3551  hypothetical protein  28.38 
 
 		 371 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2993  hypothetical protein  28.11 
 
 		 368 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5004  chemotaxis sensory transducer  23 
 
 		 672 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.71371 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2590  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.96 
 
 		 675 aa  82  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182127  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2083  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.06 
 
 		 647 aa  80.1  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0223967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2918  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.91 
 
 		 669 aa  74.7  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2665  domain of unknown function DUF1745  30.21 
 
 		 427 aa  73.2  0.000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.955158 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0690  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.45 
 
 		 1186 aa  70.9  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0982  domain of unknown function DUF1745  25.4 
 
 		 666 aa  69.3  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.505903  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1866  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25 
 
 		 650 aa  67.4  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0696  transcriptional regulator, TrmB  23.27 
 
 		 512 aa  64.7  0.000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1269  hypothetical protein  26.27 
 
 		 387 aa  62.8  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003465  hypothetical protein  25.73 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1054  hypothetical protein  27.16 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1241  hypothetical protein  26.27 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1561  hypothetical protein  23.43 
 
 		 394 aa  57  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0408772  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0690  hypothetical protein  23.58 
 
 		 376 aa  56.6  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000847515 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2151  hypothetical protein  24.56 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.509879 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1352  domain of unknown function DUF1745  25 
 
 		 396 aa  56.2  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3322200000000001e-19 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05570  hypothetical protein  26.54 
 
 		 387 aa  52.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2305  domain of unknown function DUF1745  24.14 
 
 		 389 aa  52.4  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2864  domain of unknown function DUF1745  24.34 
 
 		 396 aa  51.6  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.965957  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1899  hypothetical protein  27.36 
 
 		 395 aa  50.4  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.598311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4131  domain of unknown function DUF1745  25.42 
 
 		 396 aa  47.8  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1520  domain of unknown function DUF1745  25.49 
 
 		 1101 aa  47.4  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.593307 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3657  domain of unknown function DUF1745  25.63 
 
 		 416 aa  47  0.0006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2954  hypothetical protein  29.24 
 
 		 395 aa  46.6  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2119  hypothetical protein  22.95 
 
 		 402 aa  46.6  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4141  hypothetical protein  25.1 
 
 		 365 aa  45.1  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1892  hypothetical protein  27.92 
 
 		 382 aa  43.5  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.056146  normal  0.181862 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2191  diguanylate cyclase  24.11 
 
 		 806 aa  43.5  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00068502 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4040  domain of unknown function DUF1745  24.91 
 
 		 396 aa  43.1  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>